Zgodnie z art. 31 ust. 1 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./ w wypadkach gospodarczo lub społecznie uzasadnionych zaległości podatkowe i odsetki za zwłokę mogą być umorzone w całości lub części.
Podaniem z 5 stycznia 1995 r. skierowanym do Urzędu Skarbowego we W., Jan B. wniósł o zaniechanie ustalenia i poboru podatku VAT za część podatku naliczonego przy zakupach na rachunki uproszczone za wrzesień-grudzień 1994 r. w sumie 115.328.000 zł, o umorzenie 50 procent odsetek od zaległości z tego tytułu za wrzesień i październik 1994 r. i o nie wszczynanie postępowania podatkowego do czasu zakończenia sprawy oddłużenia z wyżej wym. tytułu. Podatnik wskazał, że 16 września 1994 r. utracił prawo do zwolnienia od podatku od towarów i usług, zawiadomił o tym Urząd Skarbowy pismem z 21 grudnia 1994 r.; 29 grudnia 1994 r. złożył deklaracje VAT-7.
W związku z tym, że nie był zorientowany w prawach i obowiązkach wynikających z ustawy VAT przy zakupach nie pobierał faktur, a rachunki uproszczone. Nie mogąc z tej przyczyny odliczyć od podatku należnego podatku naliczonego byłby podwójnie obciążony, a to jest niezgodne z ideą VAT.
W piśmie z 18 stycznia 1995 r. Jan B. wniósł o ewentualne potraktowanie jego podania jako wniosku o umorzenie zaległości podatkowej wraz z odsetkami za zwłokę przedstawiając trudną sytuację finansową prowadzonego zakładu. W piśmie z 3 lutego 1995 r. wyjaśnił, iż nie chodziło mu o nie wszczynanie postępowania podatkowego, a o postępowanie egzekucyjne.
Urząd Skarbowy we W. decyzją z 6 lutego 1995 r. wydaną na podstawie art. 31 ust. 1 ustawy o zobowiązaniach podatkowych odmówił umorzenia części podatku od towarów i usług za październik-grudzień 1994 r. oraz umorzenia odsetek od tej zaległości.
W uzasadnieniu decyzji Urząd wskazał, że art. 31 ustawy o zobowiązaniach podatkowych daje organom podatkowym kompetencje do umarzania zaległości podatkowych lub odsetek za zwłokę w wypadkach gospodarczo lub społecznie uzasadnionych. Instytucja ta stanowi rodzaj amnestii podatkowej stosowanej w sytuacji gdy zaszły nadzwyczajne okoliczności, na które podatnik nie mógł mieć wpływu. W sprawie J. B. takie okoliczności nie występują. Podatnik za zgodą Urzędu mógł zmniejszyć podatek naliczony wynikający z rachunków uproszczonych pod warunkiem sporządzenia remanentu towarów w dniu przekroczenia 1,2 mld zł obrotu. Z możliwości tej nie skorzystał. Biorąc pod uwagę informację o stanie majątkowym organ podatkowy nie dopatrzył się przesłanek gospodarczych do umorzenia części zaległości i odsetek od podatku od towarów i usług.
W odwołaniu Jan B. wniósł ponownie o umorzenie części podatku od towarów i usług za wrzesień-grudzień 1994 r. wraz z odsetkami, przedstawiając okoliczności w jakich doszło do popełnienia nieprawidłowości skutkujących powstaniem zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług w określonej wysokości. Mianowicie we wrześniu 1994 r. przekroczył sumę 1,2 mld zł obrotu. Zwrócił się wtedy do Urzędu Skarbowego z zapytaniem czy w dalszym ciągu może płacić ryczałt /pod. dochodowy/. Poinformowano go, że tak. Potwierdzenie uzyskanej informacji znalazł w wypowiedzi Wiceministra Finansów K. Modzelewskiego zamieszczonej w "Rzeczypospolitej". Urząd Skarbowy już we wrześniu wiedział, o przekroczeniu limitu i "godził się na to" nie informując podatnika o obowiązkach wynikających z ustawy o podatku od towarów i usług. Dopiero 20 grudnia 1994 r. podatnik dowiedział się, że od chwili przekroczenia 1,2 mld zł obrotu miał obowiązek płacić VAT.