Decyzją z dnia [...] maja 2010 r., nr [...] Samorządowe Kolegium Odwoławcze w K. odmówiło stwierdzenia nieważności decyzji.
W uzasadnieniu decyzji organ odwoławczy stwierdził, że przepis art. 105 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług w związku z załącznikiem do ustawy z dnia 9 grudnia 2000 r. o opłacie skarbowej, część III ust. 10 a, narusza przepis art. 90 ust. 1 TWE, mówiący o zakazie dyskryminacji jakichkolwiek towarów w obrębie Wspólnoty Europejskiej. Kolegium przytoczyło poglądy prezentowane w orzecznictwie co do rażącego naruszenia prawa. Powołując się na wyrok NSA wskazało, że rażące naruszenie prawa musi wynikać z przesłanek niebudzących wątpliwości, tam natomiast, gdzie zastosowanie przepisu prawa wymaga jego interpretacji i subsumcji do konkretnego stanu faktycznego, nie może być mowy o rażącym naruszeniu prawa. Wobec powyższego organ stwierdził, że problem interpretacji przepisów prawnych (art. 90 TWE) skłania do przyjęcia, iż decyzja Samorządowego Kolegium Odwoławczego w K. z dnia [...] sierpnia 2009 r. nie jest obarczona wadą prawną, o której mowa w art. 247 § 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej.
Organ odwoławczy zaznaczył ponadto, że kwestia nieważności decyzji tutejszego Kolegium była już przedmiotem badania przez WSA w Poznaniu (wyrok z dnia 25.11.2009 r., sygn. akt III SA/Po 656/09).
Od powyższej decyzji Prokurator, powołując się na art. 127 § 3 k.p.a. w związku z art. 184 § 1 k.p.a. i art. 188 k.p.a. wniósł wniosek o ponowne rozpatrzenie sprawy, żądając stwierdzenia nieważności decyzji Samorządowego Kolegium Odwoławczego z dnia [...] sierpnia 2009 r., nr [...] jako wydanej z rażącym naruszeniem prawa.
W uzasadnieniu wniosku organ skarżący powołał argumentację prezentowaną w sprzeciwie. Wskazał ponownie, że art. 90 TWE jest jasny i oczywisty i jego interpretacja nie nasuwa problemów. Przepis ten dotyczy bowiem podatków, a nie opłaty skarbowej. Instytucje te nie są tożsame, a zatem niedopuszczalne było dosłownie "dowolne" zastosowanie przez Samorządowe Kolegium Odwoławcze art. 90 TWE do przepisów regulujących uiszczanie opłaty skarbowej. Zdaniem Prokuratora to dowolne zastosowanie art. 90 TWE, które stoi w oczywistej sprzeczności z treścią tegoż przepisu, stanowi rażące naruszenie prawa z art. 156 § 1 pkt 2 k.p.a.
Decyzją z dnia [...] maja 2010 r., nr [...] Samorządowe Kolegium Odwoławcze w K. utrzymało w mocy zaskarżoną decyzję.
W uzasadnieniu decyzji organ podkreślił, że problem interpretacji przepisów prawnych - art. 90 TWE- skłania do przyjęcia, iż decyzja SKO nie jest obarczona wadą prawną, o której mowa w art. 247 § 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej. Zdaniem Kolegium nie można zgodzić się z Prokuratorem, że art. 90 TWE jest jasny i oczywisty i jego interpretacja nie nasuwa wątpliwości oraz że przepis ten dotyczy podatku, a nie opłaty skarbowej. W ocenie organu jest wręcz odwrotnie, bowiem przepis art. 90 TWE budzi szereg problemów interpretacyjnych, o czym świadczą sprawy o zwrot opłaty za kartę pojazdu, do których znalazł on zastosowanie oraz niejednolitość w orzekaniu w sprawach o zwrot opłaty skarbowej. Tak więc nie można powiedzieć, że Samorządowe Kolegium Odwoławcze w ostatecznej decyzji z dnia [...] sierpnia 2009 r. dowolnie zastosowało art. 90 TWE.