Decyzja organu celnego dokonującego kwalifikacji importowanego towaru według kodu PCN ma wiążący charakter dla organów podatkowych.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi Nadleśnictwo J. na decyzję Izby Skarbowej w O. z dnia 2 lutego 2001 r. (...) w przedmiocie zwrotu nadpłaty podatku od towarów i usług - oddala skargę.
Decyzją z dnia 2.02.2001 r. Izba Skarbowa w O., po rozpatrzeniu odwołania od decyzji Urzędu Skarbowego w Sz., którą odmówiono stwierdzenie nadpłaty podatku od towarów i usług od sprowadzonej z zagranicy szafy susząco-łuszczącej, utrzymała w mocy decyzję organu I instancji. Jak wynika z uzasadnienia powyższej decyzji pełnomocnik Nadleśnictwa J. zwrócił się do Urzędu Skarbowego w Sz. z wnioskiem z dnia 10.04.2000 r. o zwrot kwoty 41.400 zł tytułem nadpłaty podatku od towarów i usług uiszczonego według stawki 22 procent za zakup importowanego urządzenia do wyłuszczania nasion. W uzasadnieniu stwierdził on, że Urząd celny sprowadzone z zagranicy urządzenie powinien zakwalifikować zgodnie z załącznikiem nr 2 do rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 grudnia 1995 r. w sprawie wykazu towarów dla celów poboru podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowego w imporcie /Dz.U. nr 154 poz. 798 ze zm./ jako urządzenie do leśnictwa według kodu PCN 8436 80 10 0, które opodatkowane jest według 7 procent stawki podatku.
W toku przeprowadzonego postępowania podatkowego organ I instancji decyzją z dnia 16 czerwca 2000 r. odmówił stwierdzenia nadpłaty podatku od towarów i usług od sprowadzonego urządzenia. Swoje stanowisko umotywował tym, iż Dyrektor Urzędu Celnego w O. decyzją z dnia 31 maja 2000 r. uznał zgłoszenie celne (...) z dnia 22 grudnia 1999 r. za prawidłowe. Oznacza to jego zdaniem, że urządzenie do pozyskiwania nasion z szyszek zostało właściwie zakwalifikowane do kodu PCN 8419 39 00 0 i podlega opodatkowaniu według 22 procent stawki podatku od towarów i usług.
W odwołaniu wniesionym od decyzji organu I instancji strona zarzuciła tej decyzji naruszenie przepisów kompetencyjnych, polegające na uznaniu przez ten organ, iż określenie wysokości podatku od towarów i usług w prawidłowej wysokości należy do Urzędu Celnego a nie Urzędu Skarbowego, a także naruszenie przepisów prawa materialnego tj. art. 18 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowym i rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 grudnia 1995 r. w sprawie wykazu towarów dla celów poboru podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowego w imporcie.
Izba Skarbowa W O. rozpatrując odwołanie, nie znalazła podstaw do uwzględnienia odwołania stwierdzając, iż stosownie do art. 73 par. 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ wysokość nadpłaty określana jest przez organ podatkowy. Jednakże do wyliczenia podatku od towarów i usług z tytułu przewozu towaru na polski obszar celny we właściwej wysokości, będącego podstawą do określenia ewentualnej nadpłaty, organ podatkowy musi dysponować ostateczną decyzją organu celnego rozstrzygającą o taryfikacji importowanego towaru m.in. poprzez określenie właściwego kodu PCN oraz wymiarze należności celnych. Wobec powyższego, postanowieniem z dnia 2 lutego 2001 r., (...) Izba Skarbowa podjęła z urzędu zawieszone postępowanie.