W ocenie Sądu w uzasadnieniu wydanej interpretacji organ prawidłowo wskazał i wyjaśnił, że w myśl art. 29 ust. 1, podstawą opodatkowania jest obrót z zastrzeżeniem ust. 2-22, art. 30-32, art. 119 oraz art. 120 ust. 4 i ust. 5 (żaden z tych przypadków nie ma zastosowania w przedmiotowej sprawie). Obrotem zaś jest kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku i obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy.
Jednocześnie argumentacja Skarżącej, która wywodzi z art 29 ust. 5 u.p.t.u., iż zawarte w nim zastrzeżenie dotyczące podstawy opodatkowania tj. niewyodrębniania wartości gruntu z dostawy nieruchomości potwierdza a contrario możliwość modyfikowania jej granic przez same strony umowy sprzedaży (dostawy) nieruchomości, nie znajduje oparcia w obowiązujących przepisach, gdyż wspomniane zastrzeżenie ma zupełnie inny cel i nie ma znaczenia dla przedmiotowej sprawy. Podobnie treść przywołanego przez Skarżącą art. 31 ust 2 u.p.t.u. dotyczącego nabycia wewnątrzwspólnotowego towarów nie może stanowić właściwej wskazówki interpretacyjnej w rozpatrywanej sprawie.
Zdaniem Sądu stanowi ją natomiast treść art. 29 ust. 9 u.p.t.u. - mającego charakter normy generalnej - dotyczącego ustalenia podstawy opodatkowania w sytuacji wykonania czynności, dla których nie została określona cena. Przepis ten wskazując w takim przypadku, jako właściwą podstawę opodatkowania towaru, jego wartość rynkową w rozumieniu art. 2 pkt 27b u.p.t.u., pomniejszoną o kwotę podatku od towarów i usług, ma bezpośrednie zastosowanie w stosunku do sytuacji nieobjętych hipotezą art. 29 ust. 1 tej ustawy. Nie będzie zatem miał dla celów podatkowych znaczenia fakt wyodrębnienia lub nie z wartości rynkowej towaru określonych elementów cenotwórczych, gdyż podstawą opodatkowania stanowi wartość rynkowa, określana zgodnie z odrębnymi przepisami dotyczącymi wyceny nieruchomości.
W przypadku określenia ceny towaru w umowie przenoszącej własność nieruchomości stanowiącej w rozumieniu przepisów podatkowych dostawę towarów, zasadę zapewnienia zgodności z wartością rynkową należy uznać za nadrzędną przy ocenie zakresu oraz ekonomicznego celu zmiany (obniżenia) tej wartości, przez wyłączenie (odrębne rozliczenie) świadczeń publicznoprawnych mających znaczenie cenotwórcze, jak to ma miejsce w rozpoznawanej sprawie. Nieuwzględnienie tych okoliczności prowadziłoby w praktyce do nierówności opodatkowania podatkiem od towarów i usług pod względem sposobu ustalania podstawy opodatkowania i tym samym stanowiłoby naruszenie zasady niedyskryminacji bezwzględnie obowiązującej w ramach systemu podatku VAT.
Reasumując, Minister Finansów dokonał prawidłowej wykładni przepisów art. 29 ust. 1 oraz 106 ust. 1 u.p.t.u. w zakresie dotyczącym podstawy opodatkowania dostaw nieruchomości oraz obowiązku ich udokumentowania fakturą VAT, jak również nie naruszył przepisów postępowania określających tryb wydawania indywidualnych interpretacji prawa podatkowego.
Z uwagi na powyższe, Sąd na podstawie art. 151 P.p.s.a. oddalił skargę.