Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca Sędzia WSA Anna Wesołowska, Sędziowie Sędzia WSA Barbara Kołodziejczak-Osetek, Sędzia WSA Dariusz Zalewski (sprawozdawca), Protokolant referent stażysta Agata Próchniewska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 11 kwietnia 2013 r. sprawy ze skargi P. S.A. z siedzibą w B. (I. Sp. z o.o.) na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] sierpnia 2010 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych oddala skargę
I. Stan sprawy przedstawia się następująco:
1. Skarżąca - I. z siedzibą w W. (następca prawny F. sp. z o.o., obecnie - P. S.A. z siedzibą w B.) wnioskiem z 28 stycznia 2010 r. wystąpiła o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 81.040,50 zł, pobranym przez płatnika w związku z podwyższeniem kapitału zakładowego w wyniku wniesienia aportów na mocy uchwały Nadzwyczajnego Walnego Zgromadzenia z 21 grudnia 2007 r. oraz o naliczenie stosownego oprocentowania od tej nadpłaty. Jako podstawę żądania Skarżąca wskazała art. 75 § 1 w zw. z art. 73 § 1 pkt 2 oraz art. 78 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 ze zm.) - dalej "O.p.". Jej zdaniem pobranie podatku nastąpiło na podstawie przepisów sprzecznych z prawem unijnym. Powołując się na art. 4 ust. 2, art. 7 ust. 1 i ust. 2 dyrektywy Rady 69/335/EWG z dnia 17 lipca 1969 r. dotyczącej podatków pośrednich od gromadzenia kapitału (Dz. U. UE L 249 poz. 25 ze zm.) - dalej: "Dyrektywa 69/335" oraz art. 2 pkt 4 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (w brzmieniu obowiązującym do 31 grudnia 2006r.), a także § 8 ust. 1 pkt 6 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług wyjaśniła, że skoro w latach 2004-2006 podniesienie kapitału zakładowego spółki kapitałowej w wyniku wniesienia wkładu niepieniężnego było zwolnione z opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych, to wprowadzenie opodatkowania takich czynności tym podatkiem z dniem 1 lipca 2007 r. stanowiło naruszenie prawa wspólnotowego. Oznacza to, że od 1 lipca 2007r. ustawa o podatku od czynności cywilnoprawnych jest sprzeczna z art. 7 ust. 2 Dyrektywy 69/335 w zakresie, w jakim nie zwalniała z podatku od czynności cywilnoprawnych podniesienia kapitału zakładowego w wyniku wniesienia wkładu niepieniężnego.
2. Decyzją z [...] maja 2010 r. Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 81.040,50 zł oraz naliczenia oprocentowania, wskazując, iż przepisy ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, na podstawie których płatnik pobrał podatek od zmiany umowy spółki, są zgodne z przepisami Dyrektywy, na które powołuje się Skarżąca.
3. W odwołaniu od powyższej decyzji Skarżąca zarzuciła naruszenie: