Interpretując pojęcie "produktu gotowego", o którym mowa w pkt 5 poz. 1 załącznika nr 3 do zarządzenia Ministra Finansów z dnia 5 lutego 1997 r. w sprawie stawek podatku akcyzowego dla wyrobów przemysłu spirytusowego i drożdżowego, niektórych innych napojów alkoholowych, paliw do silników, wyrobów tytoniowych oraz zwolnie od tego podatku /M.P. nr 7 poz. 57 ze zm./ należy mieć na względzie ilość produktu, którego dotyczyły czynności skutkujące powstaniem obowiązku podatkowego w akcyzie.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi Zakładów Przetwórstwa Ropy Naftowej i Regeneracji Olejów "R." Sp. z o.o. w likwidacji na decyzję Izby Skarbowej W. z dnia 20 grudnia 2000 r. (...) w przedmiocie podatku akcyzowego - uchyla zaskarżona decyzję.
Spółka z. o.o. "R." w deklaracjach podatku akcyzowego za okres od stycznia 1997 r. do stycznia 1998 r. wykazywała należny podatek akcyzowy jedynie z tytułu sprzedaży komponentu benzyny. Nie wykazywała go natomiast od sprzedaży podstawowego produktu którym był olej napędowy. Stała bowiem na stanowisku, że korzysta ze zwolnienia od podatku akcyzowego na podstawie pkt 5 poz. 1 zał. nr 3 do zarządzenia Ministra Finansów z dnia 5 lutego 1997 r. w sprawie stawek podatku akcyzowego dla wyrobów przemysłu spirytusowego i drożdżowego, niektórych innych napojów alkoholowych, paliw do silników, wyrobów tytoniowych oraz zwolnień od tego podatku /M.P. nr 7 poz. 57 ze zm./, zwanego dalej w skrócie "zarządzeniem Ministra Finansów", gdyż uzyskiwała w każdym miesiącu wskaźnik udziału komponentu uzyskanego z regeneracji olejów zużytych w ilości sprzedanego oleju napędowego powyżej 10 procent.
Po przeprowadzeniu kontroli prawo spółki do zwolnienia z podatku akcyzowego zakwestionował inspektor kontroli skarbowej z Urzędu Kontroli Skarbowej w O. w decyzji z dnia 31 marca 1999 r. (...), w której określił należne w poszczególnych miesiącach od stycznia 1997 do stycznia 1998 r. zobowiązanie w podatku akcyzowym w łącznej wysokości 28.749.167 zł, zaległość podatkową w tym podatku w kwocie 27.102.049 oraz odsetki za zwłokę liczone na dzień wydania decyzji w kwocie 19.406.217,50 zł.
Zdaniem inspektora, który oparł się na ekspertyzie wykonanej przez Instytut Technologii Nafty w K., spółka nie uzyskiwała wskaźnika, wynikającego z zarządzenia Ministra Finansów, który uprawniałby ją do uzyskania zwolnienia od podatku. Inspektor zakwestionował uzysk komponentu z olejów przepracowanych w wysokości 80 procent przyjmując do obliczeń zobowiązań podatkowych uzysk tylko w wysokości 50 procent. Ponadto uznał, że spółka nie tylko wadliwie obliczała udział komponentu uzyskanego z regeneracji olejów przepracowanych, ale także nieprawidłowo przeprowadzała wyliczenia tego wskaźnika w stosunku do ilości sprzedanego oleju napędowego, a nie wyrobu gotowego, jak stanowił ww. przepis zarządzenia.
W odwołaniu do Izby Skarbowej w W., spółka wniosła o uchylenie ww. decyzji inspektora kontroli skarbowej. Zarzuciła jej rażące naruszenie przepisów prawa podatkowego poprzez bezpodstawne pozbawienie jej zwolnienia od podatku akcyzowego na podstawie postanowień rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 5 stycznia 1998 r. w sprawie podatku akcyzowego /Dz.U. nr 2 poz. 3 ze zm./ w oparciu o nierzetelnie wykonaną ekspertyzę ITN w K., bezpodstawne naliczenie zobowiązania w podatku akcyzowym w kwotach wyższych od zadeklarowanych oraz naruszenie zasad procedury podatkowej przez wydanie decyzji nie zawierającej wymaganego uzasadnienia faktycznego. Podniosła, że przy wykonywaniu tej ekspertyzy, mającej charakter opinii biegłych w rozumieniu art. 18 ust. 1 pkt 7 ustawy o kontroli skarbowej zostały naruszone naruszone zasady postępowania. Opinia została wykonana bez źródłowego badania dokumentacji w zakładzie i bez żadnego udziału strony. Podkreśliła, że jej metoda przerobu ropy naftowej i olei przepracowanych ma unikalny charakter i nie jest stosowana w Polsce. Dlatego do właściwej oceny tej technologii niezbędne było posiadanie pełnej bieżącej informacji o surowcach i uzyskach w okresie objętym kontrolą, czego eksperci nie posiadali. Powołała się też na odmienne stanowisko w kwestii uzyskiwanego przez nią wskaźnika, wynikające z ekspertyzy Centralnego Laboratorium Naftowego w W. opracowanej na jej zlecenie w 1996 r., a także na inne ekspertyzy wykonane przez Politechnikę Radomską Zakład Technologii i Inżynierii Chemicznej, Firmę Usługowo-Handlową "E.", opracowanie M. Lachmirowicza i J. Żurka "Uzysk komponentu oleju napędowego z przerobu olejów przepracowanych w 1998 r. w R.", jak również załączyła do odwołania opinię prof. A. Jasińskiego, doradcy MOŚZNiL, biegłego z listy tego ministra, dezawuującą ekspertyzę ITN w K. Stwierdziła, że inspektor kontroli skarbowej z naruszeniem art. 210 par. 4 Ordynacji podatkowej, przemilczał te opinie w uzasadnieniu swojej decyzji mimo wskazywania mu potrzeby ich uwzględnienia.