Pojawienie się nowych dowodów w sprawie jest przesłanką do uchylenia decyzji i wznowienia postępowania, także wówczas, gdy decyzja została zaskarżona do sądu administracyjnego.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 14 października 2003 r. sprawy ze skargi Lecha M. na decyzje Izby Skarbowej w W. z dnia 6 lutego 2003 r. (...) w przedmiocie podatku od towarów i usług - uchyla zaskarżone decyzje; (...).
Zaskarżonymi decyzjami z dnia 6 lutego 2003 r. (...) Izba Skarbowa w W. utrzymała w mocy dwie decyzje dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w W. z dnia 15 października 2002 r.:
1. (...) w sprawie określenia w podatku od towarów i usług zobowiązania i zaległości za wymienione niżej miesiące 2000 r. wrzesień, październik, grudzień w wysokości (...) oraz należnych odsetek od zaległości na dzień wydania decyzji w łącznej kwocie (...),
2. (...) w sprawie określenia w podatku od towarów i usług zobowiązania i zaległości za wymienione niżej miesiące 2001 r., luty, marzec, maj w wysokości łącznie (...) oraz należnych odsetek od zaległości na dzień wydania decyzji w łącznej kwocie (...).
W zbliżonych uzasadnieniach Izba Skarbowa podała, że strona od 1997 r. prowadziła działalność gospodarczą w zakresie pośrednictwa sprzedaży nieruchomości jako osoba fizyczna oraz w okresie od 26 stycznia 1999 do 28 września 2002 r. w formie spółki cywilnej z Anną J. - w tym samym zakresie, nie zawieszając jednak samodzielnie prowadzonej działalności. Usługi takiego pośrednictwa były, zgodnie z par. 69 pkt 5 lit. "b" rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 22 grudnia 1999 r. w sprawie wydania niektórych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 109 poz. 1245 ze zm./, zwolnione z podatku od towarów i usług.
W wyniku kontroli skarbowej przeprowadzonej w prowadzonym przez podatnika Biurze Nieruchomości "Posesja" ustalono, że Lech M. w 2000 r. dokonał 4 transakcji sprzedaży oleju bazowego i 5 transakcji sprzedaży usług przewozu oleju koleją, które udokumentował 9 fakturami VAT, nieujętymi w żadnej ewidencji. Podobnie w 2001 r. Lech M. dokonał 13 transakcji sprzedaży oleju bazowego i jego transportu koleją, co dokumentowało 13 niezaewidencjonowanych faktur.
Organ kontroli stwierdził też, że Lech M. nie złożył w urzędzie skarbowym do czasu rozpoczęcia kontroli zgłoszenia rejestracyjnego w zakresie podatku od towarów i usług. Natomiast rozpoczynając działalność gospodarczą wybrał zwolnienie od podatku na podstawie art. 14 ust. 6 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./. Zatem w myśl art. 32 ust. 1 i 5 tej ustawy oraz par. 32 ww. rozporządzenia nie był uprawniony do wystawiania faktur VAT. Dlatego też należało uznać, że z chwilą dokonania pierwszej sprzedaży oleju bazowego i wystawienia faktury VAT Lech M. stał się podatnikiem podatku od towarów i usług na podstawie art. 33 ust. 1 w zw. z art. 5 ust. 1 tej ustawy, przy czym obowiązek podatkowy powstał stosownie do art. 6 ust. 4 z momentem wystawienia tych faktur. Z uwagi na niedopełnienie obowiązku rejestracyjnego dla tego podatku Lech M. w myśl art. 25 ust. 3 nie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego zawartego w fakturach zakupu oleju bazowego jak również usług dotyczących transportu tego towaru.