W uzasadnieniu podjętego rozstrzygnięcia organ podatkowy podniósł, że zebrany materiał dowodowy wskazuje, iż rzekome transakcje nabycia przez spółkę X Sp. z o.o. oleju napędowego nie prowadziły w rzeczywistości do przekazania faktycznej możliwości rozporządzania i dysponowania olejem napędowym przez tę spółkę. W sprawie mamy więc do czynienia jedynie z "pustymi" fakturami pozorującymi obrót oleju napędowego pochodzącego z niewiadomego źródła, który trafiał bezpośrednio do odbiorcy spółki X Sp. z o.o., to jest m.in. do podatnika. Spółka X Sp. z o.o. nie mogła dysponować olejem napędowym kupowanym od Y Sp. j. oraz Z Sp. z o.o., gdyż spółki te nie miały stosownych zezwoleń na prowadzenie koncesjonowanej działalności w zakresie obrotu paliwami ciekłymi. Nie posiadały odpowiedniej infrastruktury. Także spółka X Sp. z o.o. nie dysponowała infrastrukturą techniczną niezbędną do prowadzenia tego rodzaju działalności, taką jak bazy paliwowe, stacje paliw, zbiorniki na paliwo, dystrybutory czy autocysterny. Nie wynajmowała żadnych firm transportowych ani specjalistycznych pojazdów do przewozu paliw. Była pośrednikiem. Zatem nie mogła posiadać i dysponować jak właściciel żadnym paliwem z legalnego źródła i odsprzedawać je swoim kontrahentom. Nie ustalono przy tym rzeczywistego źródła pochodzenia przedmiotowego paliwa. Jak natomiast ustalono spółka X Sp. z o.o. nie płaciła podatku akcyzowego oraz nie składała deklaracji dla tego podatku. Jednocześnie w ocenie organu podatkowego strona nie dochowała należytej staranności przy wyborze kontrahenta. Podatnik nie dokonywał w konsekwencji zakupu paliwa od spółki X Sp. z o.o., lecz z innych, nieustalonych w toku postępowania podatkowego źródeł.
Odnosząc się w dalszej kolejności do wniosków dowodowych strony organ podatkowy uznał, że istotne dla sprawy kwestie dotyczące działalności spółki X Sp. z o.o. zostały dokładnie, w sposób rzetelny i pełny ustalone w odrębnych postępowaniach prowadzonych również przez inne organy podatkowe. Dokumenty z tych postępowań zostały włączone do postępowania podatkowego i stanowią dowód w sprawie. Organ ten nie dał przy tym wiary oświadczeniom P. J., byłego prezesa spółki X Sp. z o.o., z dnia [...] października 2014 r.
Za podstawę opodatkowania podatkiem akcyzowym organ podatkowy przyjął wielkości zakupu oleju napędowego wykazane na fakturach VAT, na których jako wystawca figuruje spółka X Sp. z o.o.
Umorzenie postępowania podatkowego za okres marzec oraz kwiecień 2010 roku dotyczyło kwestii nabywania oleju napędowego przez podatnika od innych podmiotów niż spółka X, w przypadku których organ podatkowy stwierdził brak podstaw do uznania, że paliwo pochodzi z nieujawnionego źródła.
W odwołaniu od decyzji pierwszoinstancyjnej podatnik, wnosząc o jej uchylenie oraz umorzenie postępowania w sprawie, zarzucił: - naruszenie przepisów postępowania, to jest: 1) art. 121 Ordynacji podatkowej, 2) art. 122 Ordynacji podatkowej, w szczególności poprzez odmowę przeprowadzenia dowodów, o które wnioskowano, a także brak weryfikacji dokumentów źródłowych dostawy wyrobów akcyzowych, 3) art. 181 Ordynacji podatkowej, poprzez uznanie za dowód wyciągów z materiałów zebranych w toku postępowania karnego, a pominięcie materiałów zebranych w toku postępowania karnego, 4) art. 187 § 1 Ordynacji podatkowej, 5) art. 188 Ordynacji podatkowej, 6) art. 191 Ordynacji podatkowej, 7) art. 210 § 1 Ordynacji podatkowej, poprzez niezupełne uzasadnienie prawne decyzji, co do całkowitej kwoty określonego zobowiązania podatkowego, a także - naruszenie przepisów prawa materialnego, to jest: 1) art. 8 ust. 2 pkt. 4 w zw. z art. 8 ust. 6 oraz art. 10 ust. 1, ust. 10 i art. 13 ust. 1 pkt. 1 ustawy o podatku akcyzowym w wyniku niezasadnego określenia wysokości zobowiązania w podatku akcyzowym na skutek błędnej subsumcji stanu faktycznego, gdzie błędnie dokonano ustaleń faktycznych zakładając, że podatek akcyzowy od oleju napędowego nie został zapłacony oraz mylnie kwalifikując stronę jako właściwą do uregulowania określonego zobowiązania i jako niewykazującą cech "sumiennego kupca", 2) norm ustawy z dnia 27 października 1994 r. o autostradach płatnych oraz Krajowym Funduszu Drogowym w związku z błędnym zastosowaniem ww. regulacji ustawy o podatku akcyzowym, 3) norm wymienionych w pkt. 1) i 2) na skutek działania odmiennego niż wskazane w zaleceniach resortowych.