Na ocenę wystąpienia w sprawie rażącego naruszenia prawa istotny wpływ może mieć duża ilość tych naruszeń i ich waga dla merytorycznego rozstrzygnięcia sprawy. Duże bowiem nasilenie naruszenia prawa oznacza, że jedno dobro jakim jest stabilność i pewność decyzji administracyjnych musi ustąpić drugiemu dobru, jakim jest zgodność decyzji administracyjnej z obowiązującym porządkiem prawnym.
Nie do pogodzenia także z konstytucyjną zasadą państwa prawnego jest - w świetle rozpatrywanego rażącego naruszenia prawa - sytuacja wydawania w odniesieniu od tego samego podmiotu, w takim samym stanie faktycznym i prawnym, rozstrzygnięć krańcowo ze sobą sprzecznych.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu sprawy ze skarg Towarzystwa Finansowo-Leasingowego S.A. w Z.-G. na decyzje Ministra Finansów - z dnia 1.10.2001 r. (...) i z dnia 2.10.2001 r. w przedmiocie odmowy stwierdzenia nieważności decyzji w podatku od towarów i usług - uchyla zaskarżone decyzje; (...).
Dwiema decyzjami z 1.10.2001 r. i czterema decyzjami z 2.10.2001r. Minister Finansów po rozpatrzeniu odwołań Towarzystwa Finansowo-Leasingowego S.A. od swoich trzech decyzji z 17.07.2001 r. i trzech decyzji z 19.07.2001 r. odmawiających stwierdzenia nieważności sześciu decyzji ostatecznych Izby Skarbowej w Z.-G. z 20.12.2000 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od lipca do grudnia 1995 r., utrzymał w mocy zaskarżone decyzje. W uzasadnieniu swojego stanowiska Minister Finansów stwierdził, że nie podziela stanowiska strony, że par. 1 ust. 1 zarządzenia Ministra Finansów z dnia 28 grudnia 1994 r. w sprawie zaniechania poboru podatku od towarów i usług od zakładów pracy chronionej /M.P. 1995 nr 2 poz. 27/ dotyczy również sytuacji, gdy zobowiązanie podatkowe powstaje na mocy art. 33 ust. 1 ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowym /Dz.U. nr 11 poz. 50 ze zm./. Zgodnie z powołanym zarządzeniem, Minister Finansów zaniechał poboru przypadającego od zakładów pracy chronionej podatku od towarów i usług, w wysokości stanowiącej różnicę pomiędzy podatkiem należnym a naliczonym w rozumieniu art. 19 ust. 1 i 2 wskazanej wyżej ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. Natomiast zasadą wynikającą z art. 33 ust. 1 ustawy o VAT jest, że skoro została wystawiona faktura, na której naliczono podatek, to podatek ten musi być odprowadzony do budżetu - stanowi on w całości zobowiązanie podatnika. Zatem fakt wystawienia przez skarżącego faktury, w której wykazał kwotę podatku VAT, spowodował obowiązek zapłaty tego podatku i nie miał zastosowania w tej sytuacji par. 1 pkt 1 zarządzenia Ministra Finansów z dnia 28 grudnia 1994 r. Istotą natomiast art. 33 ust. 1 ustawy o VAT jest to, iż jest to podatek do zapłaty, a ustawodawca nie używa w tym przypadku pojęcia "podatek należny". Tym samym nie stanowi on podatku należnego, który pomniejsza się o podatek naliczony w celu ustalenia wysokości zobowiązania podatkowego za dany okres. Na potwierdzenie swojego stanowiska Minister Finansów powołał się na dwa wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego Ośrodka Zamiejscowego w Poznaniu z dnia 12 lipca 2000 r. oraz z dnia 26 listopada 1998 r. W sytuacji więc gdy dany przepis można interpretować w różny sposób i występują w doktrynie różnice w jego rozumieniu, nie można mówić o rażącym naruszeniu prawa. Minister Finansów nie podzielił również zarzutu strony, iż Izba Skarbowa w Z.-G. swoimi decyzjami ostatecznymi uchylała jedynie w części decyzje Urzędu Skarbowego a orzekała o całości przedmiotu sprawy. Zdaniem organu podatkowego, Izba Skarbowa częściowo uchylając decyzje Urzędu Skarbowego miała obowiązek określić prawidłową wysokość zobowiązania podatkowego. Decyzje Izby Skarbowej są, więc decyzjami merytoryczno-reformacyjnymi, stąd też trudno zgodzić się z tezą strony, iż w toczącym się postępowaniu znajdują się dwie równorzędne decyzje podatkowe.
Minister Finansów uznał za bezzasadne stanowisko strony, iż ostateczne decyzje Izby Skarbowej w zakresie ustalającym dodatkowe zobowiązanie podatkowe, zostały wydane pomimo upływu terminu przedawnienia. Uzasadniając swoje stanowisko Minister Finansów stwierdził, że zdarzeniem upoważniającym organ podatkowy do wydania decyzji ustalającej zobowiązanie podatkowe jest moment, w którym to zobowiązanie zostało określone w art. 27 ust. 5 i 6 ustawy o VAT. Decyzja ustalająca kwotę dodatkowego zobowiązania podatkowego nie jest decyzją samoistną, lecz następstwem wydania przez organ decyzji określającej prawidłową wysokość zobowiązania podatkowego. Nie znajduje, więc tutaj zastosowania art. 68 par. 1 Ordynacji podatkowej. Minister Finansów zauważył przy tym, że w doktrynie prawa podatkowego oraz w orzecznictwie sądowym nie ma jednolitego poglądu czy prawo do wydania decyzji ustalającej dodatkowe zobowiązanie podatkowe przedawnia się w terminie trzech czy też pięciu lat. Wobec jednak tych rozbieżności nie można mówić o rażącym naruszeniu prawa przez Izbę Skarbową.