Nie podlegają opłacie skarbowej tylko te umowy sprzedaży, dzierżawy, poddzierżawy, najmu i podnajmu, które zawierają podatnicy podatku od towarów i usług w okolicznościach odpowiadających kryterium nie tylko podmiotowym, ale także przedmiotowym, wymienionym w art. 5 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usługi oraz podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./.
W dniu 15 grudnia 1997 r. na mocy aktu notarialnego Przemysłowy Instytut Maszyn Budowlanych sprzedał Małgorzacie i Henrykowi P. prawo użytkowania wieczystego działki gruntu o obszarze 7.586 m2 zabudowanej budynkiem serwisu o powierzchni 236 m2 i wiatą o powierzchni 111 m2 położonego w B. Cena sprzedaży nieruchomości została ustalona przez strony umowy na kwotę 74.400,00 zł. W dniu zawarcia aktu notariusz pobrał opłatę skarbową od ceny prawa użytkowania wieczystego gruntu w wysokości 956 zł. Od ceny sprzedaży budynków i urządzeń notariusz opłaty skarbowej nie pobrał podając jako podstawę zwolnienia z opłaty w tym zakresie przepis art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej.
Z zastosowaniem powyższego zwolnienia nie zgodził się Urząd Skarbowy. Urząd decyzją z dnia 25 lutego 1998 r. określił zaległość w opłacie skarbowej w wysokości 3.764,00 zł oraz odsetki za zwłokę na dzień wydania decyzji w wysokości 290,80 zł.
Bezspornym w sprawie jest okoliczność, że sprzedaż budynków i urządzeń była zwolniona od podatku VAT na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 5 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowym. Zgodnie z ww. przepisem była to sprzedaż towaru używanego, dokonana przez użytkownika - a sprzedawcy nie przysługiwało prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony.
Według Urzędu przepis art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej nie stanowi podstawy do wyłączenia obowiązku uiszczenia opłaty skarbowej w odniesieniu do podatników zwolnionych od podatku VAT na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 5 ustawy o podatku od towarów i usług. Zdaniem Urzędu, w myśl art. 3 ust. 1 pkt 5 nie podlegają czynności cywilnoprawne: umowa sprzedaży, dzierżawy, poddzierżawy, najmu i podnajmu zawierane przez podatników, o których mowa w art. 5 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usługi oraz podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ oraz inne tego rodzaju umowy objęte zwolnieniem na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 i 2 ustawy o VAT.
Od powyższej decyzji podatnicy wnieśli odwołanie, zarzucając organowi podatkowemu I instancji błędną wykładnię art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy z dnia 31 stycznia 1999 r. o opłacie skarbowej poprzez niezgodne z prawem połączenie, unormowanych w tym przepisie, zwolnienia podmiotowego ze zwolnieniem przedmiotowym.
Izba Skarbowa decyzją z dnia 29 maja 1998 r. utrzymała zaskarżoną decyzję w mocy. W uzasadnienia decyzji podała, że podatek od towarów i usług oraz opłata skarbowa należą do grupy podatków obrotowych i w praktyce pozostają ze sobą w swoistej konkurencji spowodowanej potrzebą wyeliminowania możliwości dwukrotnego opodatkowania tej samej czynności cywilnoprawnej zbliżonym rodzajowo podatkiem. Szczególne w tym zakresie znaczenie posiada art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej.