Ze zwolnienia od opłaty skarbowej u podatników VAT korzystają tylko te czynności, które temu podatkowi podlegają.
Konsekwencją wyłączenia przez art. 3 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ spod działania tejże ustawy czynności polegających na sprzedaży przedsiębiorstwa jest pobieranie opłaty skarbowej od umowy sprzedaży przedsiębiorstwa.
Naczelny Sąd Administracyjny oddalił na podstawie art. 27 ust. 1 ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym /Dz.U. nr 74 poz. 368/ skargę Przedsiębiorstwa Produkcyjno-Handlowego G. spółki z o. o. w G. na decyzję Izby Skarbowej w (...) z dnia 21 kwietnia 1997 r. w przedmiocie odmowy zwrotu opłaty skarbowej.
Przedsiębiorstwo Produkcyjne "G. "spółka z o. o. wystąpiło do Urzędu Skarbowego w D. o zwrot opłaty skarbowej pobranej przez płatnika - notariusza od umowy sprzedaży przez syndyka masy upadłości Przedsiębiorstwa Przemysłu Betonów "P. -G. "w upadłości, zawartej aktem notarialnym z dnia 16 stycznia 1997 r. W uzasadnieniu wniosku Przedsiębiorstwo podało, że zgodnie z par. 62 ust. 1 pkt 8 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 9 grudnia 1994 r. w sprawie opłaty skarbowej /Dz.U. nr 136 poz. 705 ze zm./ przedsiębiorstwa państwowe są zwolnione od opłaty skarbowej od umów sprzedaży zorganizowanej części tych przedsiębiorstw. Decyzją z dnia 28 lutego 1997 r. Urząd Skarbowy w D. odmówił zwrotu opłaty skarbowej.
W odwołaniu od tej decyzji Przedsiębiorstwo "G. ", poza podnoszonym poprzednio zarzutem naruszenia par. 62 ust. 1 pkt 8 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 9 grudnia 1994 r., wysunęło też zarzut naruszenia art. 3 ust. 1 pkt 5 ustawy z dnia 31 stycznia 1989 r. o opłacie skarbowej /Dz.U. nr 4 poz. 23 ze zm./ w brzmieniu nadanym przez art. 42 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./, gdyż strony umowy sprzedaży Przedsiębiorstwa "P. -G. "w upadłości były podatnikami podatku od towarów i usług.
Decyzją z dnia 21 kwietnia 1997 r. Izba Skarbowa w (...) utrzymała w mocy decyzję Urzędu Skarbowego w D., podając w uzasadnieniu, że w świetle art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a"/ ustawy o opłacie skarbowej, w brzmieniu nadanym przez art. 42 cytowanej ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r., nie podlegają opłacie skarbowej tylko te umowy sprzedaży, dzierżawy, poddzierżawy, najmu i podnajmu, które są zawierane przez podatników podatku od towarów i usług w okolicznościach odpowiadających kryteriom podmiotowym i przedmiotowym wymienionym w art. 5 ustawy o tym podatku. Przedmiotem sprzedaży w tym wypadku było przedsiębiorstwo, a więc w sprawie nie mają zastosowania przepisy ustawy o podatku od towarów i usług /art. 3 ust. 1 pkt 1 tej ustawy/. Paragraf 62 ust. 1 pkt 8 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 9 grudnia 1994 r. /podanego przez podatnika/ również nie miał zastosowania w tej sprawie, gdyż przedmiotem sprzedaży nie była zorganizowana część przedsiębiorstwa, lecz całe przedsiębiorstwo w upadłości.
W skardze na decyzję Izby Skarbowej Przedsiębiorstwo "G. "zarzuciło, że decyzja ta jest wynikiem dowolnej interpretacji art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a"/ ustawy z dnia 31 stycznia 1989 r. o opłacie skarbowej. Błędne było również - zdaniem skarżącego - stanowisko Izby Skarbowej, iż sprzedaż była dokonywana przez syndyka masy upadłości, a nie przez przedsiębiorstwo państwowe. Dlatego sprzedaż Przedsiębiorstwa w G. powinna być zwolniona od opłaty skarbowej.
W odpowiedzi na skargę Izba Skarbowa w (...) wniosła o jej oddalenie. Podkreśliła, że w tym wypadku nie było podstaw do zwrotu opłaty skarbowej w świetle przepisów art. 13 ust. 1 ustawy o opłacie skarbowej, została ona bowiem pobrana od czynności, która nie była zwolniona od tej opłaty, a zatem pobrana opłata nie została uiszczona nienależnie. Ze zwolnienia od opłaty skarbowej korzystają tylko te czynności podatników podatku od towarów i usług, które podlegają temu podatkowi. Skoro art. 3 ust. 1 pkt 1 ustawy o tym podatku wyłącza stosowanie przepisów tej ustawy przy sprzedaży przedsiębiorstwa, to w konsekwencji od takich umów należy pobierać opłatę skarbową. Rozszerzająca wykładnia art. 3 ustawy o opłacie skarbowej byłaby - zdaniem Izby Skarbowej - niedopuszczalna. Nie miał też w tej sprawie zastosowania par. 62 ust. 1 pkt 8 i ust. 2 cytowanego rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 9 grudnia 1994 r.