Zatem zaniechanie procedury obalenia domniemania prawdziwości ksiąg podatkowych nie miało wpływu na wynik sprawy i nie pozbawiało organu pierwszej instancji możliwości określenia w wydanej decyzji prawidłowych kwot podatku oraz kwot podlegających wpłacie na podstawie art. 108 ustawy o podatku od towarów i usług.
Wskazać należy, w kontekście zarzutu rażącego naruszenia art. 193 § 1 Ordynacji podatkowej, że podstawą stwierdzenia nieważności decyzji może być rażące naruszenie każdego przepisu prawa, w tym również procesowego. Musi to być jednak wada tkwiąca w samej decyzji, a tego rodzaju wada na ogół jest następstwem rażącego naruszenia prawa materialnego. Nie będzie zatem uzasadniać stwierdzenia nieważności decyzji naruszenie przepisów postępowania, nawet o charakterze rażącym, jeżeli sama treść decyzji odpowiadała prawu. Zdaniem organu treść zaskarżonej decyzji odpowiadała prawu, dlatego należało uznać, że zarzucane naruszenie art. 193 nie miało wpływu na wynik sprawy i nie stanowiło rażącego naruszenia prawa.
Poczynione ustalenia, przedstawione na str. 7 do 12 zaskarżonej decyzji nie pozwalają zdaniem organu, na stwierdzenie, iż w sprawie niewłaściwie zastosowano art. 86 ust. 1 i 2 pkt 1, art. 112 oraz art. 108 ustawy o podatku od towarów i usług, § 22 ust. 1 i 2 oraz § 23 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 25 maja 2005 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. nr 95, poz. 798 ), § 20 ust. 1 i 3 oraz § 21 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 28 listopada 2008 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. nr 212, poz. 1337).
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach zajął w tej sprawie następujące stanowisko.
Zaskarżona decyzja jest zgodna z prawem.
W pierwszej kolejności należy odnieść się do zarzutu pozbawienia strony czynnego udziału w postępowaniu podatkowym, ponieważ słuszność tego zarzutu powodowałaby konieczność uchylenia decyzji w celu ponownego przeprowadzenia postępowania administracyjnego już z zapewnieniem stronie udziału w tym postępowaniu. Byłaby to przesłanka wznowieniowa z art. 240 § 1 pkt 4 Ordynacji podatkowej (strona nie z własnej winy nie brała udziału w postępowaniu), która, zgodnie z art. 145 § 1 pkt 1 lit. b ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jednolity w Dz.U. z 2012 r. poz. 270), powoduje konieczność uchylenia decyzji bez badania wpływu tego uchybienia