NSA wskazał, że stwierdzenie nieważności podatkowej decyzji ostatecznej jest instytucją procesową, która eliminuje z obiegu prawnego rozstrzygnięcie organu, ale tylko w przypadku, gdy decyzja taka zawiera jedną z wad wymienionych w art. 247 Ordynacji podatkowej ( w tym wydanie decyzji z rażącym naruszeniem prawa ). W stanie prawnym obowiązującym Polskę, jako państwo członkowskie Unii Europejskiej, rażące naruszenie prawa w rozumieniu art. 247 § 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej zachodzi wtedy, gdy istnieje oczywista niezgodność pomiędzy treścią przepisu, a decyzją organu, oraz wtedy, gdy organ wydał decyzję ostateczną w oparciu o przepis prawa krajowego, który poprzez proste zestawienie pozostaje w oczywistej sprzeczności z prawem wspólnotowym. Zarzut rażącego naruszenia prawa musi wynikać z przesłanek nie budzących wątpliwości.
W wyroku NSA podkreślono, że tam, gdzie zastosowanie przepisu prawa wymaga jego interpretacji i subsumcji do konkretnego stanu faktycznego, nie może być mowy o rażącym naruszeniu prawa. Wskazać należy ponadto, że rażące naruszenie prawa zachodzi w sytuacji, gdy orzeczenie wydane przez organ w sposób ewidentny odbiega od obowiązującej normy prawnej, przy czym wykładnia tej normy nie budzi wątpliwości ( zob. wyrok NSA z 13 lipca 2001 r., III SA 1110/00, niepubl., S. Babiarz i in., Ordynacja podatkowa. Komentarz, Warszawa 2007, s. 753-754 ). Nie można mówić o rażącym naruszeniu prawa, jeżeli na gruncie danego przepisu jest możliwy wybór jego różnych interpretacji, z których każda daje się uzasadnić. Jako "rażącego naruszenia prawa" nie można zatem traktować takiego rozstrzygnięcia, które wynika z odmiennej i dopuszczalnej interpretacji danej normy ( zob. M. Jaśkowska, komentarz do art. 156, lex 2013; wyrok NSA z dnia 16 czerwca 2011 r., ONSAiWSA 2012, nr 1, poz. 9 ).
W świetle powyższego wstępnym warunkiem uznania, iż nastąpiło rażące naruszenie prawa, jest stwierdzenie, że w zakresie objętym zaskarżoną decyzją administracyjną obowiązywał niewątpliwy stan prawny (por. wyrok NSA z 18 lipca 1994r., sygn. akt V SA 535/94, ONSA 1995, Nr 2, poz. 91).
Odmawiając stwierdzenia nieważności decyzji stwierdzającej nadpłatę w opłacie skarbowej Samorządowe Kolegium Odwoławcze wskazało, że przepis art. 90 TWE nasuwa wątpliwości interpretacyjne co do tego czy dotyczy podatku czy też opłaty skarbowej. Świadczą o tym sprawy o zwrot opłaty za kartę pojazdu, w których przepis ten znalazł zastosowanie oraz niejednolitość w orzekaniu w sprawach o zwrot opłaty skarbowej.