Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Anna Wesołowska (sprawozdawca), Sędziowie sędzia WSA Krystyna Kleiber, sędzia WSA Barbara Kołodziejczak-Osetek, Protokolant starszy referent Iwona Choińska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 6 grudnia 2013 r. sprawy ze skargi G. sp. z o.o. z siedzibą w L. na decyzję Ministra Pracy i Polityki Społecznej z dnia [...] kwietnia 2013 r. nr [...] w przedmiocie umorzenia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty z tytułu wpłat na Państwowy Fundusz Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych za 1999 r. 1) uchyla zaskarżoną decyzję, 2) stwierdza, że uchylona decyzja nie może być wykonana w całości, 3) zasądza od Ministra Pracy i Polityki Społecznej na rzecz G. sp. z o.o. z siedzibą w L. kwotę 457 zł (słownie: czterysta pięćdziesiąt siedem złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
I. 1. Decyzją z [...] lipca 2012 r. Prezes Zarządu Państwowego Funduszu Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych (Prezes Zarządu PFRON) wydaną na podstawie art. 207 §1, 208 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. (Dz. U. z 2012 r. nr 749, dalej Ordynacja podatkowa) oraz art. 31 ust. 1 pkt 2, art. 31 ust. 3 pkt 2 i art. 49 ust. 1 ustawy z 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych (w brzmieniu obowiązującym do 31 grudnia 1999 r.), dalej u.z.r.n. umorzył, jako bezprzedmiotowe, postępowanie wobec G. Sp. z o.o. (Skarżąca) w sprawie stwierdzenia nadpłaty w wysokości 25.526 złotych wraz z odsetkami oraz w wysokości 2.186,79 złotych wraz z odsetkami, powstałej w 1999 r. z tytułu podatku od towarów i usług na Państwowy Fundusz Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych (dalej PFRON).
I.2. W uzasadnieniu Prezes Zarządu PFRON wskazał, że Minister Pracy i Polityki Społecznej uchylił w całości decyzję Prezesa Zarządu PFRON z [...] grudnia 2008 r. określającą wysokość zobowiązania Skarżącej z tytuł wpłat na PFRON za grudzień 2002 r., styczeń i luty 2003 r. i umorzył postępowanie w sprawie, wskazując w uzasadnieniu, że postępowanie w sprawie nadpłaty będzie prowadzone po uprawomocnienia się rozstrzygnięcia w sprawie określenia wysokości zobowiązania.
I.3. Następnie, postanowieniem z [...] września 2009 r. Prezes Zarządu PFRON odmówił Skarżącej wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty z tytułu wpłat na PFRON powstałej w 1999 r. Postanowienie to zostało uchylone przez Ministra Pracy i Polityki Społecznej (MPiPS).
I.4. Prezes Zarządu PFRON decyzją z [...] maja 2011 r. umorzył jako bezprzedmiotowe postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty w wysokości 25.526 złotych wraz z odsetkami oraz w wysokości 2.186,79 złotych wraz z odsetkami, powstałej w 1999 r. Decyzja ta uchylona została przez MIPS decyzją z [...] marca 2012 r.
II.1. Rozpoznając ponownie sprawę, Prezes Zarządu PFRON ustalił, że nadpłata, o której mowa w sentencji decyzji opisanej w punkcie I.1 dotyczyła podatku VAT.
II.2. Organ wyjaśnił następnie, że u.z.r.n. przewidywała w art. 31 ust. 1 pkt 2 (w stanie prawnym obowiązującym do 31 grudnia 1999 r.) zwolnienie dla zakładów pracy chronionej lub zakładów aktywności zawodowej z wpłat do urzędu skarbowego należności z tytułu podatku VAT oraz nakazywała z mocy art. 31 ust. 3 pkt 2 przekazanie środków uzyskanych z tego tytułu na PFRON.
Jednakże zgodnie z zapisem art. 49 ust. 1 u.z.r.n. Prezes Zarządu PFRON do końca 2008 r. nie posiadał uprawnień organu podatkowego w zakresie art. 31 ust. 3 pkt 2 tejże ustawy. Organ ten posiadał natomiast uprawnienia organu podatkowego w zakresie wpłat wynikających z art. 31 ust. 3 pkt 1 u.z.r.n. Ustawodawca zatem wprost wyłączył możliwość stosowania przepisów wynikających z ustawy Ordynacja podatkowa w zakresie art. 31 ust. 3 pkt 2 u.z.r.n.
Dopiero na podstawie art. 49 ust. 1 u.z.r.n. w brzmieniu nadanym ustawą z dnia 5 grudnia 2008 r. o zmianie ustawy o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych (Dz. U. z 2008 r., Nr 237, poz. 1652, dalej ustawa zmieniająca), która weszła w życie w dniu 1 stycznia 2009 r., Prezes Zarządu PFRON uzyskał uprawnienia organu podatkowego w zakresie uregulowanym w art. 31 ust. 3 u.z.r.n..