Nie stanowią podstawy do uchylenia decyzji z trybie art. 233 par. 1 pkt 2 lit. "b" ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ stwierdzone przez organ odwoławczy uchybienia proceduralne, jak też sposób dokonania oceny zebranego w sprawie materiału dowodowego, bowiem organ drugiej instancji ma obowiązek dokonać własnej oceny wyników postępowania dowodowego, niezależnie od tego, czy ustaleń dokonuje po przeprowadzeniu nowych dowodów bądź ponowieniu dotychczasowych.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 24 listopada 2003 r. sprawy ze skargi "C.-P." Spółka z o.o. na decyzję Izby Skarbowej w W. z dnia 11 marca 2003 r. (...) w przedmiocie podatku od towarów i usług - uchyla zaskarżoną decyzję; (...).
Zaskarżoną decyzją z dnia 11 marca 2003 r. (...) Izba Skarbowa w W. na podstawie art. 233 par. 1 pkt 2 lit. b w zw. z art. 247 par. 1 pkt 3 i art. 81 par. 4 Ordynacji podatkowej oraz art. 10 ust. 2 i art. 21 ust. 3 i art. 27 ust. 5, 6 i 7 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ uchyliła w całości decyzję Urzędu Skarbowego W.-Ś. z dnia 5 listopada 2002 r. określającą "C.-P." Spółce z o.o. podatek od towarów i usług za styczeń-kwiecień 2000 r. i przekazała sprawę organowi pierwszej instancji do ponownego rozpoznania.
W uzasadnieniu decyzji Izba Skarbowa stwierdziła, iż na podstawie art. 233 par. 1 pkt 2 lit. "b" ustawy - Ordynacja podatkowa /w brzmieniu obowiązującym do 31.12.2002 r., stosowanym w sprawie na podstawie art. 23 ustawy z dnia 12 września 2002 r. powołanej w petitum decyzji/ organ odwoławczy wydaje decyzję, w której uchyla decyzję organu I instancji w całości i przekazuje sprawę do ponownego rozpatrzenia, jeżeli decyzja organu I instancji została wydana z naruszeniem przepisów art. 240 lub art. 247 ww. ustawy. Powyższy przepis ma zapobiegać - jeszcze na etapie instancyjnego postępowania podatkowego - wprowadzaniu do obrotu prawnego decyzji obarczonych istotnymi, z punktu widzenia obowiązującego porządku prawnego, wadami. Zarówno art. 240 określający przesłanki wznowienia postępowania jak i art. 247 określający przesłanki stwierdzenia nieważności wprowadzają do postępowania podatkowego tzw. tryby nadzwyczajne, pozwalające na wzruszenie ostatecznych decyzji administracyjnych. Tym bardziej uzasadnione jest więc wyeliminowanie z obrotu w ramach postępowania odwoławczego decyzji nieostatecznej, w stosunku do której stwierdzono istnienie jednej z przesłanek określonych w art. 240 lub art. 247.
W myśl art. 247 par. 1 pkt 3 ustawy - Ordynacja podatkowa podstawą stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej jest ustalenie, iż został wydana z rażącym naruszeniem prawa. Naruszenie prawa, o którym mowa we wskazanym przepisie, dotyczyć może zarówno przepisów procesowych jak i przepisów prawa materialnego. Winno ono przy tym mieć cechy rażącego naruszenia prawa.
W ocenie Izby sytuacja taka miała miejsce w niniejszej sprawie. Na podstawie art. 10 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym zobowiązanie podatkowe, kwotę zwrotu różnicy podatku, kwotę zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku, o której mowa w art. 21 ust. 1 ustawy, przyjmuje się w kwocie wynikającej z deklaracji podatkowej, chyba że urząd skarbowy lub organ kontroli skarbowej określi je w innej wysokości. Regułą w myśl cyt. przepisu jest więc, iż w podatku od towarów i usług rozliczenie za dany okres przyjmuje się w takim kształcie - zarówno co do formy jak i wysokości, jaki wynika z deklaracji podatkowej złożonej przez podatnika za ten okres. Na zasadzie wyjątku od powyższej reguły uprawnionymi do określenia podatku - w ramach sprawowanej kontroli nad prawidłowością rozliczeń - są organy podatkowe względnie organy kontroli skarbowej. Jednak nawet w takim przypadku, o ile bezwzględnie obowiązujące przepisy prawa nie stanowią inaczej, są one obowiązane do uwzględnienia dyspozycji podatnika wynikających ze złożonej przez niego deklaracji podatkowej. Podniosła, iż w deklaracjach podatkowych za okresy rozliczeniowe objęte decyzją oraz ich korektach złożonych przed dniem wszczęcia przez Urząd Skarbowy kontroli podatkowej, tj. przed 20.06.2000 r., strona wykazała kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad podatkiem należnym do przeniesienia na następny miesiąc /poz. 68 deklaracji VAT-7/. Wprawdzie w późniejszych korektach strona wykazała ww. kwoty do zwrotu na rachunek bankowy /poz. 67 deklaracji/, to jednak, co Izba po raz kolejny podkreśla, nie mogą one wywierać skutków prawnych z uwagi na fakt, iż zostały złożone po dniu wszczęcia wspomnianej kontroli. Stosownie bowiem do art. 81 par. 4 Ordynacja podatkowa uprawnienie do skorygowania deklaracji ulega zawieszeniu na czas trwania postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej albo skarbowej w zakresie zobowiązań podatkowych, których dotyczy postępowanie lub kontrola, oraz przysługuje nadal w zakresie, w jakim organ podatkowy w toku postępowania lub kontroli nie stwierdził naruszenia prawa lub nie wydał decyzji określającej wysokość zaległości podatkowej. W przedmiotowej sprawie sytuacja taka nie miała miejsca - Urząd stwierdził nieprawidłowości w toku kontroli a następnie w oparciu o jej ustalenia wszczął postępowanie podatkowe i wydał decyzję, którą określił m.in. zaległości podatkowe. Dlatego wydając zaskarżoną decyzję Urząd Skarbowy był obowiązany uwzględnić, przyjmując za punkt wyjścia swoich ustaleń, korekty deklaracji bezpośrednio poprzedzające wszczęcie kontroli, natomiast pominięcie korekty złożone po tej dacie. Tego jednak nie uczynił, co stanowi rażące naruszenie prawa. Jest to tym bardziej rażące, iż już w poprzedniej swojej decyzji z dnia 30.05.2001 r. Izba Skarbowa zwróciła uwagę na wadliwość takiego postępowania.