1. Nie do przyjęcia jest pogląd, że ciężar dowodu w postępowaniu podatkowym spoczywa na podatniku.
2. Nietrafny jest pogląd, w myśl którego art. 22 ust. 1 ustawy z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości /Dz.U. nr 121 poz. 591 ze zm./ w związku z art. 9 ust. 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. 1993 nr 106 poz. 482 ze zm./ nakłada na podatnika obowiązek udokumentowania dla celów dowodowych wszelkich mających znaczenie z punktu widzenia reguł opodatkowania form jego działania.
Naczelny Sąd Administracyjny po rozpoznaniu w dniu 4 listopada 2003 r. sprawy ze skargi "APFS" Sp. z o.o. w E. na decyzję Izby Skarbowej w O. z dnia 12.09.2002 r. (...) w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych - uchyla zaskarżoną decyzję.
W wyniku przeprowadzonej kontroli w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych za rok 1999, Inspektor Kontroli Skarbowej z Urzędu Kontroli Skarbowej w O. wydał w dniu 21.11.2001 r. decyzję wymiarową, w której określił należności od A. Spółki z o.o. W decyzji określono zobowiązanie w podatku dochodowym od osób sprawnych za rok 1999 w kwocie 5.939.448 zł, zaległość podatkową w kwocie 397.513 zł oraz odsetki za zwłokę od zaległości podatkowej w kwocie 272.508,80 zł.
Powyższe ustalenia znalazły oparcie w korektach, jakich dokonał Inspektor Kontroli Skarbowej po stronie przychodów i kosztów uzyskania przychodów Spółki, przyjmując za podstawę przedstawione przez Spółkę zeznanie o wysokości osiągniętego dochodu lub poniesionej straty przez podatnika podatku dochodowego od osób prawnych CIT-8 za rok podatkowy 1999.
Od powyższej decyzji Inspektora Kontroli Skarbowej, działając przez swoich Pełnomocników, Spółka wniosła odwołanie do Izby Skarbowej w O. zarzucając obrazę art. 15 ust. 1 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych /Dz.U. 1993 nr 106 poz. 482 ze zm./ poprzez błędne przyjęcie, że w badanym roku podatkowym zaewidencjonowała i ujęła do kosztów uzyskania przychodów wydatki, które nie były - zdaniem Inspektora - kosztami faktycznie poniesionymi w celu osiągnięcia przychodu. W odwołaniu pojawił się także zarzut naruszenia przepisu art. 20 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej. Argumentowano, że Inspektor Kontroli Skarbowej dopuścił się ograniczenia swobody działalności gospodarczej poprzez odmowę uznania ekonomicznej zdatności działań agentów dla kontrolowanego podmiotu. Konsekwencją tego naruszenia było bezpodstawne - w ocenie Spółki - przyjęcie, że wynagrodzenia firm agencyjnych nie stanowiły kosztów uzyskania przychodów. Ponadto Pełnomocnicy Spółki postawili zarzut obrazy art. 122 i 187 ustawy - Ordynacja podatkowa /Dz.U. 1997 nr 137 poz. 926 ze zm./ poprzez zaniechanie wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy, a w szczególności zaniechanie w toku postępowania przesłuchania w charakterze świadków wnioskowanych przez Pełnomocników agentów.
Dokonując rozpoznania organ drugiej instancji, działając na podstawie art. 229 Ordynacji podatkowej przeprowadził postępowanie uzupełniające, a następnie dnia 12.09.2002 r. decyzją utrzymał w mocy decyzję wymiarową Inspektora Kontroli Skarbowej. W uzasadnieniu decyzji stwierdzono, że w mysi przepisów ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych przyporządkowanie wydatków poniesionych na rzecz agentów za ich udział przy sprzedaży towarów i usług wytwórcy do kosztów uzyskania przychodów co do zasady nie budzi zastrzeżeń. Wskazano jednak na warunki niezbędne dla uznania określonego wydatku za koszt uzyskania przychodu w świetle przepisów wskazanej ustawy. Izba Skarbowa wymieniła dwa takie warunki: celem poniesionego wydatku powinno być osiągnięcie przychodów, a ponadto nie może on znajdować się na zawartej w art. 16 ustawy liście stanowiącej katalog wydatków i odpisów, które nie mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów.