1. zakwestionowania przez organy podatkowe prawa strony skarżącej do pomniejszenia podatku należnego o podatek naliczony ujęty na fakturach wystawionych przez: P.U.H. "D" - T. P. , P.U.H "E" - A. P. , P.H.U. ""B" " -K. S. , P.W. "C" - T. S. (faktury wymienione na stronie 4 uzasadnienia) z tego powodu, że wymienione w tych fakturach dostawy i usługi nie miały miejsca;
2. zawyżenia podatku należnego w związku z wystawieniem faktur dokumentujących dostawy dla firm ""E" " oraz ""B" ", które w rzeczywistości nie miały miejsca, (faktury wymienione na stronie 4 i 5 uzasadnienia);
3. zakwestionowania prawidłowości rozliczenia podatku naliczonego z faktur dokumentujących raty leasingowe, wystawionych przez "F" sp. z o.o. (kwoty zawyżenia wymienione na stronie 5 uzasadnienia).
W każdym z tych tematów strona skarżąca kwestionuje stanowisko organów podatkowych. W odniesieniu do stanowiska z pkt 1 i 2 formułuje zarzuty procesowe - naruszenia art. 122, art. 180 i art. 181 Ordynacji podatkowej. Twierdzi przy tym, że wadliwe jest dokonywanie ustaleń faktycznych na podstawie materiału dowodowego zgromadzonego w innym postępowaniu, w tym przypadku postępowaniu prowadzonym przez prokuraturę, ponieważ postępowanie to nie zostało zakończone, zgromadzony w nim materiał dowodowy nie został poddany ocenie sądu, a sytuacja prawna osób składających w nim zeznania w charakterze współoskarżonych nakazuje ostrożną ocenę ich treści. Jednocześnie strona twierdzi, że bezpodstawnie odmówiono wiarygodności zeznaniom M. B. - Prezesa Zarządu "A" sp. z o.o. i konieczna jest ponowna analiza materiału dowodowego, a w szczególności rachunku bankowego spółki "A" . W tym zakresie strona podnosi jednocześnie niezastosowanie się organów do wcześniejszego wyroku WSA w Gliwicach z 5 grudnia 2011 r.
Żadnego z tych zarzutów Sąd nie podzielił uznając, że ustalenia