Zaniechanie ustalania zobowiązań podatkowych i poboru podatku na podstawie art. 8 ust. 1 i 2 ustawy z dnia 19 grudnia 1980 r. o zobowiązaniach podatkowych /Dz.U. 1993 nr 108 poz. 486 ze zm./ nie jest równoznaczne ze zwolnieniem od podatku, zaś sprzedaż towarów, która nie została zwolniona od podatku, jest sprzedażą opodatkowaną również w przypadku wydania decyzji o zaniechaniu ustalania zobowiązań podatkowych lub poboru podatków.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu sprawy ze skargi "A." Sp. z o.o. w W. na decyzję Izby Skarbowej w W. z dnia 2 października 1997 r. (...) w przedmiocie wymiaru podatku od towarów i usług za miesiące wrzesień 1993 r. do sierpnia 1994 r. - uchyla zaskarżoną decyzję; (...).
W toku kontroli przeprowadzonej w okresie marzec-czerwiec 1995 r. w "A." Sp. z o.o. w W. przez inspektora kontroli skarbowej z Urzędu Kontroli Skarbowej w W. w zakresie m.in. rozliczeń z budżetem z tytułu podatku od towarów i usług w okresie lipiec 1993 - sierpień 1994 r. stwierdzono nieprawidłowości polegające na:
- obniżeniu podatku należnego o kwoty podatku naliczonego wynikające z rachunków uproszczonych,
- obniżeniu podatku należnego o kwoty podatku naliczonego z naruszeniem przepisu art. 19 ust. 3,
- odliczeniu podatku naliczonego związanego ze sprzedażą objętą zaniechaniem ustalania i poboru należnego VAT,
- nieodprowadzaniu podatku należnego od czynności zrównanych ze sprzedażą /reklama i reprezentacja/, od importu usług, od wykonywanych czynności w zakresie usług najmu,
- nienaliczaniu i nieodprowadzaniu podatku VAT od usług w zakresie rozliczeń podatku dochodowego od osób fizycznych pracowników zagranicznych Spółki,
- nienaliczaniu i nieodprowadzaniu podatku od towarów i usług od eksportu usług rzeczoznawstwa, za które należność nie została zapłacona w dewizach przez osoby zagraniczne.
W wydanym następnie wyniku kontroli 30 czerwca 1995 r. podano, że Spółka:
1/ zaniżyła, w związku z zaniżeniem podatku należnego lub zawyżeniem podatku naliczonego, podatek od towarów i usług za okres od 5 lipca do 31 grudnia 1993 r. o kwotę 852.017.000 zł, w związku z czym na podstawie art. 27 ust. 5 pkt 1 i 2 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./, zwanej dalej ustawa o VAT, zastosowano sankcję odpowiednio w postaci podwyższonego podatku ustalonego o kwotę 146.712.000 zł i w wysokości trzykrotności kwoty zawyżenia podatku naliczonego w kwocie 2.115.915.000 zł,
2/ zaniżyła, w związku z zaniżeniem podatku należnego lub zawyżeniem podatku naliczonego, podatek od towarów i usług za okres 1 stycznia - 31 sierpnia 1994 r. o kwotę 4.792.668.000 zł, w związku z czym na podstawie art. 27 ust. 5 pkt 1 i 2 ustawy o VAT zastosowano sankcję odpowiednio w postaci podwyższenia podatku ustalonego o kwotę 73.188.000 zł i trzykrotności kwoty zawyżenia podatku naliczonego w wysokości 5.900.028.000 zł.
W żądaniu skierowania sprawy na drogę postępowania w sprawach zobowiązań podatkowych częściowo uznano zasadność wymierzonych sankcji, kwestionując w przeważającej mierze wynik kontroli.
W szczególności zarzucono, że nie został wyczerpująco wyjaśniony stan faktyczny sprawy, sankcja w wysokości 161.271.000 zł została nałożona z naruszeniem art. 27 ust. 5 pkt 1 ustawy, gdyż obrót nie był szacowany, oraz z naruszeniem art. 19, art. 20, art. 25 i art. 27 ust. 5 pkt 2 ustawy określono kwotę podatku naliczonego w wysokości 2.066.268 tys. zł związanego ze sprzedażą, od której zaniechano ustalania i poboru podatku na podstawie zarządzenia Ministra Finansów z dnia 14 września 1993 r. w sprawie zaniechania ustalenia i poboru podatku od towarów i usług /M.P. nr 48 poz. 460/, oraz ustalono sankcję w wysokości 6.198.804 tys. zł. W tej ostatniej kwestii wyrażono pogląd, iż nie można stawiać znaku równości między zaniechaniem poboru podatku, o czym była mowa w powołanym zarządzeniu, i zwolnieniem od podatku, o czym mowa w art. 25 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT, gdyż gdyby były to pojęcia tożsame, to np. zbędne byłoby wydanie przez Ministra Finansów rozporządzenia z dnia 24 sierpnia 1994 r. w sprawie określenia przypadków oraz zasad zwrotu podatku od towarów i usług jednostkom dokonującym zakupu /importu/ towarów finansowanych ze środków bezzwrotnej pomocy zagranicznej /Dz.U. nr 92 poz. 438/.