Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Małgorzata Jarecka, Sędziowie Sędzia WSA Małgorzata Długosz-Szyjko (sprawozdawca), Sędzia WSA Alojzy Skrodzki, Protokolant st. sekr. sąd. Anna Kurdej, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 7 września 2011 r. sprawy ze skargi B. Sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Skarbowej w W. z dnia [...] listopada 2010 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych 1) uchyla zaskarżoną decyzję, 2) stwierdza, że uchylona decyzja nie może być wykonana w całości, 3) zasądza od Dyrektora Izby Skarbowej w W. na rzecz B. Sp. z o.o. z siedzibą w W. kwotę 717 zł (słownie: siedemset siedemnaście złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.
Zaskarżoną decyzją z dnia [...] listopada 2010 r. Dyrektor Izby Skarbowej w W. utrzymał w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Skarbowego W. z dnia [...] maja 2010 r. w sprawie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 2345,70 zł.
Z uzasadnienia decyzji wynika, że w dniu 8 września 2009 r. "B." sp. z o.o. (dalej jako Spółka lub Skarżąca), będąca następcą prawnym "L." sp. z o.o., wystąpiła do Naczelnika Urzędu Skarbowego W. z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych i zwrot nienależnie pobranego przez notariusza (płatnika) podatku z tytułu zawartej w dniu 2 lutego 2007 r. umowy sprzedaży nieruchomości.
We wniosku Spółka wskazała, że 2 lutego 2007 r. "L." sp. z o.o. z siedzibą w W. nabyła udział wynoszący 1/8 części we współwłasności nieruchomości gruntowej stanowiącej działkę o numerze ewidencyjnym 17 o pow. 1,700 m2. Zdaniem Spółki zakup przedmiotowego gruntu podlegał zwolnieniu z opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych na podstawie art. 9 pkt 2 lit. a) ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz.U. 2005r. Nr 41, poz. 399 ze zm. zm., zwanej dalej: u.p.c.c), albowiem nabyte grunty, w chwili dokonania przedmiotowej transakcji zostały sklasyfikowane w ewidencji gruntów i budynków jako użytki rolne, nie były zajęte na prowadzenie działalności gospodarczej innej niż działalność rolnicza i weszły w skład gospodarstwa rolnego, którego właścicielem jest Spółka, a mianowicie działki nr [...].
Postanowieniem z dnia [...] maja 2010 r. wszczęto z urzędu postępowanie w przedmiocie określenia wysokości zobowiązania z tytułu umowy sprzedaży nieruchomości gruntowej i określił zobowiązanie w kwocie pobranej przez notariusza.
Decyzją z dnia [...] maja 2010 r. organ I instancji odmówił Spółce stwierdzenia nadpłaty w wysokości 2.345,70 zł.
W uzasadnieniu wskazał, iż wartość nieruchomości jest zgodna z wartością rynkową, a zwolnienie, o którym mowa art. 9 pkt 2 lit. a) u.p.c.c. nie ma zastosowania, bowiem sposób opodatkowania sprzedaży w/w nieruchomości gruntowej dokonany przez notariusza jest prawidłowy. Nie powstała zatem nadpłata w rozumieniu art. 72 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. 2005 r. Nr 8 poz. 60 z późn. zm., dalej: “Ordynacja podatkowa").
Od powyższch decyzji Skarżąca złożyła odwołania, w których wniosła o uchylenie zaskarżonych decyzji w całości i orzeczenie, co do istoty sprawy. Decyzji w sprawie odmowy stwierdzenia nadpłaty zarzuciła naruszenie art. 9 pkt 2 lit. a) u.p.c.c. oraz art. 120 Ordynacji podatkowej.
Zdaniem Spółki, w przedmiotowej sprawie zostały spełnione wszystkie przesłanki do zastosowania zwolnienia, o którym mowa w art. 9 pkt 2 lit. a) u.p.c.c., wobec czego Spółka uznała za niezasadne wydanie przez Naczelnika Urzędu Skarbowego W. decyzji odmawiającej stwierdzenia nadpłaty.
Po rozpatrzeniu odwołania decyzją z dnia [...] listopada 2011 r. Dyrektor Izby Skarbowej w W., utrzymał w mocy decyzję organu I instancji. Natomiast uchylił, umarzając postępowanie, decyzję wymiarową.