Skoro Trybunał Konstytucyjny orzekł o niekonstytucyjności przepisu art. 2 pkt 2 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. nr 95 poz. 1101/ w stosunku do grupy podmiotowo i przedmiotowo wyodrębnionych jego adresatów, to zgodnie z art. 190 par. 1 i 3 Konstytucji RP z chwilą ogłoszenia wyroku w dzienniku ustaw, to jest 5.07.2002 r., przepis ten w stosunku do tej grupy podatników utracił moc obowiązującą.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skarg Jolanty K. na decyzje Ministra Finansów z dnia 30.10.2001 r. (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji Izby Skarbowej we W. z dnia 28.11.2000 r. (...) - uchyla zaskarżone decyzje; (...).
Jolanta K. pismami z dnia 21.02.2000 r. i 20.03.2000 r. złożyła żądanie stwierdzenia nadpłaty z tytułu nienależnie dokonanej wpłaty na podatek dochodowy od osób fizycznych za miesiące I i II 2000 r., argumentując, że osiągnięty dochód z działalności gospodarczej jest zwolniony z podatku dochodowego od osób fizycznych na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 35 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych /Dz.U. 2000 nr 14 poz. 176/. Wpłacona na poczet tego podatku kwota stanowi więc nadpłatę.
Urząd Skarbowy w Ś. odmówił stwierdzenia nadpłaty. Izba Skarbowa we W. Ośrodek Zamiejscowy w W. utrzymała decyzje organu I instancji w mocy.
Podatniczka wystąpiła do Ministra Finansów o stwierdzenie nieważności decyzji ostatecznych Izby Skarbowej we W. Ośrodek Zamiejscowy w W. na podstawie art. 247 par. 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej.
Zdaniem Jolanty K. decyzje zostały wydane z rażącym naruszeniem art. 79 par. 2 pkt 1 lit. "c" w związku z art. 72 par. 1 pkt 1, art. 73 i art. 3 pkt 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./. Na mocy bowiem art. 21 ust. 1 pkt 35 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych dochodzona kwota stanowi dochód wolny od podatku i nie była obowiązana do składania zeznań i deklaracji, w związku z czym dokonała wpłaty kwoty nienależnej i kwota ta zgodnie z powołanymi przepisami stanowi nadpłatę.
Decyzje rażąco naruszają także art. 2 i art. 7 ustawy z dnia 17 października 1997 r. - Ustawy Konstytucyjnej /Dz.U. nr 78 poz. 483/ w związku z art. 21 ust. 1 pkt 35 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.
Ponadto przedstawiła argumentację, mającą uzasadniać twierdzenie, iż zmiany dokonane w ustawie o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych nie skutkują utratą zwolnienia z podatku dochodowego od osób fizycznych kwoty dochodów z działalności gospodarczej osiągniętych po 1 stycznia 2000 r. przez podatników zatrudniających osoby niepełnosprawne.
W ocenie podatniczki dokonana przez Ministra Finansów urzędowa interpretacja prawa zawarta w piśmie PB2/AZ-0673-3734/99 z dnia 20.12.1999 r. powoduje likwidację dwuinstancyjności postępowania oraz zawiera wewnętrzne sprzeczności.
Zmiany art. 31 ustawy o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych /Dz.U. nr 123 poz. 776 ze zm./ zostały wprowadzone z naruszeniem konstytucyjnych zasad zawartych w art. 2 i art. 7 Konstytucji RP.
Zaskarżonymi decyzjami Minister Finansów utrzymał w mocy własne decyzje z dnia 9.08.2001 r. i 17.08.2001 r., którymi odmówił stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznych Izby Skarbowej we W. Ośrodek Zamiejscowy w W. z uwagi na brak podstaw do uznania, że decyzje Izby zostały wydane z rażącym naruszeniem prawa.