Nie jest uzasadniony również zarzut naruszenia art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 Ordynacji podatkowej poprzez nieodniesienie się w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji do wszystkich okoliczności a w szczególności do twierdzeń organu I instancji, ze pobrana opłata stanowi zapłatę za dokonane czynności administracyjne związane z wydaniem zaświadczenia VAT-25 oraz niewskazania przesłanek przyjętej kwalifikacji prawnej.
Postępowanie w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji jest postępowaniem nadzwyczajnym i nie polega na ponownym rozpoznaniu sprawy co do istoty. W tym postępowaniu organ administracji bada wyłącznie czy decyzja dotknięta jest wadą wymienioną w art. 247 § 1 Ordynacji podatkowej, stanowiącą przesłankę do stwierdzenia jej nieważności.
Oceniając decyzję z [...] października 2009 r. na skutek sprzeciwu Prokuratora, SKO zobowiązane było dokonać oceny czy decyzja ta dotknięta jest wadą wskazaną w sprzeciwie tj. rażącym naruszeniem prawa. Z tego obowiązku Kolegium wywiązało się uzasadniając stanowisko o braku podstaw do stwierdzenia rażącego naruszenia prawa przy dokonywaniu wykładni art. 90 TWE, natomiast nie miało obowiązku ustosunkowywać się do przesłanek merytorycznych rozstrzygnięcia, zawartego w decyzji.
Trafnie też SKO rozstrzygnięcia dokonało na podstawie art. 247 § 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej mimo, że Prokurator jako podstawę wniosku o stwierdzenie nieważności decyzji wskazał art. 156 § 1 pkt 2 K.p.a. Zgodnie bowiem z art. 2 § 1 pkt 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j. Dz. U. Nr 8, poz. 60 z 2005r.) przepisy tej ustawy stosuje się do opłaty skarbowej. Zatem wskazane przez Prokuratora, z powołaniem się na art. 156 § 1 pkt 2 K.p.a., wady decyzji poprawnie analizowano w oparciu o odpowiadający temu przepisowi art. 247 § 1 Ordynacji podatkowej.
Wobec tego, że zarzuty skargi nie mogły prowadzić do jej uwzględnienia skarga podlegała oddaleniu z mocy art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2012 r., poz. 270).