1. Postępowanie w sprawie stwierdzenia nieważności nie może przeradzać się w postępowanie o charakterze merytorycznym, co oznacza, że minister finansów nie może badać na nowo zasadności stanowiska zajętego przez izbę skarbową.
2. Pojęcie rażącego naruszenia prawa nie ma ściśle określonego znaczenia /art. 247 par. 1 pkt 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./. Nie oznacza to wszakże, że kategoria rażącego naruszenia prawa ma charakter całkowicie abstrakcyjny. O rażącym naruszeniu prawa możemy mówić, gdy występuje oczywista sprzeczność decyzji wymiarowych z przepisami prawa materialnego, która powoduje oczywiste skutki w postaci zawyżonego zobowiązania podatkowego i odsetek od zaległości podatkowej.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi A. Sp. z o.o. na decyzje Ministra Finansów z dnia 17 listopada 2000 r. (...) w przedmiocie Odmowy stwierdzenia nieważności decyzji o podatek od towarów i usług - skargi oddala.
Zaskarżonymi decyzjami z dnia 17.11.2000 r. (...) oraz (...) Minister Finansów utrzymał w mocy wcześniej wydane przez siebie decyzje z dnia 7.09.2000 r. (...) oraz (...), którymi odmówiono stwierdzenia nieważności ostatecznych decyzji Izby Skarbowej w J.-G. z dnia 21.07.1997 r. (...) w sprawie określenia zobowiązania w podatku od towarów i usług za okres od lipca do grudnia 1993 r. i ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego oraz z dnia 1.12.1997 r. (...) w sprawie określenia zobowiązania w tym podatku za okres od stycznia do października 1994 r. i ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego.
Jak wynika z uzasadnienia powyższych decyzji, w wyniku postępowania kontrolnego przeprowadzonego przez Urząd Kontroli Skarbowej w J.-G. oraz Urząd Skarbowy w J.-G. decyzją z dnia 7.02.1996 r. (...) Urząd Skarbowy w J.-G. określił zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za okres od lipca do grudnia 1993 r. oraz decyzją z dnia 18.06.1997 r. (...) określił zobowiązanie podatkowe w tym podatku za okres od stycznia do października 1994 r. oraz ustalił dodatkowe zobowiązanie za ww. okresy.
W wyniku złożonego w dniu 5.07.1997 r. odwołania Izba Skarbowa w J.-G. powyższe decyzje uchyliła i określiła na nowo wysokość zobowiązania podatkowego oraz ustaliła dodatkowe zobowiązanie podatkowe za ww. okresy.
Pełnomocnik strony skarżącej zwrócił się w dniu 9.02.1998 r. do Ministra Finansów z żądaniem stwierdzenia nieważności obu decyzji Izby Skarbowej w J.-G. podnosząc, iż wydane zostały one z rażącym naruszeniem prawa. Minister Finansów nie podzielił zdania strony skarżącej i odmówił stwierdzenia nieważności decyzji Izby Skarbowej. Uznał, iż argumenty podane przez stronę nie stanowią przesłanki do stwierdzenia nieważności Izby Skarbowej. W dniu 21.09.2000 r. strona złożyła odwołania od decyzji Ministra Finansów podtrzymując swoje dotychczasowe stanowisko, iż wydanie decyzji podatkowych komasujących wymiar podatku za okres dłuższy niż miesiąc stanowi rażące naruszenie prawa i obarczone jest wadą nieważności. Minister Finansów decyzjami z dnia 17.11.2000 r. utrzymał w mocy wcześniej wydane decyzje, podtrzymując swą wcześniejszą argumentację.
Na powyższe decyzje Ministra Finansów strona złożyła skargi do Naczelnego Sądu Administracyjnego w Warszawie, wnosząc w nich o uchylenie tych decyzji w całości oraz zasądzenie kosztów procesowych zgodnie z obowiązującymi przepisami. Pełnomocnik skarżącego w uzasadnieniu skarg podniósł, iż zobowiązanie w podatku od towarów i usług powstaje przy zachowaniu warunków przewidzianych w ustawie o tym podatku w okresie jednego miesiąca i rozliczane jest także w okresie jednego miesiąca. Zgodnie zatem z ustawą z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./ nie istnieje możliwość rozliczenia tego podatku w okresach dłuższych aniżeli okres obliczeniowy czyli okres miesiąca. Należy więc stwierdzić, że organ podatkowy ma obowiązek wydania decyzji w sposób i na warunkach określonych w ustawie, a podatnik ma prawo do otrzymania decyzji rozliczającej podatek w okresach miesięcznych. Podatnik spodziewać się może wydania decyzji w przedmiocie podatku od towarów i usług za okres jednego miesiąca. Natomiast wydanie decyzji przez organ podatkowy, której treść różni się od deklaracji złożonej za okres miesiąca, nie powoduje utraty prawa przez podatnika do korekty deklaracji za miesiące następujące po miesiącu objętym decyzją, co stanowi dodatkowy argument obowiązku wydawania decyzji za okres miesięczny. Zdaniem skarżącego niedopuszczalne jest aby Urząd Skarbowy w J.-G. wydał jedną decyzję określającą zobowiązanie w podatku od towarów i usług za miesiące od lipca do grudnia 1993 r. oraz drugą decyzję za miesiące od stycznia do października 1994 r.