Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Katarzyna Owsiak, Sędziowie sędzia WSA Włodzimierz Gurba, sędzia WSA Aneta Trochim-Tuchorska (sprawozdawca), Protokolant referent Katarzyna Daniluk, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 18 kwietnia 2018 r. sprawy ze skargi A. S. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. z dnia [...] marca 2017 r., nr [...] w przedmiocie nadpłaty w podatku od towarów i usług za luty 2012 r. 1) uchyla zaskarżoną decyzję, 2) zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w W. na rzecz A. S. kwotę 14 438 zł (słownie: czternaście tysięcy czterysta trzydzieści osiem złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Zaskarżoną do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie decyzją z [...] marca 2017r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w W. ("Dyrektor IAS"), po rozpatrzeniu odwołania wniesionego przez Skarżącego A. S. , utrzymał w mocy decyzję Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego W. ("Naczelnik US") z [...] marca 2015r. stwierdzającą nadpłatę w podatku od towarów i usług za luty 2012r. w kwocie 1.381.208,00 zł oraz odmawiającą stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług za luty 2012r. w kwocie 757.792,00 zł.
Decyzja została wydana w następującym stanie faktycznym i prawnym.
Skarżący wnioskiem z 24 czerwca 2014r. wystąpił do Naczelnika US o stwierdzenie i zwrot nadpłaty w podatku od towarów i usług za luty 2012r. w łącznej wysokości 2.139.000.00 zł. Jak podniesiono w przedmiotowym wniosku, nadpłata powstała w wyniku dokonania przez Skarżącego w dniu 5 czerwca 2014r. dwóch wpłat na rachunek [...] Urzędu Skarbowego W.:
- w wysokości 1.361.000,00 zł - w związku z bezpodstawnym upomnieniem z 23 maja 2014r., nr [...] oraz
- w wysokości 778.000,00 zł - w związku z bezpodstawnym upomnieniem z 23 maja 2014r., nr [...].
Wpłaty te zostały dokonane ze względu na - zdaniem Skarżącego - błędnie zidentyfikowaną przez Naczelnika US nieistniejącą zaległość podatkową w rozliczeniu podatku od towarów i usług za luty 2012r. i związane z nią nienależne odsetki.
Uzasadniając złożony wniosek Skarżący szczegółowo przedstawił okoliczności faktyczne mające wpływ na sposób dokonania przez niego rozliczenia z tytułu podatku od towarów i usług za okres objęty wnioskiem, jak również przebieg operacji rachunkowych (zaliczeń i księgowań) dokonywanych przez Naczelnika US.
Skarżący wskazał, że na powstanie przedmiotowej nadpłaty miały wpływ: ustalenia postępowania kontrolnego przeprowadzonego przez Urząd Kontroli Skarbowej w W. ("UKS") zawarte w wyniku kontroli z 15 marca 2012r., wydanie w dniu 21 stycznia 2013r. interpretacji nr IPPP1/443-1051/12-2/EK oraz prawomocny wyrok WSA w Warszawie z 19 grudnia 2013r., III SA/Wa 1144/13 uchylający ww. interpretację.
Decyzją z [...] marca 2015r. Naczelnik US stwierdził nadpłatę w podatku od towarów i usług w rozliczeniu za luty 2012r. w wysokości 1.381.208,00 zł oraz odmówił stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług w rozliczeniu za luty 2012r. w wysokości 757.792,00 zł.
W uzasadnieniu decyzji Naczelnik US wyjaśnił, że 8 marca 2012r. Skarżący złożył deklarację podatkową VAT-7 za luty 2012r. z wykazaną kwotą nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu w wysokości 5.850.000,00 zł. Kwota ta została mu zwrócona częściowo w formie zaliczenia na poczet zaległości podatkowej z tytułu podatku od towarów i usług za wrzesień 2008r., a częściowo w formie bezpośredniej. Następnie w dniu 19 marca 2014r. Skarżący złożył deklarację korygującą VAT-7 za luty 2012r. z wykazaną kwotą nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w wysokości 100.000,00 zł. Ponadto w dniach 14 marca 2014r. oraz 5 czerwca 2014r. Skarżący dokonał na rachunek US trzech wpłat w kwotach odpowiednio 9.427.967,00 zł, 1.361.000,00 zł oraz 778.000,00 zł, które ostatecznie zostały przez Naczelnika US zaliczone m.in. na poczet zaległości podatkowej z tytułu podatku od towarów i usług za luty 2012r. wraz z odsetkami.