Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Grażyna Nasierowska, Sędziowie Sędzia WSA Jerzy Płusa, Asesor WSA Jolanta Sokołowska (spr.), Protokolant Urszula Hoduń, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 2 czerwca 2005 r. sprawy ze skargi P. S.A. na decyzję Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia [...] listopada 2004 r. Nr [...] w przedmiocie podatku od towarów i usług 1) uchyla zaskarżoną decyzję, 2) stwierdza, że uchylona decyzja nie podlega wykonaniu w całości, 3) zasądza od Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej na rzecz skarżącego kwotę 107.200 zł (sto siedem tysięcy dwieście złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Zaskarżoną decyzją z dnia [...].11.2004r. nr[...], po rozpatrzeniu wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy złożonego przez P. S.A. w W. od decyzji Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej z dnia [...].05.2003r. Nr[...], Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej uchylił tę decyzję w całości i orzekł zobowiązanie podatkowe z tytułu podatku od towarów i usług za styczeń 2000r. w wysokości [...] zł oraz ustalił dodatkowe zobowiązanie podatkowe w wysokości [...] zł.
Z motywów decyzji wynika, że Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej (GIKS) w decyzji wydanej w I instancji zakwestionował prawo strony do odliczenia podatku naliczonego ujętego w deklaracji VAT-7 za grudzień 1999r. i wykazanego w fakturach: VAT Nr [...] z dnia [...].12.1999r., VAT Nr [...] z dnia [...].12.1999r., VAT Nr [...] z dnia[...].12.1999r., VAT Nr [...] z dnia [...].01.2000r., VAT Nr [...] z dnia [...].12.1999r., VAT Nr [...] z dnia [...].12.1999r., VAT Nr [...] z dnia [...].12.1999r., [...] z dnia [...].01.2000r. (faktura korygująca), VAT Nr [...] z dnia [...].01.2000r. (faktura korygująca) - ze względu na przedwczesne jego odliczenie. Po ponownym rozpatrzeniu sprawy, powołując się na uchwałę Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 29.10.2001r. sygn. akt FPS 10/01 oraz wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 października 2004r. sygn. akt SK 33/03, GIKS uwzględnił podatek naliczony z tych faktur podlegający prawidłowemu rozliczeniu w okresie ich otrzymania, tj. w styczniu 2000r.
Uznał też zakwestionowane w decyzji pierwszoinstancyjnej prawo do odliczenia podatku naliczonego wykazanego w deklaracji VAT-7 za styczeń 2000r., wynikającego z faktur: VAT Nr [...] z dnia [...].12.1999r, VAT Nr [...] z dnia [...].12.1999r., Nr [...] z dnia [...].12.1999r., Nr [...] z dnia [...].12.1999r. oraz Nr [...] z dnia [...].12.1999r. stwierdzając, że strona nie utraciła prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z tych faktur w miesiącach, w których usługa została wykonana i nastąpił odbiór towaru.
W zakresie podatku naliczonego wynikającego z faktur VAT wystawionych przez firmy należące do pracowników P. S.A., pełniących funkcje dyrektorów pionów organizacyjnych i ich zastępców, GIKS przyjął, iż strona w racjonalny sposób wykazała związek wydatków poniesionych na ten cel z przychodem i odstąpił od negowania jej prawa do obniżenia podatku należnego.
Organ odwoławczy odstąpił również od wcześniej poczynionego szacowania obrotu z tytułu wynajmu pomieszczeń w budynku przy ul. [...] podmiotom powiązanym kapitałowo.
GIKS pozostał natomiast przy swoim stanowisku zawartym w decyzji z dnia [...].05.2003r. w kwestii prawa strony do odliczenia podatku naliczonego, wynikającego z faktur VAT wystawionych przez Elektrownię [...]. S.A. w dniu [...].12.1999r.. Stanowisko to zajął w oparciu o następujący stan faktyczny.
W dniu 30.07.1998r. pomiędzy Elektrownię [...]. S.A., zwaną dalej "Elektrownią", a [...] Zakładem Energetycznym S.A., zwaną dalej "[...] ZE S.A.", zawarta została umowa kupna-sprzedaży energii elektrycznej, na mocy której Elektrownia zobowiązała się do dostawy na rzecz [...] ZE S.A. określonej ilości energii elektrycznej wyprodukowanej przez bloki [...] i [...], w okresie od 1.01.1999r. do 31.12.1999r.. Realizując tę umowę Elektrownia wystawiała na rzecz [...] ZE S.A. faktury VAT dokumentujące sprzedaż określonej ilości energii elektrycznej, natomiast [...] ZE S.A. dokonywała płatności za tę energię. W dniu [...].12.1999r. został podpisany aneks do ww. umowy, w którym strony, w wyniku renegocjacji umowy, odstąpiły od jej realizacji w okresie od 1.07.1999r. do 31.12.1999r. W związku z aneksem Elektrownia w dniu [...].12.1999r. skorygowała faktury VAT za okres od lipca do listopada 1999r. wystawione uprzednio na [...] ZE S.A., w wyniku czego ilość i wartość sprzedanej energii elektrycznej z bloków [...] i [...] dla [...] ZE S.A.,. wyniosła "0". W dniu [...].12.1999r. Elektrownia wystawiła faktury VAT dla P. S.A., zwanej dalej "P. S.A.", na tę samą ilość energii elektrycznej, w tej samej cenie i za te same okresy, co uprzednio były wykazane w fakturach VAT dla [...] ZE S.A. Poza tym do umowy dostawy energii elektrycznej zawartej w dniu [...].04.1999r. pomiędzy Elektrownią a P. S.A. został sporządzony aneks nr 1 (bez daty), zgodnie z którym w okresie od 1.07.1999r. do 31.12.1999r. oprócz wielkości dostaw energii elektrycznej wskazanej w załączniku 1 do tej umowy dostawca zobowiązał się dostarczyć do odbiorcy, a odbiorca odebrać dodatkową ilość energii elektrycznej z bloków [...] i [...], w wielkościach określonych w tym aneksie. Na skutek uzgodnień pomiędzy [...] ZE S.A., Elektrownią i P. S.A. zostało zawarte trójstronne porozumienie, które umożliwiło kompensatę wzajemnych należności i zobowiązań pomiędzy jego stronami. Do tego porozumienia Elektrownia dołączyła protokoły z odczytu liczników i wyznaczenia ilości energii sprzedanej, które jej zdaniem wskazują, że nie miała miejsca dwukrotna sprzedaż tej samej energii oraz załączyła tabelę - wyciąg z ww. protokołów z wykazanymi ilościami i wartościami energii, jakie znalazły się na fakturach wystawionych w przedmiotowym okresie.