W postępowaniu o stwierdzenie nieważności, które zgodnie z art. 248 par. 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./ może dotyczyć wyłącznie decyzji ostatecznej, organem właściwym do rozpatrzenia sprawy jest organ wyższego stopnia nad organem, który wydał decyzję ostateczną, nawet wówczas, kiedy strona wnosi o stwierdzenie nieważności decyzji organu pierwszej instancji, mimo że była ona już przedmiotem ostatecznego rozpatrzenia przez organ drugiej instancji.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi Spółdzielni Mieszkaniowej Lokatorsko-Własnościowej "M.D." w Ś. na decyzję Ministra Finansów z dnia 13 września 2000 r. (...) w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania administracyjnego w sprawie określenia podatku nie pobranego przez płatnika - uchyla zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję Izby Skarbowej we W. z dnia 20 marca 2000 r. (...);
Minister Finansów decyzją z dnia 13 września 2000 r. na podstawie art. 233 par. 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej po rozpatrzeniu odwołania Spółdzielni Mieszkaniowej Lokatorsko-Własnościowej "M.D." w Ś. od decyzji Izby Skarbowej we W. z dnia 20 marca 2000 r. (...) odmawiającej wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji Urzędu Skarbowego w Ś. z dnia 10 marca 1998 r. (...) orzekającej o odpowiedzialności Spółdzielni jako płatnika, za niepobrane i niewpłacone zaliczki na podatek dochodowy od osób fizycznych za 1994 r. od wycofanych wkładów budowlanych w kwocie 1.090 zł utrzymał zaskarżoną decyzję Izby Skarbowej we W. w mocy.
W uzasadnieniu decyzji Minister Finansów podniósł, że zgodnie z przepisem art. 247 par. 1 Ordynacji podatkowej organ podatkowy stwierdza nieważność decyzji ostatecznej, zaś z art. 128 tej ustawy wynika, że decyzje, od których nie służy odwołanie są ostateczne. Decyzja Urzędu Skarbowego w Ś. z dnia 10 marca 1998 r. orzekająca o odpowiedzialności Spółdzielni jako płatnika, za niepobrane i niewpłacone zaliczki na podatek dochodowy od osób fizycznych za 1994 r. od wycofanych wkładów budowlanych w kwocie 1.090 zł nie jest decyzją ostateczną w rozumieniu art. 128 Ordynacji podatkowej. Decyzją ostateczną w tej sprawie jest decyzja Izby Skarbowej w W. z dnia 16 czerwca 1998 r. (...).
Z pisma Spółdzielni z dnia 14 września 1999 r. (...), skierowanego do Izby Skarbowej we W. Oddział Zamiejscowy w W., jednoznacznie wynika, że żądanie stwierdzenia nieważności dotyczyło decyzji "z dnia 10 marca 1998 r. (...), ustalającej zobowiązanie Spółdzielni jako płatnika", a więc decyzji wydanej przez Urząd Skarbowy w Ś. A zatem Izba Skarbowa we W. zasadnie odmówiła wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia przedmiotowej decyzji Urzędu Skarbowego.
Nietrafne są zatem zarzuty dotyczące naruszenia art. 15 i art. 207 Ordynacji podatkowej. Zgodnie z art. 15 ww. ustawy organy podatkowe przestrzegają z urzędu swojej właściwości rzeczowej i miejscowej. Stosownie do art. 248 par. 1 Ordynacji podatkowej właściwy do stwierdzenia nieważności decyzji w przypadkach wymienionych w art. 247 jest organ wyższego stopnia, a gdy decyzja została wydana przez Ministra Finansów lub przez samorządowe kolegium odwoławcze - ten organ.
Mając na uwadze powyższe oraz fakt, że Izba Skarbowa we W. jest organem wyższego stopnia w stosunku do Urzędu Skarbowego w Ś. - art. 5 ust. 8 ustawy z dnia 21 czerwca 1996 r. o urzędach i izbach skarbowych oraz par. 2 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 7 grudnia 1998 r. w sprawie terytorialnego zasięgu działania oraz siedzib urzędów skarbowych i izb skarbowych Minister stwierdził, że zaskarżona decyzja została wydana przez właściwy organ podatkowy.
W skardze na powyższą decyzję do NSA podatnik zarzucił naruszenie art. 121 i art. 247 Ordynacji podatkowej. Ponadto podniósł, że do merytorycznego orzekania w przedmiocie nieważności decyzji muszą zaistnieć przesłanki z art. 247, a takie w niniejszej sprawie nie istniały, a więc Izba Skarbowa we W. i w ślad z nią Minister Finansów nie powinni w sprawie odmawiać wszczęcia postępowania, ale umorzyć postępowanie jako organ niewłaściwy do orzekania.