Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca Sędzia NSA Krystyna Chustecka (spr.), Sędziowie Sędzia WSA Ewa Radziszewska-Krupa, Sędzia WSA Marta Waksmundzka-Karasińska, Protokolant Anna Armińska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 21 maja 2008 r. sprawy ze skargi R. Sp. z o.o. z siedzibą w W. na postanowienie Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] listopada 2007 r. nr [...] w przedmiocie zaliczenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2002 r. 1) uchyla zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. z dnia [...] sierpnia 2007 r. nr [...], 2) stwierdza, że uchylone postanowienia nie mogą być wykonane w całości, 3) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w W. na rzecz R. Sp. z o.o. z siedzibą w W. kwotę 340 zł (słownie: trzysta czterdzieści złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Zaskarżonym do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie postanowieniem z [...] listopada 2007 r. Dyrektor Izby Skarbowej w W. - działając na podstawie art. 233 § 1 pkt 2 lit. a) w zw. z art. 239, art. 52 § 1 pkt 1, art. 53 § 1 i § 5 pkt 1, art. 73 § 2, art. 76 § 1, art. 76a § 2 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 ze zm., dalej "Op") oraz § 4 ust.1 pkt 6 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 sierpnia 2005 r. w sprawie naliczania odsetek za zwłokę oraz opłaty prolongacyjnej, a także informacji, które muszą być zawarte w rachunkach (Dz. U. Nr 165, poz. 1373; dalej "rozporządzenie"), po rozpatrzeniu zażalenia R. sp. z o.o. z siedzibą w W. (Skarżącej w niniejszej sprawie) - uchylił w całości postanowienie Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. z [...] sierpnia 2007 r. i orzekł o zaliczeniu nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2002 r. w kwocie 518.237,00 zł na poczet zaległości w tym podatku za 2003 r. oraz odsetek za zwłokę (w tym 373.528,00 zł na należność główną oraz 144.709,00 zł na odsetki za zwłokę, naliczone za okres od dnia 20 kwietnia 2004 r. do dnia 23 kwietnia 2007 r.).
Powyższe rozstrzygnięcie Dyrektor Izby Skarbowej w W. wydał na podstawie następującego stanu faktycznego.
Skarżąca w dniu 30 kwietnia 2003 r. złożyła w Urzędzie Skarbowym [...] zeznanie roczne w podatku dochodowym od osób prawnych za 2002 r., z wykazaną nadpłatą w kwocie 756.418,00 zł, która zgodnie z jej wnioskiem z 25 kwietnia 2003 r. została zaliczona na poczet zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych na podstawie art. 76 Op.
Następnie w dniu 23 kwietnia 2007 r. Skarżąca złożyła w [...] Urzędzie Skarbowym w W.:
- korektę zeznania CIT-8 za 2002 r., wykazując nadpłatę wyższą niż pierwotnie zadeklarowania o kwotę 518.237,00 zł;
- korektę zeznania CIT-8 za 2003 r., wykazując nadpłatę niższą niż pierwotnie zadeklarowania o kwotę 495.544,00 zł;
- wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2002 r. w kwocie 518.237,00 zł i zaliczenie jej na poczet zaległości podatkowej wynikającej z korekty rozliczenia podatku dochodowego od osób prawnych za 2003 r.
Uzasadniając przyczyny dokonanych korekt Skarżąca powołała się na protokół kontroli przeprowadzonej w jej siedzibie w dniach 23.01-14.02.2007 r. Poinformowała przy tym, że nie dokonuje wpłaty kwoty zaległości podatkowej wynikającej ze złożonej korekty, ponieważ powinna być ona skompensowana nadpłatą za 2002 r. Zdaniem Skarżącej zaliczenie ww. nadpłaty powinno skutkować brakiem obowiązku zapłaty przez nią odsetek za zwłokę od tej zaległości.
Postanowieniem z [...] sierpnia 2007 r., wydanym na podstawie art. 76a § 1 i § 2 pkt 2 Op, Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. nadpłatę za 2002 r. wynikającą z korekty zeznania CIT-8, złożonej z 23 kwietnia 2007 r. zaliczył na poczet zaległości 12/2003 r. (w tym kwota 380.631,00 zł na należność główną oraz 137.606,00 zł na odsetki liczone od 28.06.2004 r. do 23.04.2007 r.).