Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Jolanta Sokołowska, Sędziowie sędzia WSA Elżbieta Olechniewicz, sędzia WSA Anna Sękowska (sprawozdawca), Protokolant specjalista Robert Powojski, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 20 listopada 2014 r. sprawy ze skargi D. sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] lutego 2014 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty i zwrotu podatku od czynności cywilnoprawnych oddala skargę.
Dyrektor Izby Skarbowej w W. (zwany dalej: "DIS" lub "organem odwoławczym") po rozpatrzeniu odwołania z dnia 20 lipca 2012 r. wniesionego przez D. Sp. z o.o. z siedzibą w W. (zwaną dalej: "Skarżącą") od decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego W. (zwanego dalej: "NUS" lub "organem pierwszej instancji"), z dnia [...] czerwca 2012 r., nr [...] odmawiającej stwierdzenia nadpłaty i zwrotu podatku od czynności cywilnoprawnych w łącznej kwocie 403.236 zł pobranego przez notariusza od 9 umów sprzedaży nieruchomości w 2006 r., decyzją z dnia [...] lutego 2014 r., nr [...], utrzymał w mocy zaskarżoną decyzję organu pierwszej instancji. W uzasadnieniu decyzji z dnia [...] lutego 2014 r. DIS przedstawił opisany poniżej przebieg postępowania administracyjnego poprzedzającego wydanie decyzji tego organu.
Pismem z dnia 29 grudnia 2011 r. Skarżąca wniosła o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w łącznej kwocie 403.236 zł pobranego nienależnie przez notariusza w 2006 roku. W uzasadnieniu przedmiotowego wniosku Skarżąca wskazała, iż w 2006 r. zawarła 9 niżej wymienionych umów przeniesienia własności działek gruntów:
1) umowa z dnia 24 października 2006 r., Rep. A [...], działka nr [...] obręb [...] o powierzchni 1.479 m2, podatek pobrany w kwocie 60.000 zł,
2) umowa z dnia 12 grudnia 2006 r., Rep. A [...], działka nr [...], obręb [...] powierzchni 3.165 m2, podatek pobrany w kwocie 31.650 zł,
3) umowa z dnia 12 grudnia 2006 r., Rep. A [...], działka nr [...], obręb [...] o powierzchni 2.895 m2, podatek pobrany w kwocie 28.950 zł,
4) umowa z dnia 13 grudnia 2006 r., Rep. A [...], działka nr [...], [...] obręb [...] o powierzchni 7.689 m2, podatek pobrany w kwocie 92.268 zł,
5) umowa z dnia 13 grudnia 2006 r., Rep. A [...], działka nr [...], [...] obręb [...] o powierzchni 8.461 m2, podatek pobrany w kwocie 98.994 zł,
6) umowa z dnia 15 grudnia 2006 r., Rep. A [...], działka nr [...], obręb [...] o powierzchni 2.858 m2, podatek pobrany w kwocie 28.580 zł,
7) umowa sprzedaży z dnia 15 grudnia 2006 r., Rep. A [...] działka nr [...], [...], [...], [...], obręb [...] o powierzchni 6.952 m2, podatek pobrany w kwocie 69.520 zł,
8) umowa sprzedaży z dnia 15 grudnia 2006 r., Rep. A [...], działka nr [...], [...] obręb [...] o powierzchni 1.770 m2, podatek pobrany w kwocie 17.700 zł,
9) umowa sprzedaży z dnia 15 grudnia 2006 r., Rep. A [...], działka nr [...], [...] obręb [...] o powierzchni 8.220 m2, podatek pobrany w kwocie 96.174 zł.
W opinii Skarżącej, grunty nabyte przez nią na podstawie 6 umów sprzedaży wymienionych powyżej w pkt 4-9 stanowiły gospodarstwo rolne w rozumieniu przepisów o podatku rolnym, co oznacza że korzystały one ze zwolnienia od podatku od czynności cywilnoprawnych na podstawie przepisu art. 9 pkt 2 lit. a) ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz. U. z 2010r., Nr 101, poz. 649 z późn. zm.) - zwanej dalej: "u.p.c.c.". Powyższe wedle Skarżącej wynika z faktu, iż nabyte grunty weszły w skład gospodarstwa rolnego w rozumieniu przepisów ustawy o podatku rolnym, gdyż w 2006 roku Skarżąca była właścicielem gospodarstwa rolnego, a zatem podatek od tych czynności był pobrany przez notariusza nienależnie.