Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Lidia Ciechomska-Florek, Sędziowie Sędzia WSA Bożena Dziełak, Sędzia WSA Katarzyna Golat (sprawozdawca), Protokolant ref. staż. Marika Krawczyńska, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 22 listopada 2010 r. sprawy ze skargi Zakładu [...] "E." sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] lutego 2010 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji określającej zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 2000 r. oddala skargę
Przedmiotem skargi jest decyzja Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...].02.1010 r. nr [...] utrzymująca w mocy decyzję tego organu wydaną dnia [...].09.2009 r. nr [...] odmawiającą stwierdzenia nieważności skierowanej do Skarżącej, tj. E. Sp. z o.o. decyzji Naczelnika [...] Urzędu Skarbowego w W. z dnia [...].12.2006 r. nr [...].
Stan sprawy według posiadanych przez Sąd akt przedstawił się następująco.
Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w W. postanowieniem z dnia [...].03.2006 r. nr [...] wszczął postępowanie kontrolne w [...] E. Sp. z o.o. w W. w zakresie rzetelności deklarowania podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i odprowadzania do budżetu państwa podatku dochodowego od osób prawnych za 2000 r.
Następnie decyzją z dnia [...].10.2006 r., nr [...], na podstawie art. 208 § 1 ustawy z dnia 29.08.1997 r. (t.j.: Dz.U. z 2005 Nr 8, poz. 60) Ordynacja podatkowa, w związku ze stwierdzoną niewłaściwością, umorzył ww. postępowanie kontrolne.
Naczelnik [...] Urzędu Skarbowego w W. postanowieniem z dnia [...].10.2006 r. nr [...], w oparciu o art. 165 § 1, 2 i 4 Ordynacji podatkowej, wszczął z urzędu postępowanie podatkowe wobec Spółki w sprawie określenia wysokości zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych za 2000 r.
Postanowieniem z dnia [...].11.2006 r. nr [...], na podstawie art. 180 § 1 i art. 181 Ordynacji podatkowej, Naczelnik [...] US w W. włączył do prowadzonego postępowania podatkowego wskazane w tym postanowieniu dokumenty przekazane przez Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W., w tym m.in. protokół kontroli podatkowej nr [...] z dnia [...].08.2006 r.
W uzasadnieniu Naczelnik wyjaśnił, że ujawnienie przez Spółkę dopiero na etapie składania zastrzeżeń do protokołu kontroli z dnia [...].08.2006 r. faktu, że jej jedyny udziałowiec jest spółką handlową prawa polskiego, której udziałowcem jest osoba prawna mająca siedzibę za granicą, co kwalifikuje ją do bycia podmiotem pośrednio zarządzanym przez nierezydenta w rozumieniu przepisów ustawy z dnia 27.07.2002 r. Prawo dewizowe (Dz. U. Nr 141, poz.1178 ze zm.), do której ma zastosowanie przepis art. 5 ust. 9 b pkt 7 lit. c ustawy z dnia 21.06.1996 r. o urzędach i izbach skarbowych (Dz. U. z 2004 r. Nr 121, poz.1267 ze zm.) - powoduje, że ustalenia kontroli dokonane w ramach kontroli podatkowej nr [...] i sporządzony protokół kontroli doręczony Spółce w dniu [...].08.2006 r. mogą zostać wykorzystane w trakcie postępowania wszczętego przez Naczelnika [...] US w W.
W dniu [...].10.2006 r. dokonano rejestracji Spółki E. w [...] US w W.
Decyzją z dnia [...].12.2006 r., nr [...], Naczelnik [...] US w W. określił [...] E. Spółka z o.o. w W. zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych za 2000 r. w wysokości 3.123.793,00 zł.
Strona pismem z dnia 11.01.2007 r., odwołała się od tej decyzji organu I instancji.
Dyrektor Izby Skarbowej w W. postanowieniem z dnia [...].03.2007 r., nr [...], stwierdził uchybienie terminowi do wniesienia odwołania od w/w decyzji.