Instytucja oprocentowania nadpłat podatku jest specyficzną formą wynagrodzenia szkód wynikłych z wadliwych decyzji organów podatkowych.
Nie ma więc znaczenia na podstawie którego ustępu art. 5 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./ wydano decyzję wymiarową.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi "R." Spółki Akcyjnej na decyzję Izby Skarbowej w W. z dnia 10 czerwca 1994 r. dotyczącą odmowy zapłaty odsetek od nadpłaty podatku dochodowego od osób prawnych za lata 1989 i 1990 - uchyla zaskarżoną decyzję w części dotyczącej odsetek od nadpłaty podatku dochodowego od osób prawnych za 1989 r.; (...).
Ostateczną decyzją z dnia 24 sierpnia 1990 r. wydaną na podstawie art. 5 ust. 3 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. nr 27 poz. 111 ze zm./. Urząd Skarbowy wymierzył skarżącej podatek dochodowy za 1989 r. w kwocie 135.050.699.300 zł. Część tej kwoty, a mianowicie 106.258.108.000 zł obliczono z tytułu tzw. dodatnich różnic kursowych walut.
Dnia 17 stycznia 1992 r. Naczelny Sąd Administracyjny, rozpoznając sprawę innego podatnika /III SA 618/91/ wyraził pogląd, że dodatnie różnice kursowe w latach 1989 i 1990 r. nie podlegały opodatkowaniu. Pogląd ten został zaaprobowany w wyroku Sądu Najwyższego z dnia 22 października 1992 r. /III ARN 50/92/.
Opierając się na wspomnianym poglądzie, spółka "R." wystąpiła o zwrot podatku dochodowego od dodatnich różnic kursowych. Urząd Skarbowy zwrócił podatek w żądanej części. Spółka "R." zażądała odsetek od zwróconego podatku, jednakże Urząd Skarbowy odmówił zapłaty. Od decyzji Urzędu Skarbowego Spółka wniosła odwołanie.
W międzyczasie, a mianowicie dnia 17 lutego 1994 r. Urząd Skarbowy uchylił w trybie art. 155 Kpa własną decyzję wymiarową dotyczącą podatku dochodowego za 1989 r.
Izba Skarbowa, po rozpoznaniu odwołania Spółki, utrzymała w mocy decyzję organu pierwszej instancji, odmawiającą zapłaty odsetek "(...) od nadpłaty podatku dochodowego za lata 1989 i 1990 (...)"
Izba Skarbowa wyraziła pogląd, że skoro art. 29 ust. 2 ustawy o zobowiązaniach podatkowych, w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 1993 r., pozwalał oprocentować jedynie nadpłaty związane z uchyleniem lub zmianą decyzji ustalającej wysokość zobowiązania podatkowego to odsetki nie należą się, gdy nadpłata wynikła z uchylenia decyzji wydanej na podstawie art. 5 ust. 3 tej ustawy. Zdaniem Izby, należy odróżnić decyzje określające wysokość zobowiązania podatkowego od decyzji ustalającej tę wysokość. Pierwsze wydawane są na podstawie art. 5 ust. 3 ustawy o zobowiązaniach podatkowych, a drugie na podstawie ustępu 1 tego przepisu. Tylko ostatnio wymienionych decyzji dotyczy art. 29 ust. 2 omawianej ustawy.
Spółka "R." wniosła skargę na decyzję Izby Skarbowej, zarzucając naruszenie art. 29 ust. 2 ustawy o zobowiązaniach podatkowych oraz bliżej nieokreślonych przepisów postępowania administracyjnego. Domagała się uchylenia zaskarżonej decyzji w części dotyczącej nadpłaty podatku dochodowego za 1989 r. (...)
Izba Skarbowa wniosła o oddalenie skargi. (...)
Naczelny Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
(...) Istota sporo dotyczy wykładni art. 29 ust. 2 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych, w brzmieniu obowiązującym do 31 grudnia 1993 r. /Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486/. Naczelny Sąd Administracyjny zauważa, że w dotychczasowym orzecznictwie wielokrotnie przytoczono treść tego przepisu celem podkreślenia, że warunkiem sine quo non oprocentowania nadpłaty podatku jest istnienie decyzji "ustalającej wysokość zobowiązania*^ Chodziło o wykazanie, że nadpłata dokonana przez podatnika z własnej inicjatywy, w wyniku samoobliczenia podatku i bez przymuszenia go decyzją administracyjną, nie podlega oprocentowaniu.