Uzupełniając odwołanie spółka podniosła, m.in. że w decyzji określającej jej zobowiązanie inspektor wykorzystał ekspertyzę ITN w K., dotyczącą innego podmiotu Zakładu Rafinacji Ropy Naftowej i Olejów "R. "spółka cywilna w K.-K.
Po rozpatrzeniu odwołania Izba Skarbowa w W. decyzją z dnia 20 grudnia 2000 r. (...), wydaną z powołaniem na art. 233 par. 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ w zw. z art. 35 ust. 1, 2 i 2a, art. 37 ust. 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ oraz par. 3 ust. 1 i 2 zarządzenia Ministra Finansów z dnia 5 lutego 1997 r. utrzymała w mocy zaskarżoną decyzję.
Odnosząc się do zarzutów podniesionych w odwołaniu, organ drugiej instancji stwierdził, że niezrozumiałe jest stanowisko strony, która zobowiązana w toku kontroli do wydania wszystkich niezbędnych dokumentów i w rezultacie wydanych, podważa realizację dowodu przez ITN w K. twierdząc, że ekspertyzę wykonano na materiale otrzymanym z drugiej ręki, bądź ze źródeł bliżej nieokreślonych. Zdaniem Izby Skarbowej dokonanie oględzin instalacji technologicznej przez ekspertów ITN nie było konieczne gdyż całość realizacji produkcji przedstawiona była przez podatnika w raportach dziennych i miesięcznych wytwórczości. Raporty te, jak również inne dokumenty w tym instrukcja technologiczna zakładu dla procesu rafinacji ropy naftowej i olejów wraz ze schematami technologicznymi oraz świadectwa i analizy jakości surowców i produktów, stanowiły podstawę do wykonania ekspertyzy ITN. Co do 6 innych przedstawionych przez podatnika ekspertyz Izba Skarbowa zwróciła uwagę, że inspektor w postępowaniu kontrolnym przedstawił je do zaopiniowania ITN i ta znajdująca się w aktach opinia była analizowana przed wydaniem decyzji. Dlatego też zarzut nie wykorzystania tego materiału dowodowego przez organ pierwszej instancji został przez organ odwoławczy uznany za bezzasadny.
Ponadto Izba Skarbowa stwierdziła, że ekspertyza ITN w K. była pomocna w zakresie fachowego ustosunkowania się do rzeczywistych działań podatnika, ale w sprawie występowały także inne przesłanki wskazujące na brak rzetelności w określaniu danych niezbędnych do wyliczenia wskaźnika uprawniającego do skorzystania ze zwolnienia w podatku akcyzowym.
Zasadniczym elementem było niezgodne z przepisami zarządzenia Ministra Finansów wyliczanie udziału komponentu uzyskanego z przepracowanego oleju do ilości oleju sprzedanego w danym miesiącu. Z przepisu zaś wynika jednoznacznie, że udział ten liczy się w produkcie gotowym. Przyjęta przez podatnika do wyliczenia sprzedaż oleju napędowego obejmowała nie tylko produkt uzyskany w wyniku prowadzonej produkcji na instalacjach w K.-K., ale również sprzedaż oleju napędowego wytworzonego w drodze mieszania /blendowania/ przez inne podmioty gospodarcze lub na terenie obiektów dzierżawionych przez te podmioty, z którymi podatnik zawarł umowy o wspólnym przedsięwzięciu.