Rażące naruszenie prawa stanowi kwalifikowaną formę naruszenia prawa. W doktrynie i orzecznictwie sądowym przyjęto, że z rażącym naruszeniem prawa mamy do czynienia wówczas, gdy rozstrzygnięcie podjęte przez organ podatkowy w sposób oczywisty, jasny, wyraźny i bezsporny stało w sprzeczności z przepisami prawa materialnego lub z ustaloną przepisami prawa procesowego procedurą postępowania. Rażące naruszenie prawa jest z reguły wyrazem ewidentnego i jasno uchwytnego błędu w stosowaniu prawa. Nie można mówić o rażącym naruszeniu prawa, gdy istnieją możliwości różnicy interpretacji przepisów prawa, jak to wystąpiło w sprawie mniejszej. W tej sytuacji brak jest podstaw do stwierdzenia, że w sprawie niniejszej zachodzi przesłanka stwierdzenia nieważności decyzji z powodu rażącego naruszenia prawa /art. 247 par. 1 pkt 3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa /Dz.U. nr 137 poz. 926 ze zm./.
Brak podstawy prawnej /art. 247 par. 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej/, to przesłanka ta występuje wtedy, gdy nie ma w systemie prawnym normy, która uzasadniałaby wydanie decyzji określonej treści na gruncie danego stanu faktycznego.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu na rozprawie sprawy ze skargi Piotra K. na decyzję Ministra Finansów z dnia 15 września 2000 r. (...) w przedmiocie: odmowy stwierdzenia nieważności decyzji o opłacie skarbowej - oddala skargę.
W dniu 21 czerwca 1999 r. Mirosław G., prowadzący stację benzynową "M." oraz Piotr K., właściciel przedsiębiorstwa "D.", zawarli umowę sprzedaży cysterny LAG-50 za cenę 55.000 zł. Z tytułu tej umowy Urząd Skarbowy w M. w dniu 6 lipca 1999 r. wymierzył opłatę skarbową w kwocie 1.100 zł.
W dniu 21 czerwca 2000 r. Piotr K. wystąpił do Izby Skarbowej w G. z wnioskiem o stwierdzenie nieważności decyzji organu podatkowego I instancji, ze względu na rażące naruszenie przepisu art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej.
Decyzją z dnia 11 lipca 2000 r. (...) Izba Skarbowa w G. odmówiła stwierdzenia nieważności decyzji Urzędu Skarbowego w M. Wskazano w uzasadnieniu decyzji, że art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej jest przykładem normy prawnej, która nie została sformułowana w sposób jednoznaczny, co dopuszcza jej niejednolitą interpretację. Natomiast rażące naruszenie prawa, stanowiące podstawę stwierdzenia nieważności decyzji ostatecznej występuje wtedy, gdy istnieje oczywista sprzeczność pomiędzy rozstrzygnięciem sprawy a treścią przepisu prawa. Nie stanowi natomiast takiego naruszenia wybór jednej z możliwych interpretacji przepisu.
Od decyzji Izby Skarbowej w G. Piotr K. wniósł odwołanie do Ministra Finansów, w którym powtórzył argumenty podniesione we wniosku o stwierdzenie nieważności. Nadto zarzucił Izbie Skarbowej w G., że nie rozpatrzyła wniosku o stwierdzenie nieważności w oparciu o przesłankę określoną w art. 247 par. 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej, to jest braku podstawy prawnej. W odwołaniu wywodzono, że niejednokrotnie brak jest możliwości jednoznacznego odróżnienia sytuacji, w których decyzja została wydana bez podstawy prawnej od decyzji wydanej z rażącym naruszeniem prawa. Zaskarżoną decyzją z dnia 15 września 2000 r. (...) Minister Finansów utrzymał w mocy decyzję Izby Skarbowej w G. z dnia 11 lipca 2000 r.
W uzasadnieniu rozstrzygnięcia podano między innymi, że w orzecznictwie sądowym przyjmowano odmienne stanowisko w zakresie objęcia opłatą skarbową rzeczy używanych. Minister Finansów wskazał na rozbieżne orzeczenia w tym przedmiocie. Minister Finansów stwierdził, że w takiej sytuacji brak jest podstaw do uznania, że decyzją organu podatkowego I instancji rażąco narusza prawo. Zdaniem Ministra Finansów nie zasługuje również na uwzględnienie zarzut naruszenia art. 187 w wyroku z art. 247 par. 1 pkt 2 Ordynacji podatkowej, gdyż skarżący na przesłankę braku podstawy prawnej nie wskazał we wniosku o stwierdzenie nieważności decyzji wymiarowej organu podatkowego I instancji.
W skardze do Naczelnego Sądu Administracyjnego pełnomocnik Piotra K. wniósł o uchylenie wydanych w sprawie decyzji Ministra Finansów i Izby Skarbowej w G. Zarzucił wymienionym decyzjom naruszenie przepisów art. 247 par. 1 pkt 2 i 3 oraz art. 122 i art. 187 Ordynacji podatkowej a także art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy z dnia 31 stycznia 1989 r. o opłacie skarbowej. Zdaniem pełnomocnika skarżącego decyzja Urzędu Skarbowego w M. określająca opłatę skarbową od umowy sprzedaży używanej cysterny wydana został z rażącym naruszeniem prawa oraz bez podstawy prawnej. Umowa sprzedaży została zawarta między podatnikami podatku od towarów i usług w rozumieniu art. 5 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym. Jej przedmiotem jest towar używany, którego sprzedaż jest zwolniona od podatku od towarów i usług na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 5 wymienionej ustawy. W związku z tym do przedmiotowej umowy stosuje się normę wynikającą z art. 3 ust. 1 pkt 5 lit. "a" ustawy o opłacie skarbowej, przewidującą wyłączenie obowiązku uiszczenia opłaty skarbowej w przypadku sprzedaży dokonywanej między podatnikami podatku od towarów i usług. W odpowiedzi na skargę Minister Finansów wniósł o jej oddalenie podtrzymując stanowisko wyrażone w zaskarżonej decyzji.