Sprzedaż budynków była zwolniona od opłaty skarbowej pomimo równoległego jej zwolnienia od podatku VAT jako towaru używanego na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 5 ustawy z dnia 5 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi (...) Spółka z o.o. w W. na decyzję Izby Skarbowej w C. z dnia 23 stycznia 1998 r. (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieistnienia obowiązku podatkowego i zwrot opłaty skarbowej pobranej przez notariusza - oddala skargę.
Skarżąca Spółka z o.o. "(...)" w W. w dniu 17 lipca 1997 r. kupiła od (...) Fabryki Piaterów "H." S.A. w W. prawo wieczystego użytkowania gruntów położonych w P. oraz własność położonych na niej budynków i budowli.
Notariusz jako płatnik pobrał opłatę skarbową w kwocie 250.000 zł, z której 27.500 zł dotyczyła umowy sprzedaży prawa wieczystego użytkowania, a 222.500 zł umowy sprzedaży budynków i budowli. Opłatę tę strony umowy poniosły w częściach równych. W dniu 19 sierpnia 1997 r. skarżąca Spółka wystąpiła do Urzędu Skarbowego a uznanie nieistnienia obowiązku podatkowego oraz o zwrot niesłusznie pobranej kwoty, opłaty skarbowej.
W jej ocenie transakcja ta jest zwolniona z opłaty skarbowej na podstawie art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy z dnia 32 stycznia 1989 r. o opłacie skarbowej /Dz.U. nr 4 poz. 23 ze zm./ zwanej dalej ustawą o opłacie skarbowej - gdyż obie, strony są podatnikami podatku od towarów i usług w rozumieniu art. 5 ustawy z dnia 5 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ zwaną dalej ustawą o VAT.
Urząd Skarbowy w P. wniosku tego nie uwzględnił. Stanął on na stanowisku, że ze zwolnienia od opłaty skarbowej na jaki powołuje się Spółka korzystają umowy min. sprzedaży zawierane przez podatników wymienionych w art. 5 ustawy o VAT jeżeli są objęte zwolnieniami na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1, 2 ustawy o VAT i jest to jedno z dwóch zwolnień wymienionych w tym przepisie.
W opodatkowanej transakcji sprzedaż prawa wieczystego użytkowania, co jest niesporne, nie objęta była tym zwolnieniem gdyż, nie dotyczy towarów i usług. Sprzedaż budynków i budowli jako towarów używanych zwolniona była natomiast od podatku VAT na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 5 lit. "a" nie art. 7 ust. 1 pkt 1 lub 2 ustawy o VAT.
Izba Skarbowa w C. utrzymała w mocy decyzję organu I instancji jednakże nieco inaczej uzasadniła ocenę o prawidłowym pobraniu opłaty skarbowej przez notariusza. Zgodziła się mianowicie ze stroną skarżącą, iż będący przedmiotem rozważań w sprawie przepis art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej zawiera trzy kategorie zwolnień podatkowych. Zawarte w pierwszym zdaniu tego przepisu zwolnienie nie dotyczy wszystkich podmiotów wymienionych w art. 5 ustawy o VAT, zawierających m.in. umowy sprzedaży jak chce tego skarżąca. Zwolnienie to odnosi się do podatników podlegających opodatkowaniu podatkiem VAT, którzy zawierają wymienione w tym przepisie umowy /w tym umowy sprzedaży/, od których to czynności są zobowiązani do zapłacenia podatku VAT. Spółka "(...)" nie miała takiego obowiązku w zakresie sprzedaży budynków i budowli gdyż była od tego podatku zwolniona na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 5 ustawy o VAT. Ta podstawa zwolnienia od VAT nie jest wymieniona natomiast w dwóch pozostałych zwolnieniach przewidujących równoległe zwolnienie od VAT i opłaty skarbowej.