Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Maciej Kurasz, Sędziowie Sędzia WSA Krystyna Kleiber (sprawozdawca), Sędzia WSA Beata Sobocha, Protokolant st. sekretarz sądowy Iwona Mazek, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 16 kwietnia 2012 r. sprawy ze skargi P. S.A. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] sierpnia 2011 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty odsetek od zaległości w podatku od towarów i usług 1) uchyla zaskarżoną decyzję, 2) stwierdza, że uchylona decyzja nie może być wykonana w całości, 3) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w W. na rzecz P. S.A. z siedzibą w W. kwotę 11.705 zł (słownie: jedenaście tysięcy siedemset pięć złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
P. S. A. w W. (dalej "Skarżąca" lub "Spółka") w dniach 6, 9, 14 i 16 października 2009 r. złożyła do Urzędu Celnego [...] "P." wnioski o stwierdzenie nadpłaty odsetek od zaległości podatkowych, które wpłaciła, powołując się na art. 54 § 1 pkt 6 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8 poz. 60, z późn. zm.) - dalej "Ordynacja podatkowa" i stwierdzając, że odsetki nie powinny były być naliczane za okres od dnia wszczęcia kontroli, którą prowadzono, do dnia doręczenia decyzji, które wówczas wydano, zgodnie z treścią tego przepisu
Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W., decyzją z dnia [...] stycznia 2010 r., odmówił stwierdzenia nadpłaty i wskazał, że w świetle regulacji art. 6zg ust. 3 ustawy z dnia 24 lipca 1999 r. o Służbie Celnej (obecnie ustawa z dnia 27 sierpnia 2009 r. o Służbie Celnej - Dz. U. nr 168 poz. 1323) - dalej "ustawa o służbie celnej z 2009 r.", w zakresie nieuregulowanym w ustawie do postępowania kontrolnego stosuje się przepisy rozdziałów 2, 5, 6, 10, 11, 14, 16, 22 i 23 Działu IV Ordynacji podatkowej, a więc rozdziałów w których nie znajduje się cytowany przepis, to wobec braku szczegółowych regulacji w tym zakresie przyjąć należy, że wszczęcie postępowania kontrolnego przez organ celny nie stanowi wszczęcia kontroli podatkowej, o której mowa w art. 54 § 1 pkt 6 Ordynacji podatkowej. W związku z czym, zdaniem organu pierwszej instancji, w rozpatrywanej sprawie nie znajdzie zastosowania norma wynikająca z ww. artykułu. Odsetki naliczone przez Naczelnika Urzędu Celnego [...] "P." w W. od zaległości podatkowych, wynikających z decyzji do których odnoszą się wnioski o stwierdzenie nadpłaty, zostały uznane przez organ podatkowy za pobrane w sposób prawidłowy.
Od powyższej decyzji Skarżąca Spółka wniosła odwołanie do Dyrektora Izby Skarbowej w W. Zaskarżonej decyzji zarzuciła naruszenie przepisów: - art. 120, art. 121, art. 122 w związku z art. 72 § 1 pkt 1, art. 72 § 2, art. 73 § 1 oraz art. 75 § 2 pkt 1 lit. c) Ordynacji podatkowej - poprzez odmowę stwierdzenia nadpłaty odsetek w stanie faktycznym, w którym zostały one zapłacone w kwocie wyższej niż należna; - art. 54 § 1 pkt 6 Ordynacji podatkowej - poprzez błędną jego wykładnię, a w rezultacie bezzasadny brak zastosowania.
Dyrektor Izby Skarbowej na podstawie art. 233 § 2, art. 21 § 1 pkt 1, art. 47 § 3 w związku z art. 51 § 1 i art. 53 § 4 oraz art. 72 § 1 i § 2, art. 74 a, art. 77 § 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej oraz art. 19 ust. 7, art. 29 ust. 13, art. 33 ust. 2 i ust. 3, art. 34, art. 37 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54 poz. 535, z późn. zm.) - dalej "ustawa o VAT", uchylił decyzję organu pierwszej instancji i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia temu organowi.