Możliwość podważenia decyzji ostatecznej narusza ład systemu prawnego, gdyż stanowi odstępstwo od zasady dwuinstancyjności postępowania oraz stabilności decyzji ostatecznych /art. 127 i art. 128 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa - Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./. Z powyższego założenia ogólnego, odnoszącego się do rodzaju decyzji poddanej sądowej kontroli legalności, oraz z treści art. 128 ustawy - Ordynacja podatkowa wynika, iż tylko wyraźnie określone przyczyny, stanowiące o najdalej idących wadliwościach decyzji lub poprzedzającego ją postępowania, mogą prowadzić do wzruszenia decyzji ostatecznej. Naturalną konsekwencją powyższego jest, iż postępowania nadzwyczajne nie mogą zastępować kontroli instancyjnej oraz ewentualnego badania legalności merytorycznej decyzji ostatecznej w drodze skargi do sądu administracyjnego.
Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie po rozpoznaniu w dniu 15 stycznia 2003 r. sprawy ze skargi Teresy i Bernarda J. na decyzję Ministra Finansów z dnia 21 grudnia 2000 r. (...) w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji Urzędu Skarbowego w S. z dnia 25 lutego 1998 r. (...) - oddala skargę.
Inspektor Kontroli Skarbowej Krzysztof S. z Urzędu Kontroli Skarbowej w O. po kontroli skarbowej w Przedsiębiorstwie Wielobranżowym "T" w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczenia i wpłacenia podatku dochodowego od osób fizycznych za 1995 r. z tytułu prowadzonej działalności gospodarczej, sporządził wynik kontroli z dnia 30 grudnia 1996 r., w którym określił podatek dochodowy za 1995 r. w innej wysokości, niż wykazana przez Podatnika w zeznaniu rocznym.
W związku z żądaniem Podatnika skierowania powyższego wyniku kontroli na drogę postępowania podatkowego, Urząd Skarbowy w S. decyzją z dnia 25 lutego 1998 r. określił Teresie i Bernardowi J. podatek dochodowy za 1995 r. w wysokości 25.365,60 zł, zaległość podatkową w kwocie 12.373,40 zł. Od powyższej decyzji Podatnicy wnieśli odwołanie z dnia 11 marca 1998 r. do organu II instancji.
Pismami z dnia 13 maja 1998 r. oraz z dnia 1 czerwca 1998 r. działający w imieniu Skarżących pełnomocnik wycofał z Izby Skarbowej w O. odwołanie z dnia 11 marca 1998 r. od decyzji Urzędu Skarbowego w S.
Izba Skarbowa w O., w związku z wycofaniem odwołania, decyzją z dnia 3 czerwca 1998 r. umorzyła postępowanie odwoławcze w sprawie określenia zobowiązania w podatku dochodowym od osób fizycznych za 1995 r.
Izba Skarbowa w O., po dwukrotnym rozpatrzeniu żądania Skarżących z dnia 8 czerwca 1998 r. decyzją z dnia 16 sierpnia 2000 r. odmówiła stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej Urzędu Skarbowego w S. z dnia 25 lutego 1998 r.
Od decyzji powyższej Podatnicy wnieśli odwołanie do Ministra Finansów.
Minister Finansów decyzją z dnia 21 grudnia 2000 r. zaskarżoną decyzję utrzymał w mocy.
W ocenie organu odwoławczego postępowanie o stwierdzenie nieważności decyzji ostatecznej zaliczane jest do nadzwyczajnych trybów postępowania, co związane jest z zasadą trwałości decyzji ostatecznych. W związku z tym stwierdzenie nieważności decyzji może nastąpić jedynie w przypadku ustalenia w sposób niewątpliwy wystąpienia jednej z wad określonych w art. 247 par. 1 Ordynacji podatkowej. Wadą decyzji ostatecznej, określoną w art. 247 par. 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej, skutkującą stwierdzeniem jej nieważności, jest wydanie decyzji z rażącym naruszeniem prawa, co jak powszechnie się przyjmuje, ma miejsce wówczas, gdy treść decyzji pozostaje w oczywistej sprzeczności z niebudzącym wątpliwości przepisem prawa. Dodać także należy, że o rażącym naruszeniu prawa nie można mówić w sytuacji, gdy konkretny przepis podlega różnym interpretacjom.
Postępowanie, zakończone wydaniem zaskarżonej decyzji, nie wykazało, by decyzja ostateczna Urzędu Skarbowego w S. z dnia 25 lutego 1998 r. rażąco naruszała obowiązujące prawo przy dokonywaniu oceny charakteru umów leasingowych zawartych przez Skarżącego.
Jak wskazano w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji, organy podatkowe nie mają prawa do ingerowania w stosunki prawne między stronami umowy leasingu. Mają jednak prawo i obowiązek badania oraz oceny treści i celu tej umowy, z uwzględnieniem w tej ocenie rzeczywistych działań stron w zakresie jej skutków podatkowych. Uprawnienie to wynika z treści art. 65 par. 2 Kc i nie stoi w sprzeczności z kompetencjami sądów powszechnych.