Dnia 4 kwietnia 2013 roku Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia NSA Maria Lorych-Olszanowska Sędziowie WSA Beata Sokołowska WSA Marzenna Kosewska ( spr.) Protokolant: st. sekr. sąd. Anna Piotrowska - Żyła po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 4 kwietnia 2013 roku przy udziale sprawy ze skargi Prokuratora Rejonowego w P. na decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego w K. z dnia [...] r., nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej dotyczącej stwierdzenia nadpłaty z tytułu opłaty skarbowej oddala skargę
Ostateczną decyzją z dnia [...] sierpnia 2009 r., nr [...] Samorządowe Kolegium Odwoławcze w K. w punkcie I uchyliło decyzję Burmistrza Miasta i Gminy P. z [...] czerwca 2009 r. nr [...] odmawiającą stwierdzenia na rzecz PHU "K" R. O. nadpłaty w opłacie skarbowej w kwocie [...] zł. W punkcie II decyzji Kolegium stwierdziło nadpłatę z tytułu opłaty skarbowej w wysokości [...] zł. wraz z oprocentowaniem od dnia 13 marca 2009 r. do dnia zapłaty.
W uzasadnieniu organ odwoławczy wskazał, że jego zdaniem bezsprzecznym jest, iż przepis art. 105 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 54, poz. 535 ze zm.) w związku z załącznikiem do ustawy z dnia 9 grudnia 2000 r. o opłacie skarbowej, część III ust. 10 a, narusza przepis art. 90 ust. 1 Traktatu ustanawiającego Wspólnotę Europejską, mówiący o zakazie dyskryminacji jakichkolwiek towarów w obrębie Wspólnoty Europejskiej. Zatem pomiędzy przepisami krajowymi i prawem wspólnotowym zachodzi sprzeczność, która winna być zgodnie z zasadą pierwszeństwa i bezpośredniego stosowania, rozstrzygnięta poprzez zastosowanie prawa wspólnotowego. Zdaniem Kolegium powyższe oznacza, że organ podatkowy dokonując poboru opłaty skarbowej, winien był uwzględnić z urzędu treść art. 90 TWE, czego w niniejszej sprawie nie uczynił. Ostatecznie organ odwoławczy stwierdził, iż zaskarżona decyzja została wydana z naruszeniem prawa materialnego, poprzez niezastosowanie przepisu art. 90 ust. 1 TWE.
Od powyższej decyzji, pismem z dnia 22 kwietnia 2010 r. Prokurator Rejonowy w P. wniósł z, powołaniem się na art. 184 § 1 k.p.a., sprzeciw.
Zaskarżonej decyzji Prokurator zarzucił wydanie z rażącym naruszeniem prawa, które polegało na błędnym przyjęciu, że art. 90 TWE ma zastosowanie do przepisów regulujących uiszczanie opłaty skarbowej tj. ustawy z dnia 16 listopada 2006 r. o opłacie skarbowej (Dz. U. Nr 225, poz. 1635 ze zm.), a w szczególności art. 1 powołanej ustawy oraz pkt 11 w części II załącznika do tej ustawy, gdy tymczasem art. 90 ust. 1 TWE dotyczy podatku, a nie opłaty skarbowej oraz z naruszeniem art. 122, art. 124, art. 210 § 1 pkt 6 Ordynacji podatkowej poprzez nieprzeprowadzenie wnikliwego rozpatrzenia sprawy i nie ustosunkowaniu się do twierdzeń organu podatkowego, a przez to pozbawienie decyzji prawidłowego uzasadnienia w tym zakresie, co uniemożliwia uznanie toku "rozumowania" SKO.
Wobec powyższego Prokurator wniósł, na podstawie art. 156 § 1 pkt 2 k.p.a., o stwierdzenie nieważności ostatecznej decyzji Samorządowego Kolegium Odwoławczego jako wydanej z rażącym naruszeniem prawa.
W uzasadnieniu skargi organ skarżący wskazał, że opłata skarbowa została zapłacona w związku z dokonanymi czynnościami administracyjnymi i nie narusza tym samym art. 90 ust. 1 TWE. Zwrócił uwagę, iż w treści regulacji art. 90 ust. 1 TWE mowa jest o podatku, którego cechy zostały wymienione w art. 6 Ordynacji podatkowej. Przy czym szczególnie podkreślił cechę nieodpłatności podatku. Zdaniem Prokuratora w świetle dyrektywy 2006/112/WE uiszczając stosowną opłatę skarbową wnioskodawca uzyskuje świadczenie wzajemne w postaci wydanego zaświadczenia, co z kolei pozwala stwierdzić, że przedmiotowa opłata skarbowa jest klasyczną opłatą, czyli daniną pieniężną o charakterze publicznoprawnym. Dla wykazania zasadności powyższego stanowiska organ skarżący powołał orzecznictwo Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości. W końcowej części sprzeciwu Prokurator stwierdził, że opłata skarbowa nie została objęta zakresem art. 90 TWE i nie ma zastosowania fundamentalna zasada pierwszeństwa prawa wspólnotowego nad prawem krajowym, z której wynika, że żadne przepisy prawa krajowego nie mogą przeważać nad prawem wywodzącym się z Traktatu. W ocenie skarżącego przyjęcie przez Samorządowe Kolegium Odwoławcze w zaskarżonej decyzji odmiennego stanowiska odnośnie art. 90 TWE jest rażącym naruszeniem prawa, albowiem przepis ten jest jasny i oczywisty, dotyczy podatku, a nie opłaty skarbowej.