Niezgodności między przepisami dyrektywy energetycznej i krajowych przepisów o akcyzie nie eliminuje fakt, że przepisy wykonawcze do ustawy o akcyzie przewidują system zwolnień dla olejów smarowych, bowiem zwolnienie nie obejmuje olejów smarowych przeznaczonych do smarowania silników. Polskie przepisy akcyzowe nakładają akcyzę według zharmonizowanych zasad na oleje smarowe przeznaczone także na cele inne niż napędowe i opałowe, gdyż smarowanie silników nie jest ani przeznaczeniem napędowym ani opałowym. Zaznaczyła, iż niezgodność polskich przepisów z dyrektywą energetyczną dotyczy także obowiązków administracyjnych związanych z obrotem olejami smarowymi.
Zdaniem Skarżącej ratio legis przepisu w art. 20 dyrektywy energetycznej nie budzi najmniejszych wątpliwości i powinno być odczytane w ten sposób, że nałożenie ciężaru podatkowego w akcyzie w ramach europejskiego systemu opodatkowania następuje jedynie w sytuacji wykorzystania wyrobu do napędu pojazdów lub do ogrzewania, zaś Państwa Członkowskie muszą mieć narzędzia do kontroli, czy takie wykorzystanie w praktyce następuje, czy nie.
Zaznaczyła, iż Polska nie powiadomiła Komisji o konieczności uwzględnienia olejów smarowych w katalogu wyrobów objętych kontrolą przemieszczania w zgodzie z przepisami dyrektywy horyzontalnej. W konsekwencji, do olejów smarowych nie mogą być stosowane przepisy dyrektywy horyzontalnej dotyczące kontroli i przemieszczania, co jest niezgodne z brzmieniem ustawy o akcyzie.
Zdaniem Skarżącej jeżeli polskie przepisy akcyzowe są niezgodne z dyrektywą energetyczną, nie mogą być stosowane przez organy podatkowe. Ich zastosowanie wbrew przepisom dyrektywy energetycznej narusza:
- art. 91 ust. 3 Konstytucji RP oraz art. 2 Aktu z dnia 16 kwietnia 2003 r. dotyczącego warunków przystąpienia Republiki Czeskiej, Republiki Estońskiej, Republiki Cypryjskiej, Republiki Łotewskiej, Republiki Litewskiej, Republiki Węgierskiej, Republiki Malty, Rzeczypospolitej Polskiej, Republiki Słowenii i Republiki Słowackiej do Unii Europejskiej (Dz. U. z 2004 r. Nr 90, poz. 864 ) dalej: "Traktat Akcesyjny" i art. 10 Traktatu ustanawiającego Wspólnotę Europejską (Dz. U. z 2004 r. Nr 90, poz. 864/2 ) dalej: "TWE", oraz przepisy dyrektywy energetycznej tj. art. 2 ust. 4 lit. b tiret 1, art. 2 ust. 4 in fine oraz art. 20.
Skarżąca wskazując na zasadę pierwszeństwa prawa wspólnotowego nad prawem krajowym powołała się na orzecznictwo ETS oraz Wojewódzkich Sądów Administracyjnych zaznaczyła, iż przepisy dyrektywy energetycznej są wystarczająco jasne i precyzyjne, aby uznać, że oleje smarowe nie mogą podlegać akcyzie nakładanej według zasad UE, określonych w dyrektywie energetycznej i horyzontalnej.