Dopiero po ostatecznym orzeczeniu organu odwoławczego można mówić o rozstrzygnięciu zagadnienia wstępnego.
Decyzjami dyrektora Urzędu Celnego w W. z dnia 2, 10 i 11 września 1997 r. po wznowieniu postępowania zostało uchylonych szereg decyzji wymiarowych, w których dokonano "C." Sp. z o.o. w W. wymiaru cła oraz obliczono i pobrano w charakterze płatnika od towarów i usług oraz podatek importowy od sprowadzonych przez Spółkę na polski obszar celny kosmetyków, a to w związku z ujawnieniem dokumentów, z których miało wynikać, że wystawione faktury nie odzwierciedlały rzeczywistej wartości towaru. Od decyzji tych zostały wniesione odwołania. We wrześniu 1997 r. Urząd Skarbowy w W. szeregiem decyzji z dnia 10 i 11 sierpnia 1999 r. wymierzył Spółce podatek od towarów i usług oraz podatek importowy uwzględniając wartość celną towarów zgodnie z powołanymi decyzjami dyrektora Urzędu Celnego w W. W odwołaniach od tych decyzji Spółka zarzuciła przewlekłość postępowania odwoławczego w sprawach celnych - decyzje odwoławcze nie zostały wydane mimo upływu 2 lat oraz przedwczesność decyzji zaskarżonych, a to wobec niewydania ostatecznej decyzji w sprawie celnej przez Prezesa GUC. Izba Skarbowa w W. 10 decyzjami z dnia 3, 4, 5, 8 i 9 listopada 1999 r., nr odpowiednio 62 oraz 65 i 78, utrzymała w mocy zaskarżone decyzje. W uzasadnieniu decyzji powołano się na art. 11a ust. 1 i ust. 3 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./, zwaną dalej "ustawą o VAT" oraz art. 7a ust. 1 ust. 3 ustawy z dnia 25 listopada 1993 r. o podatku importowym od towarów sprowadzonych lub nadsyłanych z zagranicy /Dz.U. nr 123 poz. 557 ze zm./, zwaną dalej "ustawą o podatku importowym", wyrażając pogląd, iż wobec tego, że organem właściwym do wydania decyzji w sprawie określenia wartości celnej towaru jest dyrektor Urzędu Celnego /art. 111 Prawa celnego z 1989 r./, to w sytuacji wydania przez ten organ decyzji zmieniającej wartość celną towaru stanowiącą podstawę opodatkowania podatkiem VAT i podatkiem importowym - Urząd Skarbowy słusznie wydał decyzje ustalające zobowiązanie podatkowe będąc do tego zobowiązany w art. 11a ust. 1 ustawy o VAT i art. 7a ust. 1 ustawy o podatku importowym. Nadmieniono ponadto, że w razie uchylenia decyzji dyrektora Urzędu Celnego zaistnieją przesłanki określone w art. 240 par. 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej do zmiany decyzji Urzędu Skarbowego. W skargach na te decyzje, wniesionych przez Spółkę "C." do Naczelnego Sądu Administracyjnego, wniesiono o ich uchylenie wraz z decyzjami je poprzedzającymi, jako przedwczesnych, wobec niewydania w sprawach celnych decyzji odwoławczych. Ponadto w uzasadnieniu skargi powołano się na pismo GUC z dnia 25 listopada 1999 r. informujące o przedłużającym się postępowaniu wyjaśniającym, w związku z potrzebą przeprowadzenia takiego postępowania z organami administracji celnej za granicą i wyrażono pogląd, iż w takiej sytuacji sprawy podatkowe powinny być zawieszone zgodnie z art. 201 par. 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej. Ze znajdujących się w aktach sprawy decyzji Prezesa Głównego Urzędu Ceł z dnia 23-28 lutego 2000 r. wynika, że decyzje dyrektora Urzędu Ceł w W. z września 1997 r. w przedmiocie wymiaru cła Spółce "C." od sprowadzonych kosmetyków zostały w całości uchylone, zaś postępowanie przed organem I instancji zostało umorzone. W odpowiedzi na skargi noszące datę 14 marca 2000 r. wniesiono o ich oddalenie ponawiając argumentację zawartą w uzasadnieniach zaskarżonych decyzji. Ponadto podano, że wniesienie odwołania od decyzji w przedmiocie wymiaru cła nie skutkuje automatycznie brakiem podstaw do wydania decyzji przez Urząd Skarbowy i wyrażono pogląd, iż w sprawie nie zaistniały przesłanki do zawieszenia postępowań podatkowych na podstawie art. 201 par. 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej, gdyż zagadnienie wstępne, jakim było niewątpliwie w rozpatrywanej sprawie ustalenie wartości celnej towaru, zostało rozstrzygnięte decyzjami Dyrektora Urzędu Celnego. Ponadto w związku z decyzjami Prezesa GUC z dnia 23 i 28 lutego 2000 r. podano, że zaistniała przesłanka do wznowienia postępowania wymieniona w art. 240 par. 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej. Natomiast w dacie wydawania zaskarżonych decyzji istniała podstawa - decyzja Urzędu Celnego - do ustalenia zobowiązania podatkowego w VAT i podatku importowym.