Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Grażyna Nasierowska (spr.), Sędziowie sędzia WSA Małgorzata Długosz-Szyjko, sędzia WSA Małgorzata Jarecka, Protokolant Małgorzata Szamocka, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 9 lutego 2005 r. sprawy ze skargi "..." SA w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia ... czerwca 2004 r. Nr ... w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiąc styczeń 2003 r. 1) uchyla zaskarżoną decyzję; 2) stwierdza, że uchylona decyzja nie podlega wykonaniu w całości; 3) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w W. na rzecz strony skarżącej kwotę 1.451,00 zł (jeden tysiąc czterysta pięćdziesiąt jeden złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Decyzją z ... czerwca 2004 r. Dyrektor Izby Skarbowej w W. na podstawie art. 233 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997r. - Ordynacja podatkowa ( Dz. U. Nr 137, poz. 926 z późn. zm.), art. 10, art. 19 ust. 1 i 2, art. 21 ust. 1 i 2, art. 25 ust. 1 pkt 3a) i art. 27 ust. 6 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50 z późn. zm.) oraz § 48 ust. 3 i § 60 ust. 1 pkt 7 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 marca 2002 r. w sprawie wykonania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 27, poz. 268 z późn. zm.) oraz § 16 ust. 2, 3, 6 i 7, § 26 ust. 1 pkt 5, ust. 2 i 3 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 marca 2002r. w sprawie podatku akcyzowego (Dz. U. Nr 27, poz. 269 z późn. zm.) utrzymał w mocy decyzję Urzędu Skarbowego W. z ... sierpnia 2003 r. , w której określono "..." S.A. za styczeń 2003 r. różnicę podatku, o której mowa w art. 21 ust. 1 ustawy o VAT do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy w kwocie 975.451 zł oraz ustalono dodatkowe zobowiązanie podatkowe w kwocie 6.265 zł.
W motywach tej decyzji wyjaśniono, że w dniach 24 marca - 8 kwietnia 2003 r. w "..." S.A. została przeprowadzona kontrola podatkowa w zakresie prawidłowości rozliczeń z tytułu podatku od towarów i usług za styczeń 2003 r. ze szczególnym uwzględnieniem zasadności zwrotu w kwocie 3.398.208 zł. W trakcie kontroli ustalono, iż Strona dokonywała odliczeń podatku naliczonego wynikającego z faktur zakupu benzyny do samochodów osobowych. Zgodnie bowiem z wyciągiem ze świadectwa homologacji samochód "Honda Legend" jest pojazdem osobowym pomimo zmiany przez Urząd Miejski w S. charakteru pojazdu na ciężarowy, a "Polonez Caro" w ewidencji środków trwałych firmy był ujęty jako pojazd osobowy. Zatem zgodnie z art. 25 ust. 1 pkt 3 a) ustawy o VAT nie przysługiwało stronie prawo do odliczania podatku z faktur zakupu paliwa do tych pojazdów. Ponadto - zdaniem organu podatkowego - Spółka w sposób wadliwy powiększyła kwotę podatku naliczonego o kwotę podatku akcyzowego wbrew przepisom rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie podatku akcyzowego, gdyż import oleju napędowego dla armatorów został w tym przypadku zwolniony z podatku akcyzowego. Zgodnie z w/w rozporządzeniem Ministra Finansów sprawie podatku akcyzowego podatnicy sprzedający olej napędowy mogą zwiększyć podatek naliczony o kwotę tego podatku zawartego w cenach zakupu lub zapłaconego od importu tego oleju w przypadku bezpośredniej sprzedaży oleju z przeznaczeniem do napędu silników okrętowych podmiotom posiadającym środki transportu wodnego, wykonującym działalność gospodarczą w zakresie transportu morskiego i przybrzeżnego oraz transportu wodnego śródlądowego, pod warunkiem złożenia przez nabywcę oświadczenia o zużyciu zakupionego paliwa na powyższe cele. Według oświadczenia głównej księgowej Spółki złożonego w trakcie postępowania, sprzedany towar pochodził z importu zwolnionego z podatku akcyzowego. Spółka nie spełniała powyższych warunków i przy sprzedaży oleju naliczała podatek akcyzowy, który wykazywała jako podatek naliczony w deklaracji VAT-7. Nie jest to zatem tożsame z zapłaceniem podatku akcyzowego w procedurze importu, tak więc - zdaniem urzędu - nie stanowi on podstawy do zwiększenia kwoty podatku naliczonego.