Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Beata Sobocha, Sędziowie sędzia WSA Sylwester Golec (sprawozdawca), sędzia WSA del. Marek Kraus, Protokolant starszy referent Iwona Choińska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 13 marca 2014 r. sprawy ze skargi M.B. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] lipca 2013 r. nr [...] w przedmiocie określenia w podatku od towarów i usług wysokości zobowiązania podatkowego za miesiące od maja do grudnia 2006 r. oraz określenia prawidłowej wysokości nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za miesiące od stycznia do kwietnia 2006 r. 1) uchyla zaskarżoną decyzję, 2) stwierdza, że uchylona decyzja nie może być wykonana w całości, 3) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w W. na rzecz M. B. kwotę 10446 zł (słownie: dziesięć tysięcy czterysta czterdzieści sześć złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Dyrektor Izby Skarbowej w W. po rozpoznaniu odwołania M. B. (zwanego dalej: "Skarżącym") z dnia 28 czerwca 2012 r. od decyzji Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w P. z dnia [...] czerwca 2012 r. nr [...] w sprawie określenia zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za miesiące od maja do grudnia 2006 r. oraz prawidłową wysokość nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za miesiące od stycznia do kwietnia 2006r., decyzją z dnia [...] lipca 2013 r. nr [...]:
- w pkt 1) uchylił zaskarżoną decyzję organu pierwszej instancji w części określającej nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za styczeń, luty, marzec i kwiecień 2006r. oraz zobowiązanie podatkowe za maj, sierpień i październik 2006r.,
- w pkt 2) określił kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za: styczeń 2006r. - w wysokości 334 zł, luty 2006r. - w wysokości 334 zł, marzec 2006r. - w wysokości 334 zł, kwiecień 2006r. - w wysokości 774 zł,
- w pkt 3) określił zobowiązanie podatkowe za: maj 2006r. - w wysokości 21.764 zł, sierpień 2006r. - w wysokości 10.894 zł, październik 2006r. - w wysokości 69.980 zł,
- w pkt 4) w pozostałej części utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję organu pierwszej instancji.
W uzasadnieniu decyzji z dnia [...] lipca 2013 r. Dyrektor Izby Skarbowej w W. wskazał, iż na podstawie postanowienia Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w P. z dnia [...] lipca 2011 r. nr [...] wszczęto wobec Skarżącego postępowanie kontrolne w przedmiocie podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe 2006 roku. Konsekwencją przeprowadzonego postępowania kontrolnego była decyzja z dnia [...] października 2011 r. nr [...] określająca zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za okres od maja do grudnia 2006r., od której Skarżący złożył odwołanie w piśmie z dnia 27 października 2011 r., zarzucając organowi kontroli skarbowej, że bezzasadnie uznał, iż Skarżący prowadził działalność gospodarczą polegającą na sprzedaży nieruchomości, przedkładając na tę okoliczność szereg argumentów. Po rozpoznaniu wskazanego odwołania Dyrektor Izby Skarbowej w P. decyzją nr [...] z dnia [...] stycznia 2012 r. uchylił decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w P. z dnia [...] października 2011 r. i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia temu organowi. Z uzasadnienia wskazanej decyzji wynika, iż przesłankami do uchylenia decyzji organu kontroli skarbowej było niedokonanie ustaleń w zakresie podatku naliczonego w części dotyczącej faktur zakupu VAT wystawionych za 2006 rok przez firmę "E." S.A. oraz nie wyjaśnienie roli Stowarzyszenia [...]. Po ponownym rozpatrzeniu sprawy decyzją z dnia [...] czerwca 2012 r., nr [...] Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w P. określił Skarżącemu wysokość zobowiązania podatkowego za okres od maja do grudnia 2006 roku oraz wysokość nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za miesiące od stycznia do kwietnia 2006 roku. Skarżący w okresie objętym kontrolą był zarejestrowanym i czynnym podatnikiem podatku od towarów i usług. Za okres od stycznia do grudnia 2006r. składał w ustawowym terminie deklaracje dla podatku od towarów i usług w Urzędzie Skarbowym P.. W trakcie postępowania kontrolnego ustalono, że Skarżący w 2006 roku sprzedał 29 działek budowlanych, o łącznej powierzchni 29.303 m2, położonych w R., powstałych z podziału nieruchomości [...] i z tego tytułu uzyskał przychód w wysokości 1.770.100 zł.