Dnia 18 lipca 2013 roku Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi - Wydział III w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia NSA Teresa Rutkowska (spr.), Sędziowie Sędzia NSA Janusz Nowacki, Sędzia WSA Krzysztof Szczygielski, , Protokolant Pomocnik sekretarza - Bartosz Adamus, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 4 lipca 2013 roku sprawy ze skargi A Spółki Akcyjnej B. na decyzję Dyrektora Izby Celnej w Ł. z dnia [...] nr [...] w przedmiocie określenia zobowiązania w podatku akcyzowym oraz odmowy stwierdzenia nadpłaty i zwrotu podatku akcyzowego za poszczególne miesiące 2006 roku 1. uchyla zaskarżoną decyzję w części w jakiej utrzymuje ona w mocy pkt 1 decyzji Naczelnika Urzędu Celnego w P. z dnia [...] nr [...] dotyczący określenia zobowiązania podatkowego w podatku akcyzowym za miesiące od stycznia 2006 r. do grudnia 2006 r. ; 2. oddala skargę w pozostałej części; 3. zasądza od Dyrektora Izby Celnej w Ł. na rzecz A Spółki Akcyjnej B. kwotę 57 217 (pięćdziesiąt siedem tysięcy dwieście siedemnaście) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania; 4. orzeka, że zaskarżona decyzja nie podlega wykonaniu w części w jakiej utrzymuje w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Celnego w P. określającą zobowiązanie podatkowe w podatku akcyzowym za miesiące od stycznia 2006 r. do grudnia 2006 r.
Decyzją z dnia [...] r. nr [...] Dyrektor Izby Celnej w Ł. utrzymał w mocy decyzję Naczelnika Urzędu Celnego w P. z dnia [...] r. nr [...], określającą A. Spółce Akcyjnej z siedzibą w B. zobowiązanie w podatku akcyzowym za poszczególne miesiące 2006 r. z tytuły sprzedaży energii elektrycznej odbiorcom końcowym oraz zużycia energii elektrycznej na potrzeby własne, niezwiązane z produkcją tej energii w wysokości 467.670,00 zł oraz odmawiającą stwierdzenia nadpłaty i dokonania zwrotu podatku akcyzowego za poszczególne miesiące 2006 roku w łącznej kwocie 516.414.015 zł.
Powyższe rozstrzygnięcie wydane zostało w oparciu o następujący stan faktyczny:
W dniu 11 lutego 2009 r. A. S.A. złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku akcyzowym zapłaconym od energii elektrycznej za okres od miesiąca stycznia 2006 r. do grudnia 2008 r. (w łącznej kwocie 516.414,015 zł za rok 2006), do którego załączyła korekty deklaracji AKC-3. Spółka podniosła, że nadpłata wynika z zawyżenia podstawy opodatkowania energii elektrycznej w związku z niedostosowaniem ustawy o podatku akcyzowym do prawodawstwa Unii Europejskiej. Następnie, w dniu 12 lutego 2009 r. dostarczyła załączniki AKC-3/H i AKC-3/I do złożonych korekt deklaracji dla podatku akcyzowego oraz kserokopie, poświadczonych za zgodność z oryginałem, oświadczeń o ilości energii elektrycznej zużytej w procesie produkcji energii elektrycznej i ciepła w skojarzeniu - zwolnionej z akcyzy na podstawie § 3 ust. 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 26 kwietnia 2004 r. w sprawie zwolnień z podatku akcyzowego.
W związku ze złożonym wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w podatku akcyzowym Naczelnik Urzędu Celnego w P. pismem z dnia 27 marca 2009 r. zwrócił się do naczelników wszystkich urzędów celnych w Polsce z zapytaniem, czy dokonywali oni zwrotu podatku akcyzowego z tytułu dostawy wewnątrzwspólnotowej lub eksportu energii elektrycznej wyprodukowanej przez A. Elektrownia B. W odpowiedzi otrzymano informacje, z których wynika, że Naczelnicy Urzędów Celnych w: Rybniku, UC I w Warszawie, Katowicach, Gdańsku, UC II w Łodzi, Bielsku Białej dokonywali zwrotów akcyzy od energii elektrycznej wyprodukowanej przez A. Elektrownia B. S.A., która była przedmiotem dostaw wewnątrzwspólnotowych. Wskazano, iż w przypadku, gdy energia będąca przedmiotem dostaw wewnątrzwspólnotowych pochodziła z A. Elektrownia B. S.A. każdorazowo zwracano się do Naczelnika Urzędu Celnego w P. o przeprowadzenie czynności sprawdzających, mających na celu skontrolowanie czy podatek akcyzowy został przez producenta zapłacony. W związku z powyższym ustalono, że w odniesieniu do okresu objętego wnioskiem o zwrot podatku akcyzowego Naczelnik tutejszego Urzędu przeprowadził w A. Elektrownia B. S.A. kilkadziesiąt czynności sprawdzających mających na celu ustalenie, czy w podstawach opodatkowania wykazanych w składanych deklaracjach AKC-3 zostały uwzględnione zobowiązania podatkowe z tytułu transakcji dokonywanych na podstawie faktur sprzedaży wyprodukowanej energii elektrycznej, od której dokonywano zwrotów podatku akcyzowego z tytułu dostaw wewnątrzwspólnotowych. Wszystkie czynności sprawdzające potwierdziły, iż od energii elektrycznej ujętej we wskazanych fakturach dokonano zapłaty podatku akcyzowego na konto Izby Celnej w Ł. w prawidłowej wysokości.