Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Lidia Ciechomska-Florek, Sędziowie Sędzia WSA Małgorzata Długosz-Szyjko, Sędzia WSA Jarosław Trelka (sprawozdawca), Protokolant Emilia Jaktorska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 25 listopada 2009 r. sprawy ze skargi [...] Spółdzielni Pracy O. w W. w likwidacji na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] maja 2009 r. nr [...] w przedmiocie określenia nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy oraz nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za II kwartał 2007 r. 1) uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego W. z dnia [...] grudnia 2008 r. nr [...], 2) stwierdza, że uchylone decyzje nie mogą być wykonane w całości, 3) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w W. na rzecz [...] Spółdzielni Pracy O. w W. w likwidacji kwotę 4400 zł (słownie: cztery tysiące czterysta złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Decyzją z dnia [...] grudnia 2008 r. Naczelnik Urzędu Skarbowego W., działając na podstawie art. 21 § 1 punkt 1, § 3a, art. 207, art. 123 Ordynacji podatkowej oraz art. 19 ust. 13 punkt 4, art. 86 ust. 1, ust. 3 i 5, art. 90 ust. 1, art. 99 ust. 12 ustawy z dnia 11 marca 2004 o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2004 Nr 54, poz. 535 ze. zm.) określił dla [...] Spółdzielni Pracy "O." w likwidacji (dalej jako "Spółdzielnia" lub "Skarżąca") kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy za II kwartał 2007 r. w wysokości 29 924 zł oraz kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za II kwartał 2007 r. w wysokości 0 zł.
Naczelnik uznał, że Spółdzielnia w nieuprawniony sposób w II kwartale 2007 r. odliczyła od podatku należnego całą kwotę podatku naliczonego z faktury VAT wystawionej przez K. B. w związku ze sprzedażą na rzecz Skarżącej samochodu marki Volkswagen LT 35 TDI. Z uwagi na fakt, że w art. 86 ust. 4 i 5 ustawy o podatku od towarów i usług (zwanej też dalej "ustawą") określono przypadki, gdy nie mają zastosowania ograniczenia w odliczeniu całej kwoty podatku naliczonego, zaś Spółdzielnia nie spełniła warunku pozwalającego na wyłączenie tych ograniczeń (nie przedstawiła dowodu przeprowadzenia przez okręgową stację kontroli pojazdów dodatkowych badań technicznych pojazdu) Naczelnik uznał, że możliwe było odliczenie tylko 60% podatku określonego w fakturze (4 620 zł), a nie 100% tego podatku (7 700 zł). Ponadto Organ I instancji ocenił, że faktura VAT wystawiona przez adwokata P. G. dotycząca obsługi prawnej transakcji sprzedaży nieruchomości w W. przy A. wystawiona została w związku z czynnością nieopodatkowaną - sprzedaż tej nieruchomości zwolniona była z podatku od towarów i usług. W związku z tym, w ocenie Naczelnika, zawyżono podatek naliczony o wynikającą z przedmiotowej faktury kwotę 95 920 zł (art. 86 ust. 1 ustawy). Z samej treści tej faktury wynika bowiem, że dotyczyła ona obsługi prawnej transakcji sprzedaży nieruchomości, zaś pełnomocnik Spółdzielni, adw. P. G., wystawiał inne faktury w związku z innymi usługami. Naczelnik uznał też, że z tego samego względu Spółdzielnia nie była uprawniona do odliczenia podatku naliczonego (44 000 zł) z faktury wystawionej przez S. Sp. z o. o. (usługa uprzątnięcia nieruchomości), gdyż usługa ta została wykonana w związku ze sprzedażą nieruchomości, która nie była opodatkowana.
Od powyższej decyzji Skarżąca wniosła odwołanie, w którym zarzuciła Naczelnikowi naruszenie art. 86 ust. 1, ust. 3 i ust. 5, art. 90 ust. 1, art. 99 ust. 12 ustawy. Uznała, że Naczelnik w sposób błędny stwierdził, iż usługi świadczone przez adwokata P. G., mające na celu doprowadzenie do uregulowania stanu prawnego nieruchomości i obsługi prawnej transakcji sprzedaży nieruchomości, oraz faktura wystawiona przez S. Sp. z o. o. w Warszawie za świadczone na rzecz Spółdzielni usługi, są bezpośrednio związane z czynnością zwolnioną od podatku od towarów i usług, polegającą na sprzedaży nieruchomości na mocy umowy notarialnej z dnia [...] kwietnia 2007 r. Spółdzielnia stwierdziła, iż faktura VAT dotycząca sprzedaży nieruchomości za kwotę 436 000 zł (podatek VAT 95 920 zł) została wystawiona w związku z zakończeniem zleconych adwokatowi czynności polegających na uregulowaniu stanu prawnego nieruchomości, a konkretnie doprowadzeniu do zmiany umowy o ustanowienie prawa użytkowania wieczystego, a następnie ujawnienie tych zmian w księdze wieczystej prowadzonej dla nieruchomości. Wszystkie te czynności wykonane zostały przed podjęciem przez Skarżącą w likwidacji decyzji o sprzedaży nieruchomości. Zdaniem Skarżącej nieistotny był moment wystawienia tej faktury. Jej wystawienie nastąpiło faktycznie po dokonaniu sprzedaży nieruchomości przez Skarżącą, jednak było to związane z faktem, iż Skarżąca przed sprzedażą nieruchomości posiadała niewielkie środki finansowe umożliwiające jej jedynie bieżącą działalność. Odnośnie natomiast do faktury wystawionej przez S. Sp. z o. o. Skarżąca uznała, że faktura ta nie była bezpośrednio związana z transakcją sprzedaży nieruchomości. Zauważyła, iż faktura ta została wystawiona w związku z wykonaniem umowy, jaka łączyła Skarżącą z S. Sp. z o. o. Przedmiotem tej umowy było wykonanie usług polegających na uprzątnięciu nieruchomości, tj. wszelkich czynności, jakie dokonać powinna sama Skarżąca jako właściciel nieruchomości, a których dokonać nie mogła ze względu na fakt, iż nie posiadała żadnych pracowników. Spółdzielnia przyznała, że faktura ta została wystawiona po dokonaniu sprzedaży nieruchomości, ale same prace porządkowe zostały rozpoczęte na początku 2007 r. i trwały cztery miesiące ze względu na ilość prac koniecznych do wykonania.