Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Bożena Dziełak, Sędziowie Sędzia WSA Krystyna Kleiber (sprawozdawca), Sędzia WSA Jolanta Sokołowska, Protokolant Anna Kurdej, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 19 lutego 2009 r. sprawy ze skargi C. Sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] lipca 2008 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych 1) uchyla zaskarżoną decyzję i poprzedzającą ją decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. z dnia [...] kwietnia 2008 r. nr [...], 2) stwierdza, że uchylone decyzje nie mogą być wykonane w całości, 3) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w W. na rzecz C. Sp. z o.o. z siedzibą w W. kwotę 22.125,00 zł (słownie: dwadzieścia dwa tysiące sto dwadzieścia pięć złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Wnioskiem z dnia 13 lutego 2008 r. pełnomocnik C. sp. z o.o., wystąpił o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 1.492.410 zł. Wyjaśnił, że w dniu 11 września 2007 r. odbyło się Nadzwyczajne Zgromadzenie Wspólników spółki C. sp. z o.o. (zwana dalej C. lub Spółką Przejmująca lub Skarżącą). Zgromadzenie Wspólników Spółki uchwałą nr 1, podjętą w formie aktu notarialnego uchwaliło, na podstawie art. 492 § 1 pkt 1 w związku z art. 506 § 1 ustawy z dnia 15 września 2000 r. Kodeks spółek handlowych (Dz. U. Nr 94, poz. 1037) dalej jako "ksh", połączenie spółki C. sp. z o.o. ze spółką akcyjną T. z siedzibą w W. (zwana dalej T. lub Spółką Przejmowaną). Połączenie nastąpiło w drodze przeniesienia całego majątku Spółki Przejmowanej (jedynego wspólnika spółki C.) na Spółkę Przejmującą, w zamian za udziały, które Spółka Przejmująca wydała akcjonariuszom Spółki Przejmowanej. Nastąpiło łączenie przez przejęcie. Jednocześnie na podstawie § 2 tej uchwały Zgromadzenie Wspólników, w związku z połączeniem Spółek, uchwaliło podwyższenie kapitału zakładowego w Spółce Przejmującej o kwotę 300.000.000 zł, to jest do wysokości 600.004.000 zł, poprzez utworzenie 600.000 nowych udziałów o nominalnej wartości 500 zł każdy, z przeznaczeniem dla akcjonariuszy Spółki Przejmowanej. Od powyższej czynności, uwzględniając kapitał zakładowy Spółki Przejmowanej w wysokości 1.508.757,00 zł oraz dotychczasowy kapitał zakładowy Spółki Przejmującej w wysokości 300.004.000 zł, notariusz pobrał podatek od czynności cywilnoprawnych w kwocie 1.492.410 zł. Uchwałą nr 2 tego aktu uchwalono obniżenie kapitału zakładowego spółki z kwoty 600.004.000 zł do kwoty 300.000.000 zł, tj. o kwotę 300.004.000,00 zł, poprzez umorzenie 600.008 udziałów Spółki, odpowiadających wartości majątku Spółki Przejmowanej przejętego w wyniku połączenia. Obniżenie nastąpiło bez wynagrodzenia. W ocenie pełnomocnika Skarżącej, notariusz pobrał podatek bezpodstawnie, ponieważ podwyższenie kapitału zakładowego było jedynie przejściowym etapem całego procesu łączenia spółek, natomiast efektem końcowym tego procesu było obniżenie kapitału zakładowego Spółki Przejmującej, zatem fakt uprzedniego podwyższenia kapitału zakładowego Spółki, jako jednego z etapów procesu, pozostał bez znaczenia dla powstania obowiązku podatkowego w podatku od czynności cywilnoprawnych. Podkreślił, że przedstawiony powyżej sposób połączenia poprzez przejęcie majątku T., tj. podwyższenia kapitału zakładowego Spółki, a następnie obniżenie, podyktowany był wymogami określonymi Kodeksem spółek handlowych. Połączenie nie miało na celu zasilanie Spółki Przejmującej dodatkowym kapitałem. Zdaniem Skarżącej przepisy ustawy z dnia 9 września 2000r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz.U.07. Nr 68 poz.450 ze zmianami) dalej jako "u.p.c.c." wskazują, że łączenie spółek podlega opodatkowaniu jedynie w przypadku, gdy końcowym efektem łączenia spółek będzie podwyższenie kapitału spółki przejmującej, tj. gdy końcowym rezultatem procesu łączenia spółek będzie podwyższenie kapitału zakładowego, natomiast w przedmiotowej sprawie kapitał zakładowy pozostanie bez zmian, względnie ulegnie zmniejszeniu. Zdaniem Skarżącej proces łączenia spółek należy całościowo rozpatrywać, w szczególności bez znaczenia pozostaną poszczególne, przejściowe etapy tego procesu, jeżeli zmierzają do osiągnięcia zamierzonego efektu. Spółka powołała się w tej mierze na orzecznictwo sądów administracyjnych, które stanowiło, że każdorazowej ocenie należy poddać okoliczność czy dana czynność cywilnoprawna stanowiąca element końcowy danego procesu, nie będąca samodzielną gospodarczą transakcją, rodzi obowiązek w podatku od czynności cywilnoprawnych. Skarżąca powołała się też na zasadę wyrażoną w Dyrektywie Rady z dnia 17 lipca 1969 r. dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału. Założenia Dyrektywy przewidują, iż kapitał spółek powinien być opodatkowany jednokrotnie. Tymczasem, w ocenie Skarżącej, zaistniała w przedmiotowej sprawie sytuacja, nie może być uznana za zgodną z założeniami Dyrektywy, gdyż zdaniem Skarżącej opodatkowanie zwiększenia kapitału zakładowego Spółki C. o wartość majątku T. oznacza dwukrotne opodatkowanie tego samego kapitału. Skarżąca powołała się również na rozróżnienie w przedmiotowej ustawie dwóch odrębnych sytuacji prawnych, tj. podwyższenia kapitału i łączenia spółek. Przy zmianie umowy spółki podstawą opodatkowania jest wartość wkładów powiększających majątek spółki albo wartość, o którą podwyższono kapitał zakładowy - art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. b). Natomiast przy łączeniu spółek podstawą opodatkowania jest wartość majątku wniesionego do spółki albo wartość kapitału zakładowego - art. 6 ust. 1 pkt 8 lit. f). W ocenie Skarżącej z powyższych przepisów wynika, że brak jest podstaw do przyjęcia, aby w przypadku łączenia spółek, jako podstawę opodatkowania przyjąć wartość wkładów powiększających majątek spółki.