Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Jerzy Płusa, Sędzia WSA Grażyna Nasierowska, Asesor WSA Alojzy Skrodzki (spr.), Protokolant Małgorzata Szamocka, po rozpoznaniu w dniu 8 marca 2005 r. sprawy ze skargi Towarzystwa [...] S.A. na decyzję Ministra Finansów z dnia [...] października 2001r. Nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji o podatek od towarów i usług za grudzień 1995 r. -oddala skargę-
Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie wyrokiem z dnia 23 września 2004 r. o sygn. akt FSK 644/04 uchylił wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 10 września 2003 r. sygn. akt III SA 380/03, który z kolei uchylał decyzję Ministra Finansów z dnia [...] października 2001 r. nr [...] utrzymującą w mocy własną decyzję Ministra Finansów z dnia [...] lipca 2001 odmawiającą stwierdzenia nieważności ostatecznej decyzji Izby Skarbowej w Z. z dnia [...] grudnia 2000 r. Nr [...] uchylającą decyzję organu I instancji w części dotyczącej podatku należnego i określającej w podatku od towarów i usług za grudzień 1995 r. prawidłową kwotę zwrotu różnicy podatku, kwotę zawyżenia nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, zaległość podatkową w wraz z odsetkami od tej zaległości, wysokość zobowiązania podatkowego na podstawie art. 33 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50 ze zm.) - zwanej dalej "ustawą o VAT" i ustalającej dodatkowe zobowiązanie podatkowe.
Uchylając zaskarżony wyrok Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie przekazał sprawę Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Warszawie do ponownego rozpoznania, w oparciu o art. 185 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. Nr 153, poz. 1270 ze zm.) zwanej dalej "p.p.s.a"
Z przebiegu postępowania wynika, że w dniu [...] września 2000 r. [...] Urząd Skarbowy w Z. po przeprowadzeniu kontroli podatkowej w zakresie prawidłowości rozliczeń z budżetem państwa za 1995 r. w Towarzystwie [...] S.A. Zakład Pracy Chronionej w Z. wydał decyzję w przedmiocie podatku od towarów i usług za grudzień 1995 r. Decyzja ta określała prawidłową kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym podlegającą zwrotowi, wysokość kwoty podatku wynikająca z art. 33 ustawy o VAT oraz zaległość podatkową wraz z odsetkami za zwłokę liczonymi na dzień wydania decyzji i ustalała dodatkowe zobowiązanie podatkowe.
Od decyzji tej oraz pozostałych za poszczególne miesiące 1995 r. zostały wniesione odwołania, w których zarzucono wadliwość przeprowadzonego postępowania podatkowego i wnioskowano o uchylenie zaskarżonej decyzji. Po wniesieniu odwołania pełnomocnik Spółki zgłosił nowe wnioski dowodowe dotyczące przesłuchania świadków i zasięgnięcia opinii biegłego oraz wyłączenia z materiału dowodowego dokumentów przekazanych przez Prokuraturę Rejonową w Z.. Wnioski te nie zostały uwzględnione i Izba Skarbowa w Z. wydała w tej sprawie postanowienia z [...], [...] i [...] grudnia 2000. o stosownych numerach. Nie został również uwzględniony złożony wniosek o zawieszenie postępowania odwoławczego. W dniu [...] grudnia 2000 r. Izba Skarbowa w Z. po rozpoznaniu odwołania dotyczącego grudnia 1995 r. uchyliła w części decyzję [...] Urzędu Skarbowego w Z., określiła prawidłową kwotę zwrotu podatku, zaległość podatkową, ustaliła dodatkowe zobowiązanie podatkowe oraz określiła odsetki od nienależnego zwrotu.