Zauważyć należy, że przy całkowitej odrębności postępowań: karnego i podatkowego, w praktyce to raczej postępowanie przygotowawcze czerpie z wyników postępowania podatkowego i wykorzystuje jego ustalenia niż odwrotnie. Jak już wskazano zawieszenie postępowania podatkowego zasadne byłoby zatem tylko w przypadku, gdyby bez uprzedniego rozstrzygnięcia zagadnienia wstępnego, wydanie decyzji podatkowej nie było możliwe (zob. wyrok NSA z 9 stycznia 2003 r., sygn. akt III SA 1629/01), co w przypadku ocenianego postępowania nie zostało przez Skarżącego wykazane. Podobnie wskazywano już wielokrotnie w aktualnym orzecznictwie sądowoadministracyjnym. W orzeczeniu z 11 lutego 2011r., sygn. akt I FSK 281/10 Naczelny Sąd Administracyjny, opierając się na poglądach prezentowanych w doktrynie prawa podkreślił, że postępowanie karne mające nawet bezpośredni związek ze sprawą podatkową, co do zasady, nie będzie kreować zagadnienia wstępnego w odniesieniu do postępowania podatkowego w przedmiocie określenia lub też ustalenia wysokości zobowiązania podatkowego.
Postępowanie w sprawie podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe 2013r. prowadzone wobec Skarżącego oraz wskazane postępowanie karne są odrębnymi, samodzielnymi postępowaniami. W każdym z tych odrębnych postępowań właściwy organ prowadzi odrębne postępowanie dowodowe i w oparciu o zgromadzony materiał dowodowy dokonuje ustaleń z uwzględnieniem stosownych norm prawa materialnego. Prowadzenie wskazanego postępowania karnego nie stanowi przeszkody w samodzielnym działaniu organu podatkowego celem ustalenia stanu faktycznego w sprawie toczącej się wobec Skarżącego i jego oceny pod kątem skutków podatkowych. Organ powinien bowiem przeprowadzić samodzielnie ustalenia i dokonać oceny zebranych dowodów. Co do zasady postępowanie karne nie stanowi podstawy do zawieszenia postępowania podatkowego. W każdej z takich spraw właściwe organy zobowiązane są do prowadzenia odrębnego postępowania dowodowego z możliwością wykorzystania materiału dowodowego zgromadzonego w innej sprawie (zob. wyrok WSA w Warszawie z 19 czerwca 2013r., III SA/Wa 3216/12; wyroki WSA w Gdańsku z 15 stycznia 2009r., I SA/Gd 752/08 i z 18 marca 2015r., I SA/Gd 1671/14, CBOSA).
Jak słusznie podniósł też Dyrektor IAS, wskazane przez Skarżącego wydane przez sędziego komisarza prawomocne postanowienia zatwierdzające sprawozdania rachunkowe zarządcy masy upadłości Przedsiębiorstwa Napraw Infrastruktury sp. z o.o. w upadłości układowej, stanowią element stanu faktycznego sprawy i podlegają ocenie w prowadzonym postępowaniu podatkowym.
Zważyć należy, że zgodnie z art. 365 § 1 kpc, orzeczenie prawomocne wiąże nie tylko strony i sąd, który je wydał, lecz również inne sądy oraz inne organy państwowe i organy administracji publicznej, a w wypadkach w ustawie przewidzianych także inne osoby. W sytuacji zatem wydania przez sąd powszechny prawomocnego orzeczenia, ustalając stan faktyczny w danej sprawie organy administracji publicznej zobowiązane są do zbadania (ustalenia) zakresu związania tym orzeczeniem w sprawie, w której prowadzą postępowanie administracyjne. Organy administracji publicznej winny zatem ustalić jaka kwestia prawna była przedmiotem rozstrzygnięcia w sprawie zakończonej prawomocnym orzeczeniem sądu powszechnego oraz czy ta kwestia prawna ma znaczenie prejudycjalne w sprawie administracyjnej (zob. wyrok NSA z 19 sierpnia 2021r., sygn. akt I OSK 384/21 oraz wyrok WSA w Gdańsku z 23 września 2020r. sygn. akt II SA/Gd 192/20; CBOSA).