Zwrot różnicy podatku na rachunek bankowy podatnika nastąpić może w dwóch terminach: albo w ciągu 25 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika albo po przedłużeniu tego terminu, czyli po zakończeniu postępowania wyjaśniającego dotyczącego nasuwających się urzędowi skarbowemu wątpliwości co do zasadności zadeklarowanego zwrotu.
Przedłużenie terminu zwrotu podatku - samo przez się - nie pozbawia podatnika do prawa zadeklarowanego zwrotu podatku.
Forma przedłużenia 25-dniowego terminu do dokonania czynności materialno-technicznej zwrotu podatku nie jest w ogóle uregulowana prawnie w ustawie z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi Spółki z o.o. "P." na decyzję Ministra Finansów z dnia 1 marca 2000 r. (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji o przedłużeniu terminu zwrotu nadwyżki naliczonego podatku od towarów i usług - oddala skargę.
Decyzją z dnia 1.03.2000 r. (...), wydaną na podstawie art. 233 par. 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej, Minister Finansów trzymał w mocy decyzję Izby Skarbowej w W. z dnia 18 sierpnia 1999 r. (...) odmawiającą Sp. z o.o. S.-E." stwierdzenia nieważności decyzji Urzędu Skarbowego W.-B. z dnia 17 lutego 1999 r. (...), przedłużającej ustawowy termin dokonania zwrotu różnicy podatku od towarów i usług za grudzień 1998 r. do czasu zakończenia postępowania wyjaśniającego.
Z uzasadnienia decyzji Ministra Finansów wynikało, że strona domagała się stwierdzenia nieważności decyzji Urzędu z powodu rażącego naruszenia prawa polegającego na:
- braku wszczęcia z urzędu postępowania wyjaśniającego;
- braku wszczęcia z urzędu postępowania w sprawie przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku;
- braku wszczęcia z urzędu postępowania mającego na celu sprawdzenie zasadności zwrotu;
- braku oznaczenia strony;
- braku uzasadnienia faktycznego i prawnego; braku postępowania dowodowego.
Brak wszczęcia z urzędu postępowania wyjaśniającego na podstawie art. 139 par. 1 Ordynacji podatkowej w drodze sformalizowanego postanowienia, uniemożliwił pełnomocnikowi strony czynny udział w postępowaniu. Skoro zatem nie wszczęcie postępowania wyjaśniającego skutkuje nie istnieniem tego postępowania, to zdaniem Pełnomocnika nie można było się na nie powoływać przedłużając termin zwrotu różnicy podatku na podstawie art. 21 ust. 6 ustawy o VAT. Jego zdaniem, złożenie deklaracji VAT-7 z wykazaną nadwyżką podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy nie było wnioskiem o wszczęcie postępowania podatkowego i nie powodowało wszczęcia postępowania podatkowego.
Zdaniem Ministra Finansów rażące naruszenie prawa jest kwalifikowaną formą naruszenia prawa. Aby stwierdzić nieważność decyzji jako wydanej z rażącym naruszeniem prawa musi zachodzić podstawowa przesłanka do takiego stwierdzenia, tj. naruszenie prawa musi mieć charakter "rażący". "Rażące" naruszenie prawa zachodzi jedynie wówczas, gdy między rozstrzygnięciem podjętym w decyzji przez organ podatkowy a treścią zastosowanego przepisu prawa, występuje oczywista, jasna, wyraźna i bezsporna sprzeczność. "Rażące" naruszenie prawa jest z reguły wyrazem ewidentnego i łatwo uchwytnego błędu w interpretowaniu prawa. Nie można mówić o "rażącym" naruszeniu prawa, gdy istnieją możliwości różnej interpretacji przepisów prawnych. Jeśli zastosowany przepis prawa dopuszcza rozbieżną interpretację - nawet mniej lub bardziej uzasadnioną - to wybór jednej z takich interpretacji, jeśli nawet później zostanie uznany za nieprawidłowy, nie może być oceniany jako "rażące" naruszenie prawa.