Powyższe oznacza, że organ administracji rozpatrując wniosek skarżącego nie wyjaśnił okoliczności sprawy zgodnie z zasadami postępowania administracyjnego. Braki we wskazanym zakresie utrudniają zaś zbadanie zasadności przesłanek, którymi kierował się organ przy załatwieniu sprawy. Dopiero ustosunkowując się do zarzutów skargi organ administracji podjął próbę wyjaśnienia motywów rozstrzygnięcia w odpowiedzi na skargę. Odpowiedź na skargę nie może jednak zastępować braków w zakresie postępowania oraz wyjaśnienia podstaw poddanego kontroli legalności aktu.
Wobec stwierdzonych uchybień, bez przeprowadzenia przez organ koniecznego postępowania wyjaśniającego w omówionym zakresie oraz braku należytego wyjaśnienia przesłanek podjętego aktu, zachodziły podstawy do jego uchylenia, a to zgodnie z art. 146 § 1 p.p.s.a. w związku z art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a.
Ponownie rozpatrując sprawę organ winien uwzględnić przedstawioną wyżej ocenę i dokonać szczegółowych ustaleń okoliczności stanu faktycznego sprawy w celu jej rozstrzygnięcia w sposób zgodny z przepisami prawa oraz pozwalający na skontrolowanie zasadności podjętego aktu lub czynności, w przypadku zaskarżenia do sądu administracyjnego.
Z tych wszystkich względów i na podstawie powołanych przepisów Wojewódzki Sąd Administracyjny orzekł jak w punkcie I wyroku. Orzeczenie o kosztach postępowania uzasadniają przepisy art. 200 w związku z art. 205 § 2 p.p.s.a. oraz w związku z § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. roku w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz. U. z 2015 roku poz. 1804).