Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodnicząca sędzia WSA Barbara Kołodziejczak-Osetek, Sędziowie sędzia WSA Cezary Kosterna (sprawozdawca), sędzia WSA Dariusz Kurkiewicz, Protokolant starszy referent Karol Kodym, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 17 grudnia 2014 r. sprawy ze skargi "D." S.A. z siedzibą w B. na decyzję Ministra Pracy i Polityki Społecznej z dnia [...] lutego 2014 r. nr [...] w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania z tytułu wpłat na Państwowy Fundusz Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych za listopad 2012 r. 1) uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Prezesa Zarządu Państwowego Funduszu Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych z dnia [...] sierpnia 2013 r. nr [...], 2) stwierdza, że uchylone decyzje nie mogą być wykonane w całości, 3) zasądza od Ministra Pracy i Polityki Społecznej na rzecz "D." S.A. z siedzibą w B. kwotę 18 219 zł (słownie: osiemnaście tysięcy dwieście dziewiętnaście złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
1.1. Przedmiotem skargi "D." Spółki Akcyjnej z siedzibą w B. (dalej: skarżąca lub spółka") jest decyzja Ministra Pracy i Polityki Społecznej z [...] lutego 2014 r. utrzymująca w mocy po rozpatrzeniu odwołania decyzję Prezesa Zarządu Państwowego Funduszu Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych (dalej: Prezes PFRON) z dnia [...] sierpnia 2013 r., którą to decyzją Prezes PFRON określił spółce wysokość zobowiązań z tytułu wpłat na Państwowy Fundusz Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych (dalej: PFRON) w związku z niezgodnym z ustawą wykorzystaniem środków zakładowego funduszu rehabilitacji osób niepełnosprawnych (zfron) za listopad 2012 r. - 130 200 zł oraz w związku z nieterminowym przekazaniem środków zfron za listopad 2012 r. w kwocie 970 993 zł.
1.2. Do wydanie decyzji doszło po przeprowadzeni niżej przedstawionego postępowania. Wnioskiem z 15 marca 2012 r. Prezes PFRON zwrócił się do Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w B. (dalej: Naczelnik US) o przeprowadzenie kontroli skarżącej spółki za okres od 1 grudnia 2006 do 29 lutego 2012 r. w zakresie prawidłowości gromadzenia i wydatkowania przez spółkę środków zfron oraz zbadania, czy środki na PFRON przekazywano w odpowiedniej wysokości. Jako podstawę tego wniosku wskazano art. 5 ust. 6 pkt 3 ustawy z dnia 21 czerwca 1996 r. o urzędach i izbach skarbowych (Dz. U. z 2004 r. Nr 112 poz. 1267) w związku z art. 33 ust. 6 ustawy z dnia 27 sierpnia 1997 r.
o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych (Dz. U. z 2011 r. Nr 127, poz. 721, dalej: ustawa o rehabilitacji). Naczelnik US w dniu 11.10.2012 r. zawiadomił spółkę o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej na podstawie art. 282b ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2102 r. poz. 747, dalej: Ordynacja podatkowa). Kontrolę podatkową przeprowadzono w dniach od 11 października 2012 r. do 6 listopada 2011r. i 9 listopada 2012 r. doręczono skarżącej protokół z kontroli. Jako podstawę prawną kontroli wskazano: art. 77 ustawy z dnia 2 lipca 2004 r. o swobodzie działalności gospodarczej (Dz. U. z 2012 r. Nr 220 poz. 1447 ze zm.), art. 281 i 283 Ordynacji po podatkowej, art. 6 ust. 6 pkt 3 i 8 ustawy o urzędach i izbach skarbowych, oraz art. 33 ust. 6 ustawy o rehabilitacji. W protokole kontroli wskazano miedzy innymi, że spółka przekraczała ustawowe terminy do przekazania na rachunek zfron wpłat z tytułu zwolnienia z podatku dochodowego od osób fizycznych oraz zwolnienia z podatku od nieruchomości. Przekraczanie ustawowych terminów dokonywania wpłat z tytułu zwolnienia od podatku dochodowego od osób fizycznych dotyczyło okresu od sierpnia do 2007 do grudnia 2010 r., listopada 2011 r. i roku 2012. Natomiast przekroczenie terminów wpłat z tytułu zwolnienia od podatku od nieruchomości dotyczyło okresów od kwietnia do grudnia 2008, wszystkich miesięcy 2009 r., wszystkich miesięcy 2010 r. W protokole kontroli opisano udzielenie w dniu 22 listopada 2011 r. ze środków zfron nieoprocentowanej pożyczki w kwocie 200 000 zł dla W. R.. Pożyczka była przeznaczona na zakup samochodu Opisano też wydatkowanie kwoty 237 157 zł na zakup samochodów osobowych dla pracowników niepełnosprawnych w ramach indywidualnych programów rehabilitacji, oraz wydatki z zfron na sfinansowanie pracownikom tzw. "wczasów pod gruszą".