I. Przepisy ustawy z dnia 28 lutego 2003 r. Prawo upadłościowe i naprawcze (Dz. U. z 2003 r., nr 60, poz. 535 ze zm.) mają charakter lex specialis w stosunku do przepisów podatkowych, w tym przepisów ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (t.j Dz. U. z 2005 r., nr 8, poz. 60 ze zm.). Po ogłoszeniu upadłości organy podatkowe tracą, zatem uprawnienie do korzystania z przewidzianej w art. 76 par. 1 Ordynacji podatkowej instytucji zaliczenia nadpłaty na poczet zaległości podatkowych - wierzytelności upadłościowych, a więc wierzytelności powstałych przeciw upadłemu przed ogłoszeniem upadłości.
II. Postępowanie uregulowane w ustawie Ordynacja podatkowa jest zgodnie z treścią art. 127 Ordynacji co do swej istoty dwuinstancyjne,(...). Naruszeniem tych zasad jest wskazanie organowi I instancji przez wewnętrzną jednostkę organizacyjną organu II instancji, potrzeby wydania konkretnego postanowienia o określonej treści, do określonego podmiotu, na określonej podstawie prawnej(...). Takie pozostające poza regulacjami ustawy Orydynacja podatkowa zajmowanie stanowiska w sprawie w pismach nie stanowiących decyzji ani postanowień choćby w formie "prośby", jest wadliwe a praktyka taka prowadziłaby do pozorności funkcji kontrolnej organu odwoławczego z uchybieniem także zasady praworządności określonej w art. 120 Orydynacji podatkowej.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie w składzie następującym: Przewodniczący NSA Piotr Lechowski Sędziowie WSA Elżbieta Kremer WSA Tadeusz Wołek (spr.) Protokolant Katarzyna Dydaś po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 26 listopada 2008 r. sprawy ze skargi syndyka masy upadłości "A" Sp. z o.o. w K. na postanowienie Dyrektora Izby Celnej z dnia [...] [...] w przedmiocie zaliczenia nadpłaty podatku akcyzowego na poczet zaległości I. uchyla zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie organu pierwszej instancji, II. orzeka, że uchylone postanowienia nie mogą być wykonane, III. zasądza od Dyrektora Izby Celnej na rzecz syndyka masy upadłości "A" Sp. z o.o. w K. kwotę 357 zł,- ( trzysta pięćdziesiąt siedem złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania
Naczelnik Urzędu Celnego postanowieniem z dnia [...], nadpłatę wynikającą z uchylonych przez organ II instancji decyzji określających za okres od lutego do grudnia 2002 r. oraz od stycznia do sierpnia 2003 r. w łącznej kwocie 1.225.171,57 zł., postanowił zaliczyć na poczet zaległości podatkowych w wysokości 1.030.812 zł. wraz z należnymi odsetkami, wynikających z decyzji określających wydanych za okres od stycznia do sierpnia 2001 r. oraz wrzesień 2003r. w stosunku do "A" sp. z o.o. w upadłości. Postanowienie to zostało skierowane do "A" sp. z o.o. w upadłości na ręce syndyka masy upadłości M. T.-Z.
Jako podstawę prawną rozstrzygnięcia organ wskazał art. 216 oraz art. 76a § 1 w związku z 76 § 1 i art. 72 § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa.
W uzasadnieniu rozstrzygnięcia organ I instancji podniósł, że zgodnie z art. 76 § 1 Ordynacji podatkowej nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem podlegają zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę określonych w decyzji o której mowa w art. 53a, oraz bieżących zobowiązań podatkowych, a w razie ich braku podlegają zwrotowi z urzędu, chyba, że podatnik złoży wniosek o zaliczenie nadpłaty w całości lub w części na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych. W myśl art. 72 Ordynacji podatkowej nadpłatą jest kwota nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku. Jeżeli jednak wpłata dotyczyła zaległości podatkowej, na równi z nadpłatą traktuje się także część wpłaty, która została zaliczona na poczet odsetek za zwłokę. Nadpłata w podatku akcyzowym powstała z dniem zapłaty przez podatnika podatku tj. przed ogłoszeniem upadłości. Zobowiązanie podatkowe na poczet którego dokonano zaliczenia istniało również przed dniem ogłoszenia upadłości. Zatem zasadnym jest dokonanie zaliczenia. Zaliczenie nadpłaty następuje z dniem zapłaty nienależnego podatku.
Zażalenie na powyższe postanowienie wniosła skarżąca i zarzuciła naruszenie art. 76 § 1, art. 76a § 1, art. 224a § 2, art. 120 Ordynacji podatkowej, domagając się uchylenia postanowienia. Podniosła, że organ I instancji wydał postanowienie w sprawie zaliczenia nadpłaty przysługującej Spółce w podatku akcyzowym na poczet zaległości podatkowych w tym podatku. Nadpłata powstała wskutek uchylenia przez Dyrektora Izby Celnej decyzji określających wysokość zobowiązania podatkowego Spółki w podatku akcyzowym za poszczególne miesiące okresu luty-grudzień 2002 r. oraz styczeń-sierpień 2003 r. Decyzje organu odwoławczego zostały wydane: w dniu [...] - w zakresie spraw dotyczących okresu luty-grudzień 2002 r., w dniu [...] - w zakresie spraw dotyczących okresu styczeń-sierpień 2003 r. Nadpłata została zaliczona na poczet zaległości podatkowych w wysokości 1.030.812 zł., wraz z należnymi odsetkami za zwłokę, wynikających z decyzji określających za okres od stycznia do sierpnia 2001 r. oraz wrzesień 2003 r.