Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Bożena Dziełak (sprawozdawca), Sędziowie Sędzia WSA Marek Krawczak, Sędzia WSA Alojzy Skrodzki, Protokolant st. sekr. sąd. Anna Kurdej, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 7 czerwca 2011 r. sprawy ze skargi B. sp. z o.o. z siedzibą w N. na decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w O. z dnia [...] maja 2010 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji określającej wysokość zobowiązania w podatku od towarów i usług za wrzesień i grudzień 2004 r. oddala skargę
Decyzją z [...] kwietnia 2008 r. Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w O. ("Dyrektor UKS") określił Skarżącej - B. sp. z o.o. w N., zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za wrzesień i grudzień 2004 r. oraz za miesiące te ustalił dodatkowe zobowiązania podatkowe.
Skarżąca uchybiła terminowi do złożenia odwołania od tej decyzji, skutkiem czego stała się ona ostateczna w administracyjnym toku instancji.
Pismem z 1 września 2009 r. Skarżąca wniosła o stwierdzenie nieważności ww. decyzji Dyrektora UKS na podstawie art. 247 § 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej. Zarzuciła wydanie decyzji z rażącym naruszeniem prawa polegającym na błędnym zastosowaniu art. 88 ust. 1 pkt 2 i art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. Nr 54, poz. 535, z późn. zm.) - dalej: "u.p.t.u.", w zw. z art. 168 Dyrektywy Rady 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz.U.UE.L.06.347.1) - dalej: "Dyrektywa 112".
Zdaniem Skarżącej, z wykładni gramatycznej art. 88 ust. 1 pkt 2 u.p.t.u. nie wynikał obowiązek dokonania przez nią korekty odliczonego podatku naliczonego, związanej ze stwierdzonymi niedoborami nabytych towarów. Dyrektor UKS nie uwzględnił wynikającej z art. 168 Dyrektywy 112 zasady odliczenia podatku naliczonego związanego z działalnością opodatkowaną podatnika. Naruszył również zasadę neutralności podatku od towarów i usług oraz zasadę proporcjonalności.
W ocenie Skarżącej Dyrektor UKS dokonał wykładni sprzecznej z literalnym brzmieniem art. 88 ust. 1 pkt 2 u.p.t.u., wyłączającego prawo do odliczenia podatku naliczonego, jeżeli dany wydatek nie może być zaliczony do kosztów uzyskania przychodów. W przepisie tym ustawodawca posłużył się trybem przypuszczającym "nie mogłyby", a zatem dotyczy on pewnej sytuacji hipotetycznej, w której podatnik z obiektywnych przyczyn nie może zaliczyć wydatków do kosztów podatkowych. Skarżąca natomiast w momencie nabycia towarów miała prawo do odliczenia podatku, ponieważ towary były wykorzystywane do działalności podlegającej opodatkowaniu, a zatem wydatki mogły być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów. Fakt, że po pewnym czasie stwierdzono niedobory towarów wynikające z zaniedbań pracownika, co skutkowało korektą kosztów podatkowych, nie zmienia faktu, że wydatki "mogłyby" koszy te stanowić.
Na poparcie swojego stanowiska Skarżąca wskazała orzecznictwo oraz opinię prawną do projektu ustawy zmieniającej u.p.t.u., z której wynikało, że art. 88 ust. 1 pkt 2 tej ustawy narusza art. 176 Dyrektywy 112.
Decyzją z [...] stycznia 2010 r. Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej ("GIKS") odmówił stwierdzenia nieważności ww. decyzji ostatecznej Dyrektora UKS.
Wyjaśnił, iż instytucja stwierdzenia nieważności stanowi odstępstwo od zasady stabilności prawomocnych orzeczeń, wyrażonej w art. 128 Ordynacji podatkowej. Granice postępowania w nadzwyczajnym trybie stwierdzenia nieważności decyzji nie pozwalają na rozpatrzenie sprawy co do jej istoty, jak w zwykłym toku instancji. W postępowaniu tym nie można więc rozpoznać merytorycznie sprawy zakończonej decyzją ostateczną, a jedynie ustalić, czy decyzja ta jest dotknięta jedną z wad wymienionych w art. 247 § 1 Ordynacji podatkowej. Ocenie podlega bowiem sama decyzja i jej skutki prawne, a nie poprzedzające ją postępowanie.