Stanowisko Samorządowego Kolegium Odwoławczego należy uznać za w pełni uzasadnione. Wątpliwości interpretacyjne związane z oceną czy opłata skarbowa od zaświadczenia VAT-25 ma charakter podatkowy czy też jest rodzajem daniny publicznoprawnej związanej ze świadczeniem odpłatnym państwa, pojawiają się też w orzecznictwie sądów administracyjnych. I tak Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi w uzasadnieniu wyroku z dnia 23 kwietnia 2008 r. , sygn. akt I SA/Łd 164/08 stwierdził, że" Opłata skarbowa od zaświadczenia o niepodleganiu podatkowi od towarów i usług ma w sposób oczywisty charakter podatkowy i jest warunkiem zarejestrowania nabytego pojazdu w Polsce, co oznacza, ze jest ona objęta dyspozycją art. 90 TWE."
Z kolei Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu, w wyroku z dnia 17 grudnia 2009 r., sygn. akt III SA/Po 654/09 wyraził pogląd, że " budzi wątpliwości stanowisko organu II instancji, który przyjął, ze opłata skarbowa od zaświadczenia o niepodleganiu podatkowi od towarów i usług, stanowi dyskryminujący podatek wewnętrzny zakazany przez art. 90 TWE".
Zatem, że skoro interpretacja przepisu art. 90 TWE nie jest jednolita nawet w sądach administracyjnych, nie można twierdzić, tak jak czyni to skarżący, że obowiązujący stan prawny jest niewątpliwy.
Zastosowana w opisanej wyżej decyzji z dnia [...] października 2009 r. Nr [...] wykładnia przepisu art. 90 TWE, uwzględniająca stanowisko Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi, nie może więc być oceniona jako dokonana z rażącym naruszeniem prawa.
Nie jest uzasadniony również zarzut naruszenia art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 Ordynacji podatkowej poprzez nieodniesienie się w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji do wszystkich okoliczności a w szczególności do twierdzeń organu I instancji, ze pobrana opłata stanowi zapłatę za dokonane czynności administracyjne związane z wydaniem zaświadczenia VAT-25 oraz niewskazania przesłanek przyjętej kwalifikacji prawnej.
Postępowanie w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji jest postępowaniem nadzwyczajnym i nie polega na ponownym rozpoznaniu sprawy co do istoty. W tym postępowaniu organ administracji bada wyłącznie czy decyzja dotknięta jest wadą wymienioną w art. 247 § 1 Ordynacji podatkowej, stanowiącą przesłankę do stwierdzenia jej nieważności.
Oceniając decyzję z [...] października 2009 r. na skutek sprzeciwu Prokuratora, SKO zobowiązane było dokonać oceny czy decyzja ta dotknięta jest wadą wskazaną w sprzeciwie tj. rażącym naruszeniem prawa. Z tego obowiązku Kolegium wywiązało się uzasadniając stanowisko o braku podstaw do stwierdzenia rażącego naruszenia prawa przy dokonywaniu wykładni art. 90 TWE, natomiast nie miało obowiązku ustosunkowywać się do przesłanek merytorycznych rozstrzygnięcia, zawartego w decyzji.
Trafnie też SKO rozstrzygnięcia dokonało na podstawie art. 247 § 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej mimo, że Prokurator jako podstawę wniosku o stwierdzenie nieważności decyzji wskazał art. 156 § 1 pkt 2 K.p.a. Zgodnie bowiem z art. 2 § 1 pkt 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. Nr 8, poz. 60 z 2005r.) przepisy tej ustawy stosuje się do opłaty skarbowej. Zatem wskazane przez Prokuratora, z powołaniem się na art. 156 § 1 pkt 2 K.p.a., wady decyzji poprawnie analizowano w oparciu o odpowiadający temu przepisowi art. 247 § 1 Ordynacji podatkowej.
Wobec tego, że zarzuty skargi nie mogły prowadzić do jej uwzględnienia skarga podlegała oddaleniu z mocy art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2012 r., poz. 270).